사업양도 여부가 불분명해도 대리납부 세액을 공제받나요?

부동산개발업자는 물류창고 개발사업 부지와 관련 권리·의무 일체를 자산운용회사에 양도하기로 계약하였다. 이후 프로젝트금융투자회사가 양수인의 지위를 이전받기로 합의하였다.

부동산개발업자(이하 “양도인”)가 물류창고 개발사업이 진행 중인 사업부지와 함께 사업 관련 권리·의무 일체를 양수인에게 양도하는 계약을 체결한 후 해당 양수인의 지위를 지위승계인이 이전받기로 합의함에 있어 사업의 양도에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우에도 대리납부한 때에는 매입세액 공제가능한 것임

법규과-1241

부동산개발업을 영위하는 사업자(이하 “양도인”)가 물류창고 개발사업이 진행 중인 사업부지와 함께 사업 관련 권리·의무 일체를 자산운용회사(이하 “양수인”)에게 양도하는 계약을 체결한 후 해당 양수인의 지위를 프로젝트금융투자회사(이하 “PFV”)가 이전 받기로 합의한 경우로서 ｢부가가치세법｣ 제10조제9항제2호 및 같은 법 시행령 제23조에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우에도 같은 법 제52조제4항 및 같은 법 시행령 제95조제5항에 따라 그 양수에 따른 대가를 양도인에게 지급하는 때에 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고·납부하는 경우 PFV가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액은 같은 법 제38조제1항제1호에 따라 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것입니다.

질의

사업 관련 권리·의무 일체의 이전이 사업의 양도인지 분명하지 않은 경우 PFV가 대리납부한 부가가치세의 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부.

회답

사업의 양도 해당 여부가 분명하지 않더라도 PFV가 양수 대가를 지급할 때 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고·납부한 경우, 자기 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있다.

국세청 법령해석 사전-2022-법규부가-0311 (2022.04.19 회신), "사업양도 여부가 불분명해도 대리납부 세액을 공제받나요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000525046/