통행료 차액보전금은 공급가액에 포함되나?

사업시행자가 고속도로를 준공해 국가에 기부채납하고 시설관리운영권을 받아 운영한다. 실제 통행료수입 부족분과 정책상 할인 손실의 보전금을 국토교통부가 지정한 한국도로공사에서 지급받는다.

민간투자사업 시행자가 국토부와 변경실시협약을 체결하여 사업시행자의 통행료 차액보전금을 한국도로공사로부터 지급받는 경우 용역의 공급과 관련없이 받는 공공보조금으로서 공급가액에 포함하지 않는 것임

법령해석과-455

｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 고속도로 민간투자사업의 시행자(이하 “사업시행자”)가 고속도로를 준공하여 국가에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 운영함에 있어 국토교통부와 변경실시협약을 체결하여 사업시행자의 실제 통행료수입이 협약상 보장기준 통행료수입에 미달하는 경우 부족분 보장을 위한 보전금과 국가정책상 통행료를 할인함에 따라 발생한 손실을 보상하기 위한 보전금(이하 “차액보전금”)을 국토교통부가 지정한 한국도로공사로부터 지급받는 경우 해당 차액보전금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것이며, 같은 법 시행령 제81조제1항의 면세공급가액에 해당하지 아니하는 것임

질의

고속도로 민간투자사업 시행자가 한국도로공사로부터 받는 통행료 차액보전금이 공급가액에 포함되는지와 면세공급가액에 해당하는지.

회답

｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 사업시행자가 국토교통부와 변경실시협약을 체결하고 실제 통행료수입의 부족분 및 통행료 할인 손실에 대한 차액보전금을 한국도로공사로부터 지급받는 경우, 해당 보전금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 용역 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금이다.

따라서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 않으며 같은 법 시행령 제81조제1항의 면세공급가액에도 해당하지 않는다.

국세청 법령해석 사전-2020-법령해석부가-0035 (2020.02.14 회신), "통행료 차액보전금은 공급가액에 포함되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000514847/