인허가 조건 기부채납에 세금계산서를 발급하나?

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◇공사는

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□택지지구 조성의 인·허가 과정에서 시티타워 등을 건설해 경제청에 기부채납하기로 약정했다. 위수탁협약으로 선정된 사업자가 시설물을 건설해 경제청에 소유권이전등기를 하고 공사로부터 건설비용 상당액을 지급받는다.

인허가조건으로 기부채납하는 시설물에 대하여는 부가가치세가 면제되고 해당 매입세액은 면세사업 관련 매입세액의 경우 공제되지 않는 것이나, 과세사업을 겸영하는 경우 관련 매입세액은 안분계산하는 것임

법령해석과-3642

○○경제자유구역의 개발사업 시행사 중 하나인

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◇공사(이하“공사”)가

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□택지지구 조성과 관련하여 ○○광역시 경제자유구역청(이하“경제청”)으로부터 인·허가를 받는 과정에서 시티타워 및 복합용지기반시설(이하“시티타워 등”)을 건설하여 경제청에 기부채납하기로 약정한 경우로서

공사가 경제청과 위수탁협약을 체결하여 시티타워 등을 건설할 사업자를 공모·선정하고 그 선정된 사업자는 공사가 기부채납하여야 할 시티타워 등을 건설하여 경제청에게 소유권이전등기를 하고 공사로부터 해당 건설비용 상당액을 지급받는 경우

공사는 위수탁협약에 따라 선정된 사업자로부터 교부받은 세금계산서를 근거로 경제청에게 세금계산서를 발급하지 않는 것이며,

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□지구 개발사업을 수행하기 위해 시티타워 등을 건설하여 경제청에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 득한 경우로서 기부채납에 상응하는 대가를 받지 아니한 경우 해당 기부채납에 대하여는 같은 법 제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되어 경제청에 세금계산서를 발급하지 않는 것이고, 시티타워 등을 건설한 사업자로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액은

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□지구 개발사업이 토지의 개발 및 공급 등으로 면세사업에 해당하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 공제하지 않는 것이나 부동산 임대업 등 과세사업을 겸영하는 경우 관련 매입세액은 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하는 것입니다. 다만, 과세사업 관련 매입세액이 토지의 자본적 지출에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다.

질의

인·허가 조건으로 시티타워 등을 건설하여 경제청에 기부채납하는 경우 세금계산서 발급 여부와 관련 매입세액의 공제 방법.

회답

공사는 위수탁협약에 따라 선정된 사업자로부터 받은 세금계산서를 근거로 경제청에 세금계산서를 발급하지 않는다.

기부채납에 상응하는 대가를 받지 않은 경우 해당 기부채납은 부가가치세가 면제되므로 경제청에 세금계산서를 발급하지 않는다.

□□지구 개발사업이 토지의 개발 및 공급 등 면세사업에 해당하면 관련 매입세액은 공제하지 않는다. 부동산 임대업 등 과세사업을 겸영하면 관련 매입세액을 안분계산한다. 다만, 과세사업 관련 매입세액이 토지의 자본적 지출이면 매출세액에서 공제하지 않는다.

국세청 법령해석 서면-2020-법령해석부가-4373 (2021.10.20 회신), "인허가 조건 기부채납에 세금계산서를 발급하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000505502/