면세 전환 후 매입세액은 공제되는가?

한국어촌어항공단의 일부 대행·위탁사업은 2021.4.1. 이후 공급분부터 부가가치세가 면제됐다. 전환일 이후 받은 재화·용역이 면세사업과 종전 과세사업에 함께 관련될 수 있다.

공단의 사업이 법령 개정으로 과세에서 면세전환 된 경우 전환일 이후 면세사업과 관련하여 취득한 재화‧용역의 매입세액은 공제하지 아니하는 것이나 해당 재화‧용역이 전환일 전의 과세사업에도 관련된 경우에는 공통매입세액으로서 안분계산 하는 것임

법령해석과-1871

한국어촌어항공단이 ｢어촌‧어항법｣ 제58조제1항에 따른 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 위탁을 받아 수행하는 사업(어항구역 준설사업, ｢수산업법｣ 제45조제3항에 따른 연구어업 및 교습어업 제외)은 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조제7항제59호에 따라 2021.4.1. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 부가가치세가 면제되며, 해당 면세사업과 관련하여 2021.4.1. 이후 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제39조제1항제7호에 따라 공제되지 아니하는 것이나, 해당 재화 또는 용역이 2021.4.1. 전 과세사업에도 관련되어 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 같은 법 제40조에 따라 안분계산하는 것임

질의

법령 개정으로 과세사업이 면세사업으로 전환된 경우 전환일 이후 발생한 매입세액의 공제 여부

회답

한국어촌어항공단이 ｢어촌‧어항법｣ 제58조제1항에 따라 수행하는 대상 사업은 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조제7항제59호에 따라 2021.4.1. 이후 공급분부터 부가가치세가 면제된다.

1. 해당 면세사업과 관련하여 2021.4.1. 이후 공급받은 재화 또는 용역의 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제39조제1항제7호에 따라 공제되지 않는다.

2. 해당 재화 또는 용역이 2021.4.1. 전 과세사업에도 관련되어 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 같은 법 제40조에 따라 안분계산한다.

국세청 법령해석 사전-2021-법령해석부가-0683 (<time datetime="2021-05-28">2021.05.28</time> 회신), "면세 전환 후 매입세액은 공제되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000465232/