초과물류비용에 수정세금계산서를 발급할 수 있나?

사업자는 수탁자와 물류운송 위탁계약을 맺었고, 용역은 ‘을’과 ‘병’에게 재위탁되었다. 코로나19로 물류 운송량이 급증해 초과물류비용이 발생하자 사업자는 합의서를 작성해 수탁자에게 지급하기로 하였다.

계약을 변경하기로 하는 합의에 따라 당초 공급가액에서 증가되는 금액이 발생한 경우에는 수정세금계산서를 수취할 수 있는 것이나, 공급자의 손실을 보전하기 위하여 당사자 간의 합의금을 지급하는 경우에는 손실보상금으로써 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 어느 경우에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항임

법령해석과-3430

사업자가 ‘갑’사업자(이하 “수탁자”)로부터 물류운송용역을 공급받기로 하는 위탁계약을 체결하고 수탁자는‘을’사업자에게, ‘을’은 ‘병’사업자에게 물류운송용역을 재위탁하였으며, 사업자와 수탁자, 수탁자와 ‘을’은 계약 상 운송용역의 공급대가가 일정 요율을 초과하지 못하도록 비용상한 규정을 둔 경우로서 코로나19 영향으로 인해 물류 운송량이 급증함에 따라 수탁자로부터 물류운송용역을 재위탁받은 ‘을’과 ‘병’ 사업자에게 발생된 초과물류비용을 사업자가 수탁자 및 ‘을’ 사업자와 합의서를 작성하여 수탁자에게 지급하기로 한 경우

해당 초과물류비용이 수탁자가 당초 공급한 용역의 공급가액에 추가되는 금액이 발생하여 지급받는 금전인 경우에는 「부가가치세법 시행령｣ 제70조제1항제3호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이나, ‘을’또는 ‘병’사업자에게 코로나 19로 인한 손실을 보전하기 위하여 지급받는 금전인 경우에는 손실보전금으로서 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것입니다.

다만, 당초 공급가액에 추가되는 금액이 발생한 것인지, 제3자에게 손실보전금을 지급한 것인지 여부는 계약관계 및 구체적인 거래내용에 따라 사실판단 할 사항입니다.

질의

코로나19로 물류 운송량이 급증하여 재수탁자에게 발생한 초과물류비용을 사업자가 수탁자에게 지급하는 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있는지 여부.

회답

초과물류비용이 수탁자가 당초 공급한 용역의 공급가액에 추가되는 금액이면 「부가가치세법 시행령｣ 제70조제1항제3호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다.

‘을’ 또는 ‘병’사업자의 코로나19 손실을 보전하기 위한 금전이면 손실보전금으로서 수정세금계산서를 발급할 수 없습니다.

이유

당초 공급가액에 추가되는 금액인지 제3자에게 지급한 손실보전금인지는 계약관계와 구체적인 거래내용에 따라 사실판단할 사항입니다.

국세청 법령해석 사전-2020-법령해석부가-0822 (<time datetime="2020-10-26">2020.10.26</time> 회신), "초과물류비용에 수정세금계산서를 발급할 수 있나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000464707/