지자체 시스템 운영대행 사업비는 과세되나?

「민법」에 따라 지방자치단체의 허가를 받아 설립된 비영리 재단법인이 청년정책 지원시스템 운영 업무대행 협약을 체결했다. 법인은 시스템 운영비, 인건비, 위탁수수료 등을 사업비로 받고 업무를 수행하며 대가는 사업 종료 후 정산하여 확정한다.

비영리 재단법인이 지자체와 체결한 시스템운영 업무대행 협약에 따라 시스템 운영비, 위탁수수료 등을 사업비로 지급받고 관련 업무를 대행하는 경우 용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 과세되는 것이며 지자체에 세금계산서를 발급하는 것임

법령해석과-4087

｢민법｣에 따라 지방자치단체의 허가를 받아 설립된 비영리 재단법인(이하 “법인”)이 지방자치단체와 체결한 ‘청년정책 지원시스템 운영 업무대행 협약’에 따라 시스템 운영비, 인건비, 위탁수수료 등을 사업비로 지급받고 관련 업무를 수행하는 경우 해당 사업비는 업무대행 용역의 대가로서 ｢부가가치세법｣ 제11조에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며 업무대행에 대한 대가를 사업종료 후 정산을 통하여 확정하기로 한 경우 같은 법 제16조 및 같은 법 시행령 제29조제2항제1호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 하여 법인이 같은 법 제32조에 따라 지방자치단체에 세금계산서를 발급하는 것임

질의

비영리 재단법인이 지방자치단체로부터 시스템 운영업무를 위탁받아 수행하는 경우 부가가치세 과세, 공급시기 및 세금계산서 발급 여부.

회답

1. 지방자치단체와 체결한 청년정책 지원시스템 운영 업무대행 협약에 따라 시스템 운영비, 인건비, 위탁수수료 등을 사업비로 지급받고 관련 업무를 수행하면, 해당 사업비는 업무대행 용역의 대가이므로 「부가가치세법」 제11조에 따라 과세됨.

2. 업무대행 대가를 사업 종료 후 정산하여 확정하기로 한 경우에는 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때가 공급시기임.

3. 법인은 「부가가치세법」 제32조에 따라 지방자치단체에 세금계산서를 발급함.

국세청 법령해석 사전-2020-법령해석부가-1144 (2020.12.14 회신), "지자체 시스템 운영대행 사업비는 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000454871/