매출세액보다 큰 매입세액도 공제되나?

신청법인은 의료장비 도·소매업을 영위하며 판매 전략상 매입가격보다 낮게 의료장비를 판매했다. 홍콩지점에서 조달한 쟁점장비는 국내병원이 직접 수입·통관했고, 신청법인은 일부 구성품을 국내조달물품으로 대체해 공급했다.

판매 전략상의 이유로 매입가격보다 낮은 가격으로 의료장비를 판매함에 따라 의료장비 공급에 따른 매출세액이 매입세액에 미달하는 경우에도 매출세액에서 공제되는 것임

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이 의료장비 도․소매업을 영위하는 신청법인이 판매 전략상의 이유로 매입가격보다 낮은 가격으로 의료장비를 판매함에 따라 의료장비 공급에 따른 매출세액이 매입세액에 미달하는 경우 해당 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제17조제1항에 따라 신청법인의 매출세액에서 공제되는 것입니다.

신청법인이 홍콩지점을 통하여 국외 조달한 의료장비(여러 가지 품목으로 구성된 물품으로서 이하 “쟁점장비”라 한다)를 국내병원에 공급하기로 하고 쟁점장비를 국내병원이 직접 수입․통관함에 따라 국내병원이 관할 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받은 경우로서 쟁점장비의 구성 품목 중 일부 품목을 신청법인이 임의로 국내에서 조달한 물품(이하 “국내조달물품”이라 한다)으로 대체하여 공급하고 수입물품에서 제외하는 경우 신청법인은 국내조달물품의 공급에 대하여 국내병원에 매출세금계산서를 발급해야 하는 것이며, 국내병원은 수입물품에서 제외된 쟁점장비의 구성품목에 대하여 관할 세관장으로부터 수정 수입세금계산서를 발급받아야 하는 것입니다. 이 경우 신청법인이 국내조달물품의 매입 시 부담한 부가가치세액이 같은 법 제17조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우에는 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

질의

1. 매입가격보다 낮게 의료장비를 판매해 매출세액이 매입세액에 미달하는 경우의 매입세액 공제 여부.

2. 수입장비의 일부 구성품을 국내조달물품으로 대체하는 경우의 세금계산서 처리와 매입세액 공제 여부.

회답

1. 해당 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제17조제1항에 따라 신청법인의 매출세액에서 공제된다.

2. 신청법인은 국내조달물품의 공급에 대해 국내병원에 매출세금계산서를 발급해야 하며, 국내병원은 수입물품에서 제외된 구성품에 대해 관할 세관장으로부터 수정 수입세금계산서를 발급받아야 한다.

3. 국내조달물품 매입 시 부담한 부가가치세액이 같은 법 제17조제2항 각 호에 해당하지 않으면 매출세액에서 공제할 수 있다.

국세청 법령해석 법규부가2012-262 (<time datetime="2012-09-07">2012.09.07</time> 회신), "매출세액보다 큰 매입세액도 공제되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000149117/