교육용 토지 양도 시 특별부가세와 법인세는 면제되나?

학교법인이 소유한 기본재산인 토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도한다. 해당 기본재산이 수익사업용 고정자산인 경우도 전제되어 있다.

학교법인이 소유하는 기본재산인 토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세는 면제되고 농어촌특별세는 비과세되는 것이나, 기본재산이 수익사업용에 공하던 고정자산(부동산)의 경우 그 양도차익에 대한 법인세는 과세대상이 되는 것임.

1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세는 조세감면규제법 제73조 제1항의 규정에 의거 면제되는 것이고 또한 동면제세액에 대한 농어촌특별세는 농어촌특별세법 제4조 제12호 및 같은법시행령 제4조 제6항 제1호의 규정에 의거 비과세되는 것이나, 기본재산이 수익사업용에 공하던 고정자산(부동산)의 경우 그 양도차익에 대한 법인세는 법인세법 제1조 제1항 제6호의 규정에 의거 과세대상이 되는 것임.

2. 위 양도차익에 대한 특별부가세 면제의 요건은 동 양도차익에 대한 세액면제신청서를 조세감면규제법 제73조 제4항 및 같은법시행령 제70조 제4항의 규정에 적합하게 제출하여야 하고, 그 면제세액에 대한 사후관리의무는 양도금액을 3년이내에 교육사업에 사용하여야 하는 것임.

질의

학교법인이 기본재산인 토지를 교육사업에 사용할 목적으로 양도하는 경우 특별부가세·농어촌특별세 및 법인세의 처리.

회답

1. 토지 양도로 발생하는 소득에 대한 특별부가세는 조세감면규제법 제73조 제1항에 따라 면제되고, 해당 면제세액에 대한 농어촌특별세는 농어촌특별세법 제4조 제12호 및 같은법시행령 제4조 제6항 제1호에 따라 비과세됩니다. 다만, 기본재산이 수익사업용 고정자산인 부동산이면 그 양도차익에 대한 법인세는 법인세법 제1조 제1항 제6호에 따라 과세됩니다.

2. 특별부가세를 면제받으려면 세액면제신청서를 조세감면규제법 제73조 제4항 및 같은법시행령 제70조 제4항에 맞게 제출해야 하며, 양도금액을 3년 이내에 교육사업에 사용해야 합니다.

국세청 법령해석 법인46012-1950 (1994.07.06 회신), "교육용 토지 양도 시 특별부가세와 법인세는 면제되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000094178/