물류센터 공통매입세액은 어떻게 안분하나?

여러 단체급식 사업장을 운영하는 사업자가 원재료 등을 일괄 구입하고 물류센타를 신축·매입 또는 운영한다. 원재료 대부분은 다른 단체급식 사업장으로 반출하고 일부는 물류센타에서 제3자에게 공급한다.

실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은, 제3자 또는 각 사업장에 공급ㆍ반출한 원재료의 가액을 기준으로 하여 먼저 구분하고, 구분된 공통매입세액을 각 사업장의 공급가액의 비율에 따라 안분계산하여야 하는 것임.

귀 질의의 경우 수개의 단체급식 사업장을 영위하는 사업자가 원재료 등을 일괄구입하여 당해 단체급식 사업장을 지원하기 위한 물류센타를 신축ㆍ매입 또는 운영하는 경우로서 당해 물류센타에서 구입한 원재료 등의 대부분은 자기의 다른 사업장인 수개의 단체급식 사업장에서 원재료 등으로 사용ㆍ소비하기 위하여 반출하고 일부는 당해 물류센타에서 제3자에게 공급하는 경우에 있어 당해 물류센타의 면세사업에 관련된 매입세액 계산은 실지귀속에 따라 하되, 물류센타 또는 수개의 단체급식 사업장의 과세ㆍ면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 당해 물류센타에서 제3자 또는 각 단체급식 사업장에 공급ㆍ반출한 원재료의 가액(매입원가)을 기준으로 하여 그 공통매입세액을 먼저 구분하고 구분된 공통매입세액을 물류센타 또는 각 단체급식 사업장의 과세사업과 면세사업의 공급가액의 비율에 따라 안분계산하여야 하는 것입니다. 이 경우 당해 사업자의 총괄납부승인 여부와는 관계없이 적용하는 것입니다.

질의

여러 단체급식 사업장을 지원하는 물류센타의 과세·면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 어떻게 안분하는지.

회답

귀 질의의 경우 수개의 단체급식 사업장을 영위하는 사업자가 원재료 등을 일괄구입하여 당해 단체급식 사업장을 지원하기 위한 물류센타를 신축ㆍ매입 또는 운영하는 경우로서 당해 물류센타에서 구입한 원재료 등의 대부분은 자기의 다른 사업장인 수개의 단체급식 사업장에서 원재료 등으로 사용ㆍ소비하기 위하여 반출하고 일부는 당해 물류센타에서 제3자에게 공급하는 경우에 있어 당해 물류센타의 면세사업에 관련된 매입세액 계산은 실지귀속에 따라 하되, 물류센타 또는 수개의 단체급식 사업장의 과세ㆍ면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 당해 물류센타에서 제3자 또는 각 단체급식 사업장에 공급ㆍ반출한 원재료의 가액(매입원가)을 기준으로 하여 그 공통매입세액을 먼저 구분하고 구분된 공통매입세액을 물류센타 또는 각 단체급식 사업장의 과세사업과 면세사업의 공급가액의 비율에 따라 안분계산하여야 하는 것입니다. 이 경우 당해 사업자의 총괄납부승인 여부와는 관계없이 적용하는 것입니다.

국세청 법령해석 부가46015-450 (<time datetime="2001-03-10">2001.03.10</time> 회신), "물류센터 공통매입세액은 어떻게 안분하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000061600/