부동산 중 건물의 부가가치세 공급가액이 얼마인지의 여부(경정)

과세기간 중 부동산의 건물분 공급가액의 합계액은 2,815,219,982원임이 인정됨에도 불구하고, 단지 청구법인이 과다하게 신고한 사유를 밝히지 못한다는 이유만으로 동 공급가액을 3,102,139,477원으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 처분으로서 부당함

1. 처분개요

청구법인은 1990.6.20 설립된 O동 OOO주택개량재개발조합으로서 1997년 제2기 예정신고기간 중 별지 서울특별시 동작구 O동 OOO 재개발 OO아파트 단지내 상가건물 31개 점포(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 분양하고 1997.10.25동 과세기간의 부가가치세신고시 쟁점부동산의 건물분 공급가액을 3,629,406,978원으로 신고하였다가 조합원분양분을 착오로 포함하여 신고하였다하여 1998.1.26 동 공급가액을 3,102,139,477원으로 경정청구하면서 52,726,750원을 환급신청하였다. 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 경정조사를 실시하여 매출누락액 및 매입세액불공제액 등을 적출하고, 청구법인이 경정청구한 위 쟁점부동산 공급가액 3,102,139,477원을 인정하는 등 하여 98.7.15 청구법인에게 1997년 제2기분 부가가치세 204,495,670원을 결정고지하였다. 청구법인은 다시 정확한 공급가액은 3,102,139,477원이 아니고 2,815,219,982원이라고 주장하면서 이에 불복, 1998.8.29 심사청구를 거쳐 1998.12.5 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 쟁점부동산 중 건물분 공급가액은 2,815,219,982원임이 처분청의 이 건 조사보고서, 쟁점부동산 분양계약서, 동 관리처분계획서 및 분양조서 등에 의하여 확인되나, 아무런 원인없이 착오로 3,102,139,477원으로 과다하게 경정청구하였으므로 동 공급가액을 2,815,219,982원으로 감액결정하여야 한다.

나. 국세청장 의견 청구법인은 1997년 제2기 예정신고기간분 부가가치세 신고시 쟁점부동산 중 건물분 공급가액은 2,815,219,982원으로 신고하여야 할 것을 원인없이 착오로 3,102,139,477원으로 과다하게 신고(경정청구)하였다고 주장하나, 처분청이 조사한 바 청구법인이 비치 기장한 장부와 증빙이 부실하여 과다신고한 내용이 밝혀지지 아니한다고 조사되었으므로 청구법인 주장을 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 쟁점부동산 중 건물의 부가가치세 공급가액이 얼마인지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

쟁점부동산 분양당시(1997년 제2기) 부가가치세법 제1조 (과세대상) 제1항의 규정에 의하면, “부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다”고 규정하면서 그 제1호에 “재화 또는 용역의 공급”을 규정하고 있고, 같은법 제17조 (납부세액) 제1항의 규정에 의하면, 「사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다(이하 단서생략).

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생략)」이라고 규정되어 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 실수요자간에 1997년 제2기 예정신고기간 중 체결된 쟁점부동산 31개 점포의 공급계약서에 의하면, 그 대가의 합계액이 3,745,585,606원(토지, 건물 VAT포함가격임)으로 기재되어 있고, 동 금액과 일치하는 분양가액조서에는 건물분 공급가액의 합계액이 2,815,219,982원임이 확인되고, 처분청은 청구법인이 지급한 분양수수료 중 공제대상 매입세액을 산출하기 위하여 쟁점부동산 중 3개 점포(106호, 201호, 215호)를 제외한 공급대가(3,339,300,566원)와 건물분 공급가액(2,530,322,832원)에 의하여 공통매입세액 안분계산자료로 사용하였는 바, 위 안분계산시 제외된 3개점포의 공급대가(406,285,040원) 및 건물분 공급가액(284,897,150원)을 포함하면 청구법인이 주장하는 쟁점부동산의 공급대가 (3,745,585,606원)와 건물분 공급가액(2,815,219,982원)과 일치하고 있음이 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산의 분양과 관련하여 청구법인이 주장하는 각 점포의 건물분 공급가액(합계액 2,815,219,982원)에 해당하는 세금계산서를 모두 발행·교부하였음이 처분청의 이 건 조사검토서에 첨부된 “O동 OOO조합 세금계산서 발행 및 매출현황 명세”에 의하여 확인되고, 또한, 피분양자들로부터 수령한 분양대금을 청구법인명의의 OO자유예금 계좌(OO은행 OOO지점 OOOOOOOOOOOOOOO)에 입금하였는 바, 이 건 과세기간(1997년 제2기 예정) 이후에 해약된 4개점포(104호, 201호, 304호, 305호)를 제외한 나머지 28개 점포의 피분양자들로부터 수령한 분양대금(2,346,666,083원) 역시 청구법인이 주장하는 위 공급대가와 모두 일치함이 위 예금계좌에 의하여 확인된다.

(3) 위 사실관계를 종합하여 볼 때, 이 건 과세기간 중 쟁점부동산의 건물분 공급가액의 합계액은 2,815,219,982원임이 인정됨에도 불구하고, 단지 청구법인이 과다하게 신고한 사유를 밝히지 못한다는 이유만으로 동 공급가액을 3,102,139,477원으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 처분으로서 부당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기O법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [ 별 지 ]

일련번호

호수

건물분 공급가액(공급대가)

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

15

16

17

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19

20

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28

29

30

31

102호

103호

104호

105호

106호

107호

112호

113호

114호

115호

116호

119호

121호

201호

202호

203호

204호

205호

207호

208호

211호

215호

301호

302호

303호

304호

305호

306호

307호

B04호

B08호

73,037,243원 ( 98,000,000원)

65,917,818원 ( 90,168,633원)

65,917,818원 ( 90,168,633원)

50,221,250원 ( 67,500,000원)

50,151,134원 ( 68,065,019원)

34,209,155원 ( 47,988,175원)

28,936,619원 ( 39,550,000원)

36,112,663원 ( 48,169,554원)

36,112,663원 ( 48,169,554원)

36,112,663원 ( 48,169,554원)

36,112,663원 ( 48,169,554원)

73,744,646원 ( 98,471,030원)

209,488,040원 (303,222,772원)

158,488,382원 (240,000,000원)

133,071,537원 (168,100,000원)

128,169,886원 (160,000,000원)

99,826,380원 (126,100,000원)

82,665,523원 (104,514,873원)

55,079,493원 ( 69,647,294원)

55,079,493원 ( 69,647,294원)

289,883,010원 (341,500,000원)

76,257,634원 ( 98,220,000원)

140,182,284원 (190,412,000원)

62,677,750원 ( 87,051,269원)

94,027,909원 (130,596,296원)

187,658,211원 (260,741,264원)

122,407,306원 (167,230,000원)

63,553,653원 ( 86,200,000원)

59,735,471원 ( 82,000,000원)

124,445,301원 (158,722,817원)

85,936,384원 (109,090,000원)

합 계

31개 상가

2,815,219,892원 (3,745,585,606원)