청구법인이 위장사업자로부터 재화를 공급받고 쟁점 세금계산서를 교부받은 경우 그 매입세액을 공제할 수 있는지의 여부(취소)

처분청이 위장사업자와의 거래라 하여 쟁점 세금계산서의 매입세액공제를 배제한 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 부당한 처분임

1. 사실 청구법인은 OO OO시 OO동 OOOOO에 본점을 두고 땜납제조업을 영위하는 영리법인으로서 서울시 영등포구 OOO동 OOOOOOO에 소재한 청구외 OO산업사(대표 OOO)로부터 88.10.13 주석 5,000킬로그램을 32,500,000원에 매입하고 교부받은 세금계산서(이하 “쟁점 세금계산서”라 한다)의 매입세액 3,250,000원을 매입세액으로 공제한 데 대하여, 처분청은 청구외 OO산업사 대표 OOO이 자료상으로 고발된 자이고, 쟁점 세금계산서상의 거래가 위장가공 거래라는 관할세무서장의 통보에 의하여 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액 공제를 배제하여 91.5.16 청구법인에게 부가가치세 3,575,000원을 고지하자, 청구법인은 이에 불복하여 91.7.9 심사청구를 거쳐 91.9.14 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 정당하게 주석을 매입하고 그 대금을 약속어음으로 지급한 사실이 당해 약속어음에 대한 거래은행의 조회사실등에 의하여 확인되고 있을 뿐만 아니라 관할세무서장이 89.1.25에 사업자등록증을 검열한 사실과 당해 거래가 있은지 2년여가 지나서야 위장사업자임이 밝혀졌음을 볼 때 청구법인은 선의의 거래자에 해당한다 할 것이므로 당초 처분을 취소하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 청구외 OO산업사 OOO은 자료상으로 91.5.11 검찰에 고발된 자로 위장가공거래로 확정된 거래내용을 매입세액 불공제함은 정당하다 할 것이고, 청구법인이 제시한 약속어음이 이 건 거래대금이라는 객관적이고 명백한 증빙으로 확신하기는 어렵다 할 것이므로 청구주장 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 위장사업자로부터 재화를 공급받고 쟁점 세금계산서를 교부받은 경우 그 매입세액을 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

이 건 과세경위를 보면, 처분청은 청구외 OO산업사 OOO이 자료상으로 91.5.11 검찰에 고발된 자이고 그가 발행한 매출 세금계산서는 위장가공거래에 해당하므로 쟁점 세금계산서 매입세액을 불공제하여야 한다는 영등포세무서장의 위장가공 자료통보에 의하여 이 건 부가가치세를 경정하였음이 처분청 관련 서류에 의하여 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 청구외 OO산업사에서 88.10.13 주석 5,000킬로그램 매입시 상대방의 사업자등록을 확인하고 약속어음 3매 35,750,000원(부가가치세 3,250,000원 포함)을 지급하고 매입한 사실이 금융자료등에 의하여 확인되고 있으므로 거래상대방이 위장사업자로 판명되었다 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하므로 당초 처분은 취소하여야 한다는 주장이다. 먼저 이 건 관련 법령을 보면, 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 하면서 그 제1호 전단에서 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항( 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다, 이하같다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액”이라고 규정하고 있다.

다음으로 이 건 사실관계에서, 청구법인이 제시한 청구외 OO산업사의 사업자등록증(88.3.5 개업, 88.3.21 발행)을 보면 도·소매업으로 종목이 주석과 연으로 기재되고 88.7월에 관할 영등포세무서장이 검열한 사실이 있을 뿐만 아니라 89.1.25에도 계속 검열한 사실이 당심조회 결과 확인되고 있고, 청구법인이 주석대금으로 88.10.14 지급한 약속어음 3매(어음번호 O OOOOOOOOOO)에 대하여 지급자 OO은행 OO지점장의 확인내용을 보면 약속어음 1매(O OOOOOOOO) 3,250,000원은 OO산업사 OOO으로 배서되어 있고 나머지 어음 2매 32,500,000원은 청구외 OO매탄주식회사 OOO으로 배서되어 있어 당심에서 조회한 바 OO매탄주식회사 OOO은 OO산업사 OOO의 친형으로서 동생 OOO이 동 어음을 할인하여 달라는 부탁을 받고 할인한 것이라고 회신하고 있는 사실과 청구법인이 OO산업사로부터 88.10.14자 위 약속어음에 대한 입금표를 받은 사실이 확인되고 있으며, 청구법인의 88년도분 원자재수불부 및 매입장에 기재된 내용이 위 사실과 일치하고 있는데 반하여 청구외 OO산업사가 쟁점거래일로부터 2년여가 지난 후에 위장사업자로 판명된 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 주석 5,000킬로그램을 35,750,000원에 실지로 매입하였다고 보아지고 비록 거래상대방이 위장사업자로 판명되었다 하더라도 청구법인이 그러한 사실을 모르고 쟁점 세금계산서를 교부받은 선의의 거래당사자에 해당한다 할 것이다. 따라서 이 건 처분청이 위장사업자와의 거래라 하여 쟁점 세금계산서의 매입세액공제를 배제한 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 부당한 처분이라고 판단되므로 주문과 같이 결정한다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.