검인계약서상 총매매가액과 동계약서상 구분된 건물가액과 토지가액을 실지거래가액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부(경정)

건물의 총공급가액에 대한 면세분 주택의 수입금액비율에 의하여 공통매입세액의 불공제할 금액을 재계산(정산)함이 타당함.

1. 원처분 개요청구인은 경상남도 마산시 OO동 OOOOO 대지 282.5㎡ 및 신축건물 1,453.494㎡(이하 “쟁점부동산”이라 함)을 93.3.15 매매하였고, 이에 대한 부가가치세 신고를 이행하면서 93년 2기분으로 과세분 건물공급가액을 309,946,821원(부가가치세 30,994,682원), 면세분 공급가액을 1,170,023,496원, 총공급대가 1,510,965,000원으로 하여 부가가치세 12,109,745원(차감납부할 세액)을 납부하였다.처분청은 쟁점부동산의 검인매매계약서상 총매매가액 1,524,725,000원과, 동계약서상 구분된 건물가액 1,022,170,000원, 토지가액 502,555,000원을 실지거래가액으로 인정하여, 이중 국민주택규모 이하 주택가액 60,950,000원은 면세되는 주택가액으로 보고 나머지 상가 및 주택의 건물공급가액 873,836,358원(부가가치세 87,383,635원)에 대한 93년 1기분 부가가치세 113,598,720원과 공통매입세액 안분계산을 이에 따라 정산한 91년 2기분 부가가치세 10,018,750원 및 92년 1기분 부가가치세 2,673,750원을 94.12.16 청구인에게 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 94.12.29 이의신청 및 95.2.18 심사청구를 거쳐 95.6.7 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장쟁점부동산의 검인계약서상 구분된 토지와 건물가액은 임의로 구분하여 작성된 것으로 사실이 아니며, 이 건 관련토지의 실지취득가액이 800,000천원이므로 총분양가액에서 토지가액을 제외한 금액을 한도로 건물가액을 계산하는 것이 타당하며, 공통매입세액을 안분계산 불공제한 처분도 부당하다.

나. 국세청장 의견쟁점부동산은 상가와 연립주택이 있는 건물로, 청구인이 쟁점부동산을 분양하면서 토지와 건물의 가액을 구분한 검인계약서를 작성하였고, 위 검인계약서상 매매금액이 실제거래가액이라는 데는 서로 다툼이 없는 바, 처분청이 위 토지와 건물의 가액이 구분된 계약서상의 가액을 기준으로 과세표준을 계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 적법한 처분으로 달리 잘못이 없으며,또한, 공통매입세액을 위 과세분과 면세공급분의 공급가액 기준으로 정산하여 91/2기 및 92/1기분의 공통매입세액을 추가로 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 검인계약서상 총매매가액과 동계약서상 구분된 건물가액과 토지가액을 실지 거래가액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부1) 관련법령부가가치세법시행령 제48조의2제3항에 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물등을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 그 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세 과세시가표준액에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있으며, 같은조 제4항 제2호에 토지와 건물등의 장부가액이 있는 경우(장부가액이 없을 때에는 취득가액)에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액도 이를 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있다.

2) 쟁점부동산의 총매매가액의 인정가) 쟁점부동산의 청구주장 분양계약서의 분양금액 총액은 1,510,965,000원이나 검인부동산매매계약서에 의한 총매매가액은 1,524,725,000원으로 대부분의 각호별 매매가액은 일치하고, 쟁점부동산 104호와 402호만 그 가액에 차이가 있는 바, 104호는 분양받은 자가 이 건 사업자의 대표자인 OOO 외 5인으로 되어 있으며, 그 가액이 분양계약서상에는 82,000,000원이고, 검인매매계약서상 금액은 95,960,000원으로 13,960,000원의 차이가 있고, 402호는 분양계약서 상에는 75,455,000원이나 검인매매계약서상에는 75,255,000원으로 그 차이가 △ 200,000원임을 각 계약서에 의하여 알 수 있다.나) 위 104호의 매매가액 중 어느가액이 정당한 가액인지를 살펴보면 같은층의 면적이 같은 102호, 103호 분양가액 및 검인계약서상의 매매가액은 95,960,000원으로 서로 일치하고 있음을 미루어 특수관계자인 OOO 외 5인에게 분양한 104호의 매매가액도 검인매매계약서상 가액인 95,960,000원을 실지공급가액으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 402호의 분양가액은 그 차이의 발생원인이 밝혀지지 않고 있으나, 청구주장 분양가액이 처분청에서 실지거래가액으로 인정한 금액보다 오히려 많아서 불이익을 초래함으로 이에 대한 다툼은 실익이 없다 할 것이므로 쟁점부동산의 총매매가액을 1,524,725,000원으로 본 데에는 잘못이 없다고 판단된다.

3) 검인매매계약서상의 구분된 건물·토지가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지가) 당초 분양계약서 작성시에는 건물과 토지의 가액이 구분되어 있지 않았음을 알 수 있고 이에 대한 다툼은 없다.나) 청구인은 소유권이전등기시 법무사가 인위적으로 검인계약서상 건물·토지가액을 구분하여 작성한 것일 뿐 그 구분된 가액이 실지거래된 가액이 아니라는 주장이나, 이에 대한 입증자료는 없다.다) 특별한 사유가 없는 한 검인계약서를 부인할 수는 없다 할 것이나, 검인대상은 원칙적으로 토지거래에 대하여서만 하도록 되어 있는 점, 통상적으로 검인계약서상 토지와 건물의 가격을 구분하지 않고 총매매금액만 기재하여 작성하고 있는 것이 일반적인 현상인 점등을 감안할 때, 검인매매계약서상 구분된 토지와 건물의 가액이 실지거래가액에 따라 구분된 가액이 아니라는 청구주장을 받아 들여도 무리가 없다고 판단된다.

4) 토지·건물의 장부가액(실지취득가액)이 확인되는지청구인은 토지의 실지취득가액이 800,615,374원이고, 건물의 취득가액이 665,372,677원이므로 이를 기준으로 건물가액을 인정하여 달라는 주장이나,첫째, 토지취득가액을 당초 부가가치세 신고시에는 493,000천원이라고 하였다가 심판청구시에 8억원이라고 주장하면서도 매매계약서만 제시할 뿐 대가지급수수 사실등을 알 수 있는 객관적인 입증자료를 제시하고 있지 못하는 점,둘째, 토지매매계약서상 취득자는 OOO 외 3인으로 되어 있으나 이 건 청구인(사업자)은 OOO 외 14인으로 되어 있어 매수인이 상이한 점,셋째, 신축건물 도급계약서상 도급가액이 570,700천원이나, 이에 대한 세금계산서 수취액은 424,272천원 뿐이며, 기타 94,672,677원에 대한 증빙자료 제시도 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구주장 쟁점부동산의 장부가액(취득가액)을 실지가액으로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

5) 그렇다면 위 2)～4) 의 인정사실에 따라, 검인계약서상 총매매가액은 쟁점부동산의 실지거래가액으로 인정되나, 토지·건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당되어 위 관련법령에 의하여 공급계약일 현재의 지방세과세시가표준액으로 토지와 건물의 가액을 안분계산함이 타당하다고 판단된다.

나. 공통매입세액 안분계산방법이 정당한지1) 관련법령부가가치세법시행령 제61조제1항 및 동시행규칙 제18조의2 제1항에 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액계산은, 실지귀속에 따라 하되 공통으로 사용되어 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하였고, 이 경우 총공급가액은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간에 과세공급가액과 면세수입금액의 합계액을 말하며, 면세공급가액은 당해면세수입금액을 말한다고 규정하고 있다.

2) 사실 및 판단처분청의 심리자료에 의하면 91년 2기분 및 92년 1기분 공통매입세액을 안분계산(정산)하면서, 총공급가액 및 면세분공급가액에 토지가액을 포함하여 계산하였음이 확인되는 바 이에 대한 당부를 살펴보면,실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산함에 있어서 어느 과세사업과 어느 면세사업에만 관련된 매입세액으로 세분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액안에 관련된 사업단위별로 구분하여 위 관련법령에서 정한 산식을 적용하는 것이 합리적이라고 판단되므로,이 건과 같이 면세되는 주택과 과세되는 주택 및 기타 건물을 동일장소에서 동시에 건축하여 분양하는 경우 건물을 신축하면서 발생한 공통매입세액을 안분계산함에 있어서, 위 가의 판단에 의한 지방세과세시가표준으로 안분계산한 결과에 따라, 계산된 토지의 가액을, 쟁점부동산의 총공급가액과 면세공급가액에서 각각 제외한 후, 건물의 총공급가액(과세분 건물 및 주택의 공급가액 + 면세분주택의 수입금액)에 대한 면세분 주택의 수입금액비율에 의하여 공통매입세액의 불공제할 금액을 재계산(정산)함이 타당하다 할 것이다.(같은의견 : 대법원 80누170, 82.9.28 및 국세청 부가1265.1-1188, 84.6.16)다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.【별지】【 공 동 사 업 자 명 세 서 】

번호

주 소

성 명

지분

1

창원시 OO동 OOO OOOOO OOOOOOO

OOO

1/15

2

창원시 OO동 OOOOO

OOO

1/15

3

창원시 OO동 OOOO

OOO

1/15

4

창원시 OO동 OOO OOOOO OOOOOOOO

OOO

1/15

5

창원시 OO동 O OO OOOOO OOOOOO

OOO

1/15

6

창원시 OO동 OOOOO

OOO

1/15

7

마산시 합포구 OO동 OO OOOOO

OOO

1/15

8

마산시 OO구 OO동 OOOOOO

OOO

1/15

9

마산시 OO구 OO동 OOOOOOO

OOO

1/15

10

마산시 OO구 OO동 OOOOO

OOO

1/15

11

마산시 합포구 OO동 OO OOOOOO

OOO

1/15

12

마산시 OO구 OO동 OOOOOO

OOO

1/15

13

마산시 OO구 OO동 OOOOOO

OOO

1/15

14

마산시 합포구 OO동

OOO

1/15

15

마산시 OO구 OO동 OOOOO

OOO

1/15