건물공급가액의 안분계산 기준금액을 실매매가액 기준으로 한국감정원의 토지.건물의 감정가액 비율로 안분한 것으로 하는 것의 타당성 여부(경정)

처분청이 전시 법령규정에 의하여 쟁점 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액공제를 배제한 당초 처분은 정당함

1. 사실청구인은 대구직할시 달서구 OO동 OOOO OO OOO OOO에서 OO산업사라는 상호로 프라스틱가공제조업을 영위하고 있는 사람으로 청구인이 경상북도 구미시 OO동 OOOOOO 소재 답 653㎡를 88.2.4 매매를 원인으로 88.2.10 소유권이전한 후(88.9.7 공장용지 653㎡로 지목변경) 동 지상에 공장건물 199.5㎡를 신축하여 88.7.21 소유권보존등기후 동 신축공장에서 OOO공사라는 상호로 사출금형제조업을 영위하다가 쟁점공장용지와 건물을 89.2.28 청구외 OOO에게 양도한 데 대하여처분청은 구미세무서의 과세자료통보에 의거 쟁점공장용지와 건물의 총매매가액 123,000,000원을부가가치세법시행령 제48조의2제3항의 규정에 의거 지방세법상 시가표준액으로 안분하여 산출한 건물가액 71,797,752원을 과세표준으로 하여 91.1.28 자로 91년 수시분(89년 제1기분) 부가가치세 9,333,700원을 결정고지한 바 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 91.9.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장청구인은 이 건 토지·건물을 매도함에 있어서 토지가액은 100,000,000원, 공장건물가액은 20,000,000원, 동력값은 3,000,000원, 합계금액 123,000,000원으로 하여 양도하였는 바,처분청이부가가치세법시행령 제49조의2제3항의 규정에 의거 지방세법상 시가표준액으로 안분하여 산출한 건물의 가액 71,797,752원은 평당가액이 약 1,190,000원이고 토지의 평당가액은 약 256,000원으로서, 청구인의 신축평당가액 330,000원과 평당 토지취득가액 500,000원과 대비시 차이가 크므로 이 건 건물값을 20,000,000원으로 하여 과세해야 되고 또한 이 건 건물신축비용에 대한 매입세액을 공제하여야 된다는 주장이다.

3. 국세청장 의견이에 대하여 국세청장은이 건의 경우 청구인은 매도계약당시 매매당사자간에 암묵적으로 합의된 총매매대금 123,000,000원중 토지분 100,000,000원, 건물 20,000,000원, 동력비 3,000,000원이므로 동 건물가액 20,000,000원이 부가가치세의 과세거래라고 주장하나 그 주장에 대한 구체적인 증빙서류의 제시가 없어 이를 인정하기 어렵다 할 것이므로 처분청이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산한 가액을 건물과세표준으로 한 처분은 전시 법규에 의하여 달리 잘못이 없는 것으로 판단되고, 또한 청구인이 주장하는 이 건 건물신축비용에 대한 매입세액공제 여부를 살펴보면, 신청인은 쟁점건물 신축시 공급자로부터 세금계산서를 교부받은 바 없으므로부가가치세법 제17조제2항 제1호의 규정에 의하여 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하므로 청구인 주장은 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점이 건 공장건물의 가액을 지방세법상 시가표준액으로 안분하여 산정한 건물의 가액 71,797,752원을 과세표준으로 하여 과세한 당초처분의 당부와 공장건물신축시 매입세액을 공제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

이 건 처분경위를 살펴보면, 청구인이 사업에 공하던 쟁점부동산을 89.2.28 청구외 OOO에게 토지·건물가액의 구분없이 123,000,000원에 양도한 데 대하여 처분청은 쟁점부동산 양도가액 중 토지 및 건물의 가액이 불분명하다 하여부가가치세법시행령 제48조의2제3항의 규정에 의거 지방세법상 과세시가표준액으로 안분한 건물의 가액 71,797,752원을 과세표준으로 하여 이 건 처분을 하였음을 알 수 있고,이에 대하여 청구인은 쟁점부동산을 매도함에 있어서 토지가액 100,000,000원, 공장건물가액은 20,000,000원, 동력가액은 3,000,000원, 합계금액 123,000,000원으로 하여 양도하였는 바, 처분청이부가가치세법시행령 제49조의2제3항의 규정에 의거 지방세법상 시가표준액으로 안분하여 산출한 건물의 가액 71,797,752원은 평당가액이 약 1,190,000원이고 토지의 평당가액은 약 256,000원으로서, 청구인의 건물신축평당가액 330,000원과 평당토지취득가액 500,000원과 대비시 차이가 크므로 이 건 건물값을 20,000,000원으로 하여 과세해야 되고 또한 이 건 건물신축비용에 대한 매입세액을 공제하여야 된다고 서로 다툰다.

먼저 이 건 관련법조인부가가치세법시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산) 제3항을 살펴보면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되 다만 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산토록 규정하고 있는 바,일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지, 건물의 가액등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 건물의 공급가액으로 하는 데에는 하등의 문제가 없다고 할 것이나, 매매계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있다고 하더라도 그 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액인지 여부가 불분명하고 구분표시된 토지의 가액과 건물의 가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 사회통념등에 비추어 합당하지 않다고 인정되는 경우에 동 계약서상에 표시된 건물가액을 건물의 공급가액으로 할 수 없다고 할 것이며,한편으로 매매계약서상에는 비록 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있지는 않지만 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약서 체결전에 계약당사자간의 합의로 공인감정기관의 감정을 받아 동 감정가액대로 거래를 하거나 동 감정가액을 일정금액 할증한 금액으로 거래를 한 경우라든가 거래당사자중 일방 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래당사자가 토지·건물가액을 관련 장부에 구분하여 기표하고 있고, 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우등에는 그

감정가액, 감정가액을 일정비율 할증한 금액 또는 거래당사자의 기장금액중에서의 건물가액 상당을 그 실지거래가액으로 보는 것이 지방세법상 과세시가표준액으로 안분하여 계산한 가액을 공급가액으로 하는 것보다는 보다 더 합리적이라고 할 것(국심 87서287 외 다수 동지)이며,이와 같은 해석은부가가치세법시행령 제48조의2제4항이 90.12.31 신설되었는 바, 그 내용을 보면부가가치세법시행령 제48조의2제3항 본문의 규정을 적용함에 있어 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 기타 구축물의 실지거래가액으로 보되 이 경우의 적용순서는 다음 각호의 순서로 한다고 규정하면서 그 제1호에서 “주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획서상의 분양가액” 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 건축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다” 그 제3호에서 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”을 열거함으로써 위와 같은 해석내용이 대부분 입법화 된 것으로도 뒷받침된다고 할 것이다.

위와 같은 해석에 따라 이 건 사실관계를 살피건대,첫째, 청구인은 쟁점토지 취득원가를 28,083,020원(취득세 40,280원, 지목변경 42,940원 포함)으로 하고 이 건 공장건물 신축비용을 12,226,825원(취득세 316,000원 포함)으로 기장하여 이를 88년귀속 소득세 과세표준확정신고시 과세관청에 신고한 사실이 88, 89, 90년도 재무제표상에 확인되고 있고,둘째, 청구인이 쟁점부동산을 담보로 주식회사 OO은행으로부터 융자받기 위하여 위 은행이 한국감정원에 의뢰하여 산출된 감정평가내용에 의하면 88.8.22 현재(청구인 소유권 보존등기일 88.7.21) 공장용지는 39,180,000원, 건물은 19,950,000원으로 평가되고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,이 건 건물의 부가가치세 과세대상 건물의 공급가액은 다툼이 없는 실지매매가액 123,000,000원(청구인은 동력가액이 3,000,000원이라고 주장하고 있으나 청구인이 당심에 제시하고 있는 매매계약서 원본에는 동력가액을 별도 구분표시 하지 아니하고 있고 다만 동력 20k 현건물 위치에 준한다 라고만 표기되어 있음)을 기준으로 한국감정원의 토지·건물의 감정가액 비율 66.3:33.7로 안분한 가액 41,451,000원을 건물의 가액으로 하여 과세함이 전시 규정에 의거 타당하다고 판단된다. 다음으로 청구인은 이 건 건물신축비용에 대한 매입세액을 공제하여야 된다고 주장하고 있으나 청구인은 쟁점건물신축시의 매입세금계산서를 제시하지 아니하고 있을 뿐만 아니라 당해 세금계산서를 부가가치세법상의 신고기한내에 소정절차를 거쳐 제출한 사실도 입증되지 아니하고 있어 이 부분 청구주장은 이유없다고 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.