청구법인의 공통매입세액 안분계산 기준으로 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수를 적용하는 것이 타당한지 여부

도축업을 영위하는 사업자의 공통매입세액에 대하여는 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수에 따라 안분계산하는 것이 합리적이라고 보이나, 청구법인이 도축 두수와 관련한 자료를 제출하지 아니하였으므로 이에 대한 재조사 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 타인의 소와 돼지를 도축해 주고 수수료를 받는 부가가치세 과세사업과 자기의 돼지를 도축 후 고기를 판매하는 부가가치세 면세사업 등을 영위하는 겸영사업자로, 2011년 제1기부터 2015년 제2기까지(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)의 부가가치세 신고시 OOO과 같이 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하였다.

나. 처분청은 쟁점과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하여 공통매입세액 면세사업분 증가액에 가산세를 가산하여 2016.5.10. 청구법인에게 OOO와 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.5. 이의신청을 거쳐 2016.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산시 임의로 타인소 도축두수에 10을 곱하여 공통매입세액 면세사업분을 적게 계산한 것은 잘못이나,OOO 산식과 같이 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

쟁점과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 부가가치세법령에 따라 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산한 것은 타당하고, 도축업을 영위하는 사업자는 공통매입세액을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수에 따라 안분계산할 수 있다는「부가가치세법 시행규칙」제54조제1항이 2016.3.9. 신설되었으나 그 적용시기가 2016년 제1기 부가가치세 과세기간부터이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 공통매입세액 안분계산 기준으로 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수를 적용하는 것이 타당한지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)제17조[납부세액]

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.(단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생 략)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1.～

5. (생 략)

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것)제40조[공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24441호로 개정된 것)제61조[매입세액의 안분계산]

① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에

관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

(

면세공급가액

)

총공급가액

(4) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것)제81조[공통매입세액 안분 계산]

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

면세사업등에

관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

(5) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정된 것)제81조[공통매입세액 안분 계산]

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다.(단서 생략)

면세사업등에

관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

(6) 부가가치세법 시행규칙(2016.3.9. 기획재정부령 제546호로 개정된 것)제54조[공통매입세액 안분 계산]

① 영 제81조 제1항에 따른 "인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다.부칙<제546호, 2016.3.9.>제4조(공통매입세액 안분 계산에 관한 적용례) 제54조의 개정규정은 이 규칙 시행일이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 타인의 소와 돼지를 도축해 주고 수수료를 받는 부가가치세 과세사업과 자기의 돼지를 도축 후 고기를 판매하는 부가가치세 면세사업 등을 영위하는 겸영사업자이고, 자기의 소를 도축 후 고기를 판매하지는 아니한다.

(2) 청구법인은 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 신고시 OOO과 같이 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하였다.

(3) 처분청은 쟁점과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(4) 청구법인이 쟁점과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산시 임의로 타인소 도축두수에 10을 곱하여 공통매입세액 면세사업분을 적게 계산한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(5) 청구법인이 쟁점과세기간의 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수를 객관적이고 명확하게 확인할 수 있는 자료를 제출하지는 아니하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수의 비율에 의하는 것이 합리적이고 경제적실질에 부합한다고 보이는 점, 면세사업분 공급가액은 도축 후 생산된 고기판매금액인 반면 과세사업분 공급가액은 도축서비스에 대한 수수료로 공급가액의 기준이 서로 상이함에도 당해 공급가액을 과세사업과 면세사업에 공통으로 적용하여 공통매입세액을 안분계산하는 것은 불합리해 보이는 점, 기획재정부도 2016.3.9. 도축업을 영위하는 사업자의 공통매입세액에 대하여는 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수에 따라 안분계산하는 것이 합리적이라고 보아「부가가치세법 시행규칙」제54조제1항을 신설하였는바 동 조항이 신설되기 이전의 과세기간에 대하여도 도축 두수를 기준으로 안분계산하는 것이 합리적이라고 보이는 점(조심 2017광643, 2017.8.24., 조세심판관합동회의 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점과세기간의 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산시 임의로 타인소 도축두수에 10을 곱하여 공통매입세액 면세사업분을 적게 계산한 점, 쟁점과세기간의 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수를 객관적이고 명확하게 확인할 수 있는 자료제출이 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점과세기간의 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수를 확인하고 그 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.