쟁점금액이 보조금에 해당하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다는 청구주장의 당부

△△△가 사업자 선정시 ‘산업재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물의 지원금 지분에 상당하는 부분은 △△△의 소유’로 공고한 점 등으로 보아, 쟁점금액은 청구법인이 제공한 용역의 대가라 할 것이므로, 부가세 과세표준에서 제외되는 보조금에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 서비스업(온라인 정보제공업)을 영위하는 사업자로 문 화 체육관광부 및 제주특별자치도가 추진하는 ‘지역문화산업연구센 터 지 원사업’ 중 OOO콘텐츠 제작’ 사업에 사업자로 선정되었고, 동 사업의 관리기관인 재단법인 OOOOOOO(O O OO OOOOOOO라 한다)로부터 2011년 제2기 부가가치세 과세 기간 중에 수령한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 부가가 치세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 조사를 실시하여 쟁점금액을 청구법인이 제공한 용역의 공급대가로 보아 이 를 부가가치세 매출 과세표준에 포함하여 2012.5.9. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인과 OOO가 체결한 지역문화산업연구센터 지원사 업 과제협약서는 OOO가 지원하는 모든 사업에 적용하는 서식에 의한 것으로 연구과제 1차 협약서(협약기간 2011.7.1.～2011.12.30.) 제12조에 “연구에 따른 결과물의 정부출연금 지분에 상당 하는 부분은 OOO의 소유로 한다”로 되어 있기는 하나, 실 질적으로 결과물을 OOO가 소유하는 것이 아니고 쟁점금 액에 대한 사후관리차원에서 형식상의 표현인 것 뿐이어서 실질적 으로는 주관기관인 청구법인이 소유하는 것이며, 제2차 협약서(협약기 간 2012.2.1.～2012.11.30.) 제12조는 “결과물은 주관기관의 소유로 한다”로 수정되고 사후관리 차원의 문구를 삽입하였는 바, 이는 용역 사업이 아니라 총사업비 지원사업임을 알 수 있다. 사업자가 정부 또 는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업 출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 자기에게 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업 출연금은 「부가가치세세법」제13조 제2항 제4호의 규정에 의하여 부 가가치세 과세표준에서 제외되는 것이다.

나. 처분청 의견

청구법인과 OOO가 체결한 지역문화산업연구센터 지원사 업 과제협약서를 보면 2011년 제2기 과세기간에 OOO원을 사업비로 지급받기로 되어 있고, 청구법인은 연구결과보고서를 매년 중간보고 및 연차실적보고서 등을 OOO에 제출하여야 하며, 연구 결 과에 따른 결과물의 소유는 OOO가 지급한 사업비에 상 당하는 부분은 OOO의 소유로 한다고 되어 있는 바, 연 구 결과물의 소유권이 OOO에 귀속되므로 쟁점금액을 부가가 치세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 쟁점금액이 「부가가치세법」제13조 제2항에 의한 보조금에 해당하 여 부가가치세 과세표준에서 포함되지 아니한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】

② 다음 각 호의 금액은 과 세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금

(2) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용 역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으 로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO는 제주특별자치도가 100% 출연한 재단법인으로 제주특별자치도 사업을 대행하여 추진하면서 자치도로부터 사업비를 수령 및 지급하고 사업완료 후 정산하는 것으로 OOO 담당 자는 답변하고 있고, ‘OOO 설립 및 운영 조례’는 아래와 같 다. 제1조(목적) 이 조례는 민법 제32조 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법 등 관계법령에 따라 산업기술기반조성사업과 지식기반산업 및 지역산업진흥사업의 종합적이고 체계적인 추진을 통한 지역산업 경쟁 력 향상을 위하여 재단법인 OOO의 설립운영에 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다. 제11조(업무의 위탁) 도지사는 지역의 지식기반산업육성, 진흥을 위 한 업무 중 일부를 테크노파크에 위탁할 수 있다.

(2) 2011.5.12. OOO가 공고한「2011년도 지역문화산 업 연구센터 지원사업」과제수행기관 선정 공고문 일부 내용은 아래와 같다. (가) 사업목적은 제주고유의 전통문화 및 청정자원 기반의 문화콘텐 츠 상품시 장 확대와 관광산업과의 연계를 통해 지역산업 고부가 가치를 창출하고, 세계자연유산 제주의 자연환경 및 문화자원과 디지 털 기술을 융합한 실용적인 콘텐츠 개발로 전문 특화기술 육성과 CT 전문기업을 육성함 (나) 사업기간은 2011.1.～2013.12.으로 총 OOO원을 지원하며, 사업 내용으로는 OOO 기반의 스토리텔링 및 캐릭터 개 발, 제주청정자원 소재의 음원 및 음향 상품화, 전통문화콘텐츠의 애플리케이션개발(웹, 스마트폰 등 기반), 문화콘텐츠를 활용한 테마파크, 놀이공간 응용상품 개발함 (다) 연구결과물의 귀속 등은 지원과제의 수행과정에서 취득하거 나 제작한 기자재, 시설 등은 특별한 사유가 없는 한 주관기관의 소유로 하고, 산업재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 정부출연금 및 지방비 지분에 상당하는 부분을 OOO 소유로 함

(3) 2011.8.4. OOO(관리기관)와 청구법인(주관기관)간 체 결한 ‘지역문화산업연구센터 지원사업 과제협약서’ 일부 내용은 아 래와 같다. (가) 연구과제명은 ‘토종캐릭터 활용한 해녀기반 OOO제 작 및 상용화 사업’이고, 협약연구기간은 2011.7.1.～2011.12.30.임 (나) 청구법인은 매년 중간보고 및 연차실적보고서, 차년도 계획 서(종료과 제의 경우에는 최종보고서)를 사업종료일까지 OOO 에게 제출하여야 하고, OOO는 연구결과에 대하여 매년 중 간평가 및 결과평가, 최종평가를 실시할 수 있음 (다) 산업재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 지원금 지분(총사업비 기준)에 상당하는 부분은 OOO의 소유로 함

(4) 2012.4. OOO(관리기관)와 청구법인(주관기관)간 체결 한 ‘지역문화산업연구센터 지원사업 과제협약서’ 일부 내용은 아래와 같 다. (가) 연구과제명은 ‘토종캐릭터 활용한 해녀기반 OO OOOOO O 제작 및 상용화 사업’이고, 협약연구기간은 2012.2.1.～2012.11.30.임 (나) 지역문화산업연구사업의 수행결과로 얻어지는 연구기자재, 연 구시설 및, 시작품 등 유형적 결과물 및 지식재산권, 보고서의 저작 권 등 무형적 결과물은 주관기관의 소유로 하고. 다만, 참여기관등이 소 유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설등은 당해 참여기관 등 의 소유로 할 수 있으며, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 유·무형적 결과물을 OOO가 활용하거나 소유로 할 수 있 음 ·사업수행결과를 공공의 목적으로 활용하기 위하여 필요한 경우 ·주관기관이 정당한 사유없이 성과물을 실시하지 않는 경우 ·기타 수행기관이 소유하기에 부적합하다고 인정되는 경우 (다) 청구법인은 사업수행성과에 따른 결과로서 지식재산권을 출 원하거나 등록하는 경우에는 지원하는 기관(문화체육관광부와 제주 특별자치도, OOO), 과제명의 기재가 누락되지 않도록 하여 야 하고, 수행기관의 임직원·총괄책임자·참여연구원 등이 단독명의 또 는 기관이 임직원과 공동 명의로 출원하거나 등록하지 않아야 함

(5) 살피건대, “사업자(주관기관)가 정부 또 는 정부의 위임을 받은 기관(전담기관)과 기술개발협약을 체결하여 참여 기업(주관기관과 공 동 연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수 행하고 개발된 지적재 산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로 부터 지원되는 정부출 연금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것( 2010.9.28, 국세청 부가가치세과-1269 참조)”인 바, OOO가 2011.5.12. 사업자 선정시 ‘ 산업재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 지원금 지분에 상당하는 부분은 OOO의 소유’로 공고하였고, 사업자 선정 후 OOO 와 청구법인 간에도 동일한 내용으로 협약을 체결한 점 등을 보 면, 이 건 부가가치세 해당 과세기간에 지급한 쟁점금액은 청구법인이 제 공한 용역의 대가라 할 것이므로 쟁점금액이 「 부가가치세법」 제13조에 따 른 보조금으로 부가가치세 과세표준에 포함 되지 아니한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본 법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한 다.