신축주택 취득후 5년 내 양도하는 경우 신축주택 취득이전의 양도소득에 대한 양도소득세도 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

조세특례제한법 제99조의3 과세특례는 종전주택취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 적용되지 않음

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.5.9. OOO에 소재한 연립주택 16동 505호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 재건축공사를 통하여 2005.10.25. 준공(사용승인일 2005.10.5.)한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2008.4.15. 양도하고 양도소득세 OOO원을 납부하였다.

나. 이후 청구인은 쟁점주택이 신축주택 감면대상에 해당되는 것으로 보아 2011.7.7. 양도소득세 OOO원의 감면 및 환급을 신청하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2011.11.4. 장기보유특별공제 적용 및 산출세액 중 쟁점주택 사용승인일부터 양도일까지 해당하는 세액을 감액하여 청구인에게 양도소득세 OOO원을 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

종전주택 취득일부터 양도일까지 발생된 양도소득 전체에 대하여 양도소득세를 감면하여야 하며, 신축주택 취득일로부터 양도일까지의 발생한 소득에 대해서만 감면하는 취지였다면 세액감면 방식이 아니라 5년 경과후 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 소득을 과세대상 소득에서 제외하는 방식이었어야 하고, ‘5년 이내에 양도함으로써 발생한 소득’이란 ‘5년 이내에 양도함으로 인하여 발생한 소득’으로 문리해석하여 신축주택 취득전까지 발생한 소득+신축주택 취득후 양도일까지 발생한 소득으로 보아야 하며, 세액감면신청서 작성요령에 따라 작성하면 5년 이내에 발생한 전체 양도소득금액이 감면소득 대상이다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3 에 따르면 신축주택에 대한 감면대상은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 규정되어 있으므로 쟁점주택 신축일부터 양도일까지 발생된 양도소득에 대하여만 양소득세를 감면하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 신축주택 양도에 대한 감면세액의 범위

나. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세신고서(2008.6.30.)에 따르면 청구인은 쟁점주택의 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 장기보유특별공제 “0”, 양도소득금액 OOO원 및 50%의 세율을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부한 것으로 되어 있다.

(2) 경정청구서(2011.7.7.)에 따르면 청구인은 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 기타필요경비 OOO원 장기보유특별공제 OOO원, 양도소득금액(감면소득금액) OOO원으로 하여 양도소득세(감면세액) OOO원의 환급을 요청하는 경정청구를 한 것으로 되어 있다.

(3) 경정결의서(2011.11.4.)에 따르면 처분청은 쟁범주택을 신축주택으로 하되 사용승인일부터 양도일까지의 발생소득을 감면하는 것으로 하여 청구인이 경정청구한 감면소득금액 OOO원중 OOO원을 감면소득으로 보아 이에 대한 감면세액 OOO원과 50% 세율 적용에 따라 과다 납부한 세액을 합쳐 OOO원을 환급한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 신축주택 취득일을 종전주택 취득일로 보아야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 따르면 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로서 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정되어 있고, 동법 시행령 제99조의3 제2항에 따르면 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}와 같이 계산한 금액으로 하도록 규정되어 있으므로 처분청이 쟁점주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득금액에 해당하는 양도소득세를 감면한 처분은 정당한 것으로 판단된다(조심 2011서4975, 2012.4.9. 등 다수 같은 뜻임).

4. 결론

심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.