장기보유특별공제 적용대상인지 여부(경정)

기타 법령의 규정등에 의하여 사용이 직접적으로 금지되거나 제한된 토지가 아니므로, 장기보유특별공제를 배제하는 토지가 아니라고 판단됨.

1. 원처분 개요청구인 서울특별시 송파구 OO동 OOOOOO 대지 168.3㎡(이하 “쟁점토지”라 함)를 89.10.14 양도하였다.처분청은 쟁점토지 168.3㎡를 78.10.25 취득하여 89.10.14 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여 95.1.16 청구인에게 89과세년도 양도소득세 24,651,300원 및 동 방위세 4,930,260원을 결정고지하였다.청구인들은 이에 불복하여 95.3.17 심사청구를 거쳐 95.6.22 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장1) 이 건 양도소득세계산시 실제로 환지확정시 증가된 면적 19㎡의 면적에 대한 환지청산대금 6,360,000원을 납부하였으므로 이를 필요경비(취득가액)로 공제함이 타당하고,2) 89.3.13 토지구획정리사업 완료후 2년이내에 양도하였으므로 토지초과이득세법상 유휴토지가 아니고, 10년이상 보유부동산에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

나. 국세청장 의견1) 실지조사청구가 없어 기준시가로 양도소득세등을 결정하는 경우 취득가액은 기준시가에 의하여 결정하는 것이므로 환지청산금을 별도의 필요경비로 인정할 수 없으며,2) 양도당시 나대지임에 다툼이 없는 쟁점토지는 장기보유특별공제 적용대상이 아니며, 양도일 현재 법령등에 의하여 사용이 제한된 토지에 해당되지 않으므로 처분청의 당초처분에 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 기준시가로 과세하는 경우 환지처분시 증가된 면적에 대한 과세가 정당한지1) 관련법령가) 쟁점토지 양도당시 시행된소득세법 제45조제1항 제2호,동법시행령 제94조제2항 및동법시행규칙 제47조제1항 제1호의 규정에 토지구획정리사업법 등에 의하여 시행하는 사업으로 인하여 당해 사업구역내의 토지 소유자가 부담하는 수익자부담금·환지청산금 등의 사업비용은 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제하는 필요경비인 설비비 및 개량비에 해당되는 것으로 규정되어 있고,나)소득세법시행령 제95조제5항에서 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 설비비와 개량비 등이 있었을지라도 이들 금액을 필요경비로 인정하지 아니하고 양도토지 취득당시 등록세 과세표준액의 100분의7 상당액을 취득당시의 기준시가에 가산하도록 규정하고 있다. 다)소득세법시행령 제53조제3항에 토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지전의 토지의 취득일로 한다라고 규정하고 있는데, 이는 토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는소득세법 제4조제4항의 규정에 의하여 양도로 보지 아니하며, 그 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는소득세법시행령 제53조제3항의 규정에 의하여 환지전의 토지의 취득일로 하고, 환지면적이 권리면적에 미달하여 환지청산금을 교부받는 부분은 토지가 유상으로 이전되는 것이므로 양도에 해당하며, 환지면적이 권리면적을 초과하여 환지청산금을 납부하는 과도면적(증평)부분은 환지전 토지와는 별도로 환지시에 새로이 취득한 것으로 해석된다.

(같은의견 ; 재무부예규 재산46014-54, 94.2.2, 국심 94중0274, 94.6.30 합동)2) 사실관계가) 환지확정지정서에 의하면, 쟁점토지는 OO지구 토지구획정리사업에 의하여 종전토지(구번시 OOOOO) 167㎡(취득일 ; 78.10.25)가 권리면적 149.2㎡, 징수(증가)면적 19.1㎡, 환지면적 168.3㎡로 88.12.22 환지처분확정되었음을 알 수 없다. 나) 청구인은 위 징수(증가)면적 19.1㎡에 대한 환지청산금 6,360,000원을 89.3.13 납부하였다. 다) 처분청 심리자료에 의하면 쟁점토지 168.3㎡와 환지전 토지의 면적이 같은 것으로 보고, 취득시기를 78.10.25로 하여 취득가액을 계산하였음을 알 수 있다.

3) 판 단가) 위 관련법령 가)에서와 같이 환지청산금은 설비비 및 개량비에 해당되어, 실지거래가액으로 과세하는 경우에는 필요경비로 공제할 수 있는 것이나, 기준시가로 과세하는 경우에는 위 관련법령 나)에 의하여 환지청산금등을 별도의 필요경비로 인정하지 아니하는 것이므로 청구인이 납부한 환지청산금 6,360,000원은 필요경비에 산입할 수 없다 할 것이다.나) 다만, 위 관련법령 다)의 해석에서와 같이 환지처분으로 인하여 환지면적이 권리면적을 초과하여 환지청산금을 납부하는 징수(증가)면적부분 19.1㎡는 환지처분공고일 익일인 88.12.23에 새로이 취득한 것이되고, 권리면적 149.2㎡의 종전토지 면적은 167㎡(78.10.25 취득)로 확인되므로 이에 따라 양도차익을 재결정함이 타당하다고 판단된다.

나. 장기보유특별공제 적용대상인지1) 관련법령양도당시의소득세법 제23조제2항 제2호, 동 시행령 제46조의 3에 의하면 원칙적으로 5년이상 보유한 부동산의 양도소득금액은 양도차익에서 일정율의 장기보유특별공제를 할 수 있으나, 나대지 등에 대한 양도소득에 대하여는 그 적용을 배제하도록 규정하면서, 위 시행령 단서에서 양도일 현재 건축 및 사용이 제한된 토지등은 그러하지 아니하다고 규정하여 예외를 인정하고 있다.

2) 사실 및 판단가) 처분청의 심리자료에 의하면 양도당시 실태가 나대지 상태로 판정되어 있고, 이에 대한 다툼은 없다.나) 쟁점토지등은 88.10.15 토지구획정리사업공사가 완료되어 양도일 현재 건축 및 사용이 금지되거나 제한된 토지에도 해당되지 않음이 확인된다.다) 그렇다면 쟁점토지는 양도일 현재 나대지에 해당되고, 기타 법령의 규정등에 의하여 사용이 직접적으로 금지되거나 제한된 토지가 아니므로, 장기보유특별공제를 배제하는 토지에 해당된다고 판단된다.

다. 따라서 이 건 심판청구는 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.