과세사업의 매입세액을 면세사업의 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부(기각)

면세사업인 자동차운전학원을 형과 공동사업하는 사업장의 토지를 동생이 취득해 건물을 신축하고 당해 부동산을 당해 공동사업장에 임대하는 경우, 부동산임대업을 부인하고 관련 매입세액을 면세사업 관련으로 본 사례

1. 사실청구인은 1999.7.29 대한주택공사로부터 서울특별시 OO구 OO동 OOOOO 대지19,448㎡의 사용승낙을 받아 이를 사업장으로 하여 1999.9.7 청구인의 형인 OOO과 동업으로 “OO자동차운전전문학원”(이하 “자동차운전학원”이라 한다) 사업자등록을 하고, 1999.12.28 위 사업장에 청구인 단독으로 부동산임대 사업자등록을 한 후, 1999.12.30 위 대지를 (주) OO엔지니어링(대표 청구인)과 공동으로 취득(지분 각각 1/2)하여 동 지상에 2000.5.8 청구인 단독으로 건물 1,673.64㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 위 대지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축한 후 쟁점부동산을 자동차운전학원에 임대하고, 쟁점건물 신축에 따른 부가가치세 매입세액을 환급신고하여 처분청으로부터 1999.2기 확정분 부가가치세 15,010,636원, 2000.1기 예정분 부가가치세 63,362,731원을 환급받았으나, 2000.1기 확정분 부가가치세 75,671,542원은 처분청이 환급을 거부하여 환급받지 못하였다.처분청은 이에 대하여 부동산임대업은 위장사업이며 실질은 청구인이 청구외 OOO과 면세사업인 자동차운전학원을 운영하는 것으로 보아 쟁점건물 신축에 따른 매입세액의 공제를 부인하여 2000.8.2 청구인에게 1999.2기 부가가치세 16,511,690원 및 2000.1기 부가가치세 76,817,150원을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2000.8.26 이의신청을 거쳐 2000.12.6 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 청구인의 형 OOO과 1999.8.1 자본금의 총액을 1억원으로 하고 청구인이 70%, OOO이 30%를 각각 출자하여 자동차운전학원을 운영하기로 동업계약을 체결하고 1999.9.7 공동사업자로 사업자등록을 하였으며, 또한 청구인이 부동산임대사업자로 등록을 하고 쟁점건물을 신축한 후 쟁점부동산을 자동차운전학원에 임대하고 매월 임대료(토지임대료 18,500,000원, 건물임대료 2,500,000원)를 받고 있는 바, 민법상 소유권은 등기에 의하여 공시되는 것으로 쟁점부동산의 사용·수익·처분권이 청구인에게 귀속되고 위 학원의 운영자인 공동사업자에게 귀속될 수 없으며, 자동차운전학원과 부동산임대사업은 별개의 사업임에도, 처분청에서 청구인의 부동산임대업을 부인하고 면세사업인 자동차운전학원을 실질적으로 운영하는 것으로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 자동차운전학원을 운영하는 면세사업자로, 청구인 소유의 토지에 청구인 명의의 건물을 신축하고 비록 부동산임대업으로 별도의 사업자등록을 하였다 하더라도 실질은 하나의 사업장에서 청구인과 청구외 OOO이 면세사업을 영위하는 것에 불과하므로 면세사업에 사용되는 건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액을 불공제한 과세처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단가. 쟁점이 건의 다툼은 청구인이 부동산임대업을 영위하고 있는 것을 부인하고 동 사업장에서 면세사업인 자동차운전학원을 운영하는 것으로 보아 동 건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령부가가치세법 제17조제2항에서 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액」이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1999.9.7 청구인의 형 OOO과 동업으로 쟁점부동산의 소재지를 사업장으로 하여 자동차운전학원 사업자등록을 하고, 1999.12.28 청구인 단독으로 쟁점부동산을 사업장으로 하여 부동산임대 사업자등록을 한 후, (주)OO엔지니어링과 공동으로 1999.12.30 쟁점부동산의 대지를 대한주택공사로부터 취득하여 청구인 단독으로 쟁점건물을 신축하고, 쟁점건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액을 환급신고하여 일부 환급받은 사실이 사업자등록증, 부동산등기부등본, 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인되고,처분청은 부동산임대 사업자등록은 위장사업이며, 쟁점건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액은 면세사업인 자동차운전학원에 관련된 매입세액이라 하여 동 매입세액의 공제를 부인하여 이 건 과세하였음이 부가가치세 경정결의서, 처분청의 조사서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인이 청구인의 형 OOO과 쟁점부동산의 소재지를 사업장으로 하여 자동차운전학원을 공동으로 영위한다는 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구인은 부동산임대업으로 사업자등록을 하고 쟁점부동산을 자동차운전학원에 임대하면서 부동산임대수입에 대한 부가가치세를 신고하여 왔으며, 하나의 사업장에 자동차운전학원과 부동산임대업을 영위한다 하더라도 양자는 전혀 별개의 사업이므로 부동산임대업을 부인하고 쟁점건물의 신축에 따른 매입부가가치세의 공제를 부인하는 것은 부당하다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다.

청구인의 부가가치세 신고서 내역에 의하면, 청구인은 1999.2기에는 매출세액 없이 매입세액 15,010,636원을 신고하여 동액을 환급받고, 2000.1기에는 매출세액 500,000원, 매입세액 139,554,273원을 신고하여 139,054,273원을 환급받았으며, 2000.2기에는 매입세액없이 매출세액 12,600,000원을 납부세액으로 신고한 사실이 확인되어, 청구인이 외형적으로는 부동산임대사업자등록을 하고 동 부가가치세를 정상적으로 신고한 것으로 나타나나,청구인은 당초 1999.9.7 쟁점부동산의 소재지를 사업장으로 하여 청구인의 형 OOO과 동업으로 자동차운전학원을 영위하는 것으로 하여 사업자등록을 한 후에, 쟁점건물을 신축하면서 다시 1999.12.28 쟁점부동산의 소재지를 사업장으로 하여 부동산임대로 사업자등록을 하였는 바, 위 사업자등록 경위를 보면 청구인의 당초 사업목적은 자동차운전학원을 영위하는 데 있었던 것으로 보여지고,청구인이 쟁점부동산의 소재지를 사업장으로 하여 청구인의 형 OOO과 자동차운전학원을 공동사업으로 하면서, 청구인이 청구인 소유의 쟁점부동산을 공동사업에 출자하지 아니하고 임대한다는 것이 상관행상 자연스럽지 아니한 점에 비추어 볼 때, 청구인이 부동산임대사업자등록을 하고 쟁점부동산을 청구인과 청구인의 형 OOO의 공동사업인 자동차운전학원에 임대한 것을 정상적인 임대사업으로 보기는 어려운 것으로 판단된다.

따라서 처분청에서 청구인의 부동산임대사업을 위장사업으로 보아 부인하고, 쟁점건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액을 면세사업인 자동차운전학원에 관련된 매입세액으로 보아 동 매입세액의 공제를 배제하고 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 판단되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.