일시사용 보상금 345,958,840원을 토지의 사용료인 용역의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부(취소)

처분청이 일시사용 보상금 345,958,840원을 단순한 토지의 일시 사용에 의한 임대료 성격이 있는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당함.

1. 처분 개요

청구외 서울특별시는 94.3.3～95.3.2 기간에 청구법인의 소유토지인 서울특별시 강동구 O동 OOOOOO 대지 2,864.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지하에 지하철 O호선 노선 공사를 시행할 목적으로 수용절차를 거친 후 94.3.3 청구법인에게 지하철선로구조물의 영구설치에 대한 보상금(이하 “지하영구사용 보상금”이라 한다) 599,256,940원과 지하철 노선 구조물의 설치공사 기간동안 그 지상토지의 개폭(절토)으로 인해 청구법인이 일시 사용하지 못한 데 대한 보상금(이하 “일시사용 보상금”이라 한다) 345,958,840원 합계 945,215,780원을 지급하였다. 처분청은 청구법인이 수령한 위 보상금 중 지하영구사용 보상금은 손실보상적 성격이 있다고 보아 과세대상에서 제외하고, 일시사용 보상금 345,958,840원은 지하철공사 기간동안 토지를 일시 이용한 댓가로 지급하는 일종의 임대료로서 용역의 공급에 해당된다고 보아 95.7.1 청구법인에게 94년 제1기분 부가가치세 40,886,040원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.8.25 심사청구를 거쳐 95.10.24 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 89.3.29 쟁점토지를 취득하여 89.8월 그 지상에 근린생활 및 업무용 시설인 건물(지하 6층, 지상17층의 연면적 31,589.49㎡)을 신축하기 위해 서울특별시장으로부터 건축허가를 받아 건설착공을 위해 기존의 지상건축물의 철거 및 정지작업등을 하여 오던 중 90.4.27 서울특별시장으로부터 쟁점토지는 90.5월경 착공예정인 지하철 O호선에 저촉되므로 건설시공을 중지하라는 명령을 통보받고, 서울특별시장을 상대로 공사중지명령은 부당하므로 이를 철회하라는 행정소송을 제기하여 91.11.8 대법원으로부터 승소판결을 통보받자, 서울특별시는 공공사업을 목적으로 중앙토지수용위원회의 재결을 받아 일방적으로 쟁점토지를 수용하고 청구법인에게 보상금을 지급한 데 대하여 처분청이 그 보상금 중 일시사용 보상금에 대하여 부가가치세를 과세하였는 바, 동 일시 보상금에는 청구법인이 건설착공을 위해 기존의 건축물의 철거 및 정지작업에 투입되었던 비용의 손실금, 지하철 공사에 따른 청구법인의 기존 설계의 변경과 지상건물의 구조적 보강등에 추가로 소요되는 비용등 손실보상적인 비용도 포함되었으므로 처분청이 그 토지의 사용료로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견 이 건 보상금 중 지하영구사용 보상금은 토지의 지하권에 대한 손실보상금 성격으로 과세대상에 해당되지 아니하지만 일시사용 보상금은 지하철 건설기간동안 토지 이용에 따라 지급하는 임대료 성격인 용역의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

일시사용 보상금 345,958,840원을 토지의 사용료인 용역의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 그 다툼이 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의하면 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제2조 제1항에서 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으며,

(2) 같은법 제7조 제1항에서 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화 또는 시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 그리고, 회계학상의 어떠한 행위 또는 거래가 일어남으로써 그에 대한 댓가를 받는 경우에도 그 댓가가 재화 또는 용역의 공급에 대한 반대급부 관계가 성립되지 아니하는 수용등에 의한 손해배상금 또는 손실보상금등은 과세대상의 범위에 포함되지 아니한다 하겠다(국심 92서2217, 92.8.1, 부가가치세법 기본통칙 1-1-3...3등, 같은 뜻임).

다. 사실 및 판단

(1) 사실관계

○ 89.3.29 : 쟁점토지 취득일

○ 89.8.31 : 서울특별시로부터 쟁점토지상의 건축허가를 받음 (지하 6층, 지상17층, 연면적 31,589.49㎡, 용도 : 업무시설등)

○ 89.9월～10월 : 공사착공을 위하여 쟁점토지상의 기존 건축물의 철거 및 정지작업등의 공사를 이행

○ 90.1.7 : 청구법인이 지하터파기공사를 위해 청구외 OO특수개발주식회사와 흙막이공사계약을 체결 및 작업준비

○ 90.4.27 : 서울특별시장으로부터 쟁점토지상 건축물은 90.5월경 착공 예정인 지하철 O호선에 저촉된다는 이유로 시공중지 명령을 함

○ 90.10.13 : 건설부장관이 지하철 O호선 노선확정고시 (건설부 고시 제695호)

○ 91.11.8 : 청구법인이 정당한 절차를 거쳐 건축허가를 받아 시공준비 중에 있으므로 동 공사중단명령은 부당하다는 이유로 서울특별시장을 상대로 대법원에 제소하여 승소 확정판결을 받음

○ 94.2.4 : 서울특별시는 중앙토지수용위원회의 재결을 받아 쟁점토지를 수용함

○ 94.2.26 : 서울특별시가 법원에 이 건 지하영구사용 보상금과 일시사용 보상금을 공탁하고 그 사실을 청구법인에게 통보

○ 94.3.3 : 청구법인이 위 보상금을 수령

(2) 위의 사실에서 본 바와 같이 청구법인이 적법한 절차를 거쳐 서울특별시로부터 건축허가를 받아 건설착공을 위하여 기존건물의 철거등 기초공사를 하고 있던 중에 동 허가관청인 서울특별시가 청구법인에게 공사시공 중지지시를 함에 따라 청구법인은 이에 불복하여 대법원에 소송을 제기하여 승소확정판결을 받자, 서울특별시는 수용의 절차를 거쳐 지하영구사용 보상금 599,256,940원과 일시사용 보상금 345,958,840원 합계 945,215,780원을 청구법인에게 지급한 데 대하여, 처분청은 전자의 경우만 손실보상금적 성격이 있는 경우로 보고 후자는 임대료의 성격으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였는 바, 일시사용 보상금 345,958,840원의 성격에 대하여 보면 서울특별시가 90.4.27 청구법인에게 90.5월경에 지하철 O호선 공사를 착공할 예정이라는 이유로 청구법인의 건물신축공사의 중지명령을 한 후 4년이 지난 94.3.3～95.3.2 기간에 지하철 O호선 공사를 시공하면서, 그 일시사용 보상금은 동 공사기간 1년 기준으로 산정한 사실이 보상금산정기준표에 의하여 확인되므로 청구법인이 공사중지 명령을 한 90.5월부터 지하철공사 착공일(94.3.2)까지 사실상 쟁점토지를 사용하지 못한 데 대한 손실보상금, 청구법인이 89.9월～89.12월 기간에 건설을 착공하기 위하여 기존의 건축물의 철거 및 정지작업에 투입된 비용의 손실금, 쟁점토지의 지하상황이 달라졌기 때문에 그 지상 건물의 건축설계를 다시 하여야 하는 데 추가로 소요되는 비용 및 만일, 지하철공사가 시행되지 아니하였다고 볼 때 청구법인은 쟁점토지상에 91.7월경(허가서상 준공예정일)에 건축을 준공하여 임대에 이용하였을 것이므로 동 지하철공사로 인해 91.7월부터 지하철공사기간 만료일(95.3.2)까지 임대료에 상당한 예상익금의

손실금등과 기타 청구법인이 그 공사기간 동안 토지를 사용하지 못한데 대한 임대료적 성격의 비용이 모두 포함되었다고 봄이 타당하고, 또한, 서울특별시의 질의회신문(건관 58342-1632, 95.9.18)에 의하면 동 일시사용 보상금은 「기초가격(공시지가등) × 기대이율 + 필요경비」의 방법으로 산출되었기 때문에 부가가치세가 포함되지 아니 한 것으로 확인되는 점 등을 모두어 볼 때 일시사용 보상금은 부가가치세 과세대상에 해당되지 아니한다고 봄이 타당하다 하겠다. 위의 법령 및 사실관계를 종합하여 볼 때 처분청이 이 건 일시사용 보상금 345,958,840원을 단순한 토지의 일시 사용에 의한 임대료 성격이 있는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.