쟁점토지의 취득원가를 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부(경정)

지급 증빙이 확인된 토지조성비에 대한 부가가치세, 취득세, 부지조성설계비, 산림복구설계비는 자본적지출로 보아 취득원가에 포함하는 것이 타당함

1. 처분개요

청구인이 1996. 6. 20. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지, 공장용지 792㎡, 같은리 ○○번지, 350㎡, 같은 리 ○○번지, 1,708㎡, 같은 리 ○○번지, 497㎡, 합계 3,347㎡의 공장용지(이상 4필지 지번은 ○○번지에서 변경 및 분할된 것으로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 198,000천원에 취득하여 1997. 1. 22. 동 지상에 공장건물 1,322㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 신축하여 2002. 5. 31. 쟁점토지와 쟁점공장이 682,247,360원(토지 563,267,360원, 건물 118,980,000원)에 한국토지공사에 수용되어 취득가액을 554,135,541원(쟁점토지 433,013,901원, 쟁점공장 121.121.640원)으로 하여 2003. 4. 2. 양도소득세 25,178,450원을 신고 · 납부하였다. 처분청은 청구인이 제시한 쟁점토지의 취득가액 433,013,901원중 증빙이 없는 개발용역비 162,207,901원을 부인하고, 청구인이 취득원가로 계상하지 아니한 토지조성공사비 29,000,000원, 대체조림비 15,438,200원, 취득 · 등록세 4,337,738원, 합계 48,775,938원을 취득원가로 인정하여 차가감액 113,421,963원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 433,013,901원에서 제외한 319,581,938원을 취득가액으로 보아 2006. 2. 11. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 52,937,373원을 경정 · 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 5. 10. 이의신청을 거쳐 2006. 10. 18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지의 형질변경시 지출된 비용을 산정할 수 없으므로 공사원가 보고서상 개발용역비 등 250,302,660원과 토지조성공사비 31,900,000원, 개발부담금 72,806,000원, 주식회사

○○○○

엔지니어링(대표이사 김○○, 이하 “

○○○○

엔지니어링”이라 한다)에 지급한 11,429,950원, 장부상 미반영원가 2,475,000원, 합계 368,913,610원을 취득원가로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지의 취득원가로 368,913,610원을 제시하고 있으나, 이중 토지매입액 198,000,000원, 개발부담금 72,806,000원, 토지조성비 29,000,000원, 대체조림비 15,438,200원, 등기설정비 4,337,738원, 합계 319,581,938원을 제외한 나머지 금액 중

○○○○

엔지니어링 명의로 과세된 1996. 12. 31. 납기 취득세 11,429,950원은 청구인이 쟁점토지를 취득함에 따라 발생한 비용으로 볼 수 없으며, 청구인이 1996. 3. 18. 중소기업진흥공단○○공조기기협동화사업(이하 “협동화사업”이라 한다) 추진주체인 주식회사 ○○엔지니어링에 지급한 창업준비금 10,000,000원은 쟁점토지의 취득과 관련된 비용으로 볼 수 없고, 쟁점토지구입당시의 취득세라고 주장하는 8,925,000원은 위 11,429,950원중 본세에 해당하는 금액으로 이중계상된 금액이며, 청구인은 협동화사업에 지급한 인건비 2,475,000원을 결산장부에 반영하지 못하였다고 주장하나 1996년 재무제표상에 이미 49,660천원의 노무비가 계상되어 있어 위 2,475,000원이 기왕의 노무비에 포함되었는지 여부를 알 수 없고, 기타 나머지 금액에 대하여는 토지의 취득원가로 주장하면서도 구체적인 입증서류를 제시하지 아니하여 쟁점토지의 취득원가로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 청구인이 지급한 창업준비금 등 49,331,672원이 쟁점토지조성의 자본적지출에 해당하지 아니한다 하여 쟁점토지의 취득원가를 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(생략)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(생략)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. ③양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

(3) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

(4) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차액의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(생략)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

(5) 소득세법시행령 제163조 【양도소득의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”아라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용 · 화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간중에 동 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 부동산임대소득금액 · 사업소득금액 또는 산림소득금액 계산시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용 · 화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경 · 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외

○○○○

엔지니어링은 쟁점토지를 취득하여 협동화사업(추진주체, 주식회사 ○○엔지니어링)의 개별업체로 참여하던중 부도가 발생하였으며, 협동화사업 참여업체들은 1996. 5. 15. 청구인(○○엔지니어링)이

○○○○

엔지니어링의 사업을 인수하여 협동화사업에 참여할 수 있도록 승인하였고, 청구인이

○○○○

엔지니어링으로부터 쟁점토지를 198,000천원에 양수하여 협동화사업에 참여하는 것으로 1996년 3월 양도 · 양수계약서를 작성하였으며, 1996. 6. 20. 쟁점토지를 양수하여 1997. 1. 22. 동 지상에 쟁점공장을 신축하였다가 2002. 5. 31. 682,247,360원(쟁점토지 563,267,360원, 쟁점공장 118,980,000원)에 한국토지공사에 수용되었음이 협동화사업체 회의록, 양도 · 양수계약서, 수용확인원 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지 및 쟁점공장을 아래와 같이 취득하고, 양도한 것으로 하여 2003. 4. 2. 2002년 귀속 양도소득세를 신고 · 납부하였음이 양도소득세 신고서에 의하여 확인된다. 아 래 (단위 : ㎡, 원)

소재지

물건명

면적(㎡)

취득일

취득가액

양도일

양도가액

○○리○○외

공장건물

1,322.00

1999.3.27

121,121,640

2002.5.31

118,980,000

○○리○○

공장용지

792

1996.6.20

118,056,592

”

153,568,800

○○리○○

”

350

1996.6.20

52,171,474

”

67,865,000

○○리○○

”

1,708.00

1996.6.20

254,596,793

”

331,181,200

○○리○○

”

165.67

1996.6.20

8,189,042

”

10,652,360

합 계

3,015.67

554,135,541

682,247,360

(3) 처분청은 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액 433,013,901원중 113,431,963원을 과다 신고한 것으로 조사하여 아래와 같이 양도소득세를 경정 · 고지하였음이 양도소득세 경정결의서에 의하여 확인된다. 아 래 (단위 : 천원)

구분

양도가액

취득가액

과세표준

산출세액

자납및

계

토지

건물

고지세액

신고

682,247

554,136

433,014

121,122

102,440

25,178

25,178

경정

682,247

440,704

319,582

121,122

196,308

58,971

53,051

차액

0

113,432

113,432

0

93,868

33,793

78,229

※ 위 취득가액 차액 113,431,963원은 증빙불비로 인하여 쟁점토지의 조성비로 확인할 수 없는 개발용역비 162,207,901원에서 청구인이 취득원가로 계상하지 아니하였으나 취득원가로 인정한 부지조성공사비 29,000,000원, 대체조림비 · 전용부담금 15,438,200원, 등기설정비 등 4,337,738원을 차감한 금액임

(4) 청구인 및 처분청이 주장하는 쟁점토지의 취득가액을 비교하여 보면 아래와 같으며, 쟁점토지 취득원가 (단위 : 원)

적 요

청구인주장

처분청 의견

차액

①

토지매입액

198,000,000

198,000,000

②

개발부담금

72,806,000

72,806,000

③

토지조성비

31,900,000

29,000,000

2,900,000

④

대체조림비

15,422,200

15,438,200

-16,000

⑤

등기설정비

4,274,000

4,337,738

-63,738

⑥

그린테크피아 추가지급분

11,429,950

11,429,950

⑦

협동화사업 창업준비금

10,000,000

10,000,000

⑧

쟁점토지 취득세

8,925,000

8,925,000

⑨

대지변경에 의한 취득세

8,914,290

8,914,290

⑩

부지조성공사 설계비

2,970,000

2,970,000

⑪

결산장부 미반영원가

2,475,000

2,475,000

⑫

토지이전비

808,650

808,650

⑬

측량비

633,920

633,920

⑭

임업협동조합

180,000

180,000

⑮

부지감정표

174,650

174,650

합 계

368,913,660

319,581,938

49,331,722

청구인은 위 취득원가중 일부에 대하여 증빙을 찾을 수 없다고 주장하면서 쟁점토지의 지목이 임야에서 대지로 변경됨에 따라 부과된 취득세 8,914,290원, 공장신축에 대한 공동인건비 배분액 2,475,000원의 산정근거를 아래와 같이 제시하고 있다. 8,914,290원 = [공시지가 차이(161,000원-24,800원)X면적(2,975㎡)X취득세율(0.022)=8,914,290원] 2,475,000원 = [(인건비 2,750,000원X9개월+상여금 1,280,000원)÷토지 · 건물에 배분 2 X 청구인 지분 0.2 = 2,475,000원]

(5) 청구인은 1996. 3. 18. 협동화사업 추진주체인 주식회사 ○○엔지니어링 대표 김○○에게 창업준비금 10,000,000원을 지급하였다는 영수증 사본을 제시하고 있다.

(6) 청구인은

○○○○

엔지니어링이 1996년 3월 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지, 같은곳 ○○번지, 임야 900평을 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 거주 이○○으로부터 198,000,000원을 지급하고 매입한 매매계약서와 영수증 사본을 제시하고 있다.

(7) 청구인은

○○○○

엔지니어링에 고지된 취득세 11,429,950원의 독촉장과 부지조성설계비 2,970,000원 및 임업협동조합에 납부한 산림복구설계비 180,000원에 대한 증빙서류를 제시하고 있다.

(8) 이상의 사실과 관련법령을 종합하여 보면 청구인이 주장하는

③ 토지조성비 29,000,000원(처분청이 쟁점토지 취득원가로 인정)에 대한 부가가치세 2,900,000원은 토지조성에 관련된 부가가치세로 부가가치세 매입세액이 공제되지 아니하여 쟁점토지의 취득원가에 해당하고,

⑥

○○○○

엔지니어링에 고지된 취득세 11,429,950원은 청구인이 쟁점토지를 포함하여

○○○○

엔지니어링의 협동화사업을 양수하였으므로 쟁점토지의 취득원가에 해당하며,

⑩ 부지조성설계비 2,970,000원 및

⑭ 임업협동조합에 납부한 산림복구설계비 180,000원에 대한 증빙서류를 제시하고 있으므로 쟁점토지의 취득원가에 가산하여야 할 것으로 판단되나, 나머지

⑦ 협동화사업 창업준비금 10,000,000원은 증빙서를 제시하고 있으나 이 금액이 쟁점토지의 취득원가를 구성한다는 객관적인 증빙이 없으며,

⑧ 쟁점토지의 취득세 8,925,000원의 위 11,429,950원에 이미 포함되어 중복계상된 것이며,

⑨ 대지변경에 의한 취득세 8,914,290원,

⑪ 결산장부 미반영원가 2,475,000원,

⑫ 등기이전비 808,650원,

⑬ 측량비 633,920원,

⑮ 부지감정료 174,650원은 증빙서를 제시하지 아니하여 취득원가로 보기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 토지조성관련 부가가치세 2,900,000원, 취득세 11,429,950원, 부지조성설계비 2,970,000원, 산림복구설계비 180,000원, 합계 17,479,950원을 쟁점토지의 취득원가에서 부인하여 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이라 하겠다.

라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.