재개발 이전 종전부동산의 보유기간을 산정하여 장기보유특별공제율을 적용할 수 없음(기각)

재개발사업 이전의 종전부동산 보유기간에 대하여 장기보유특별공제율을 적용하도록 하는 규정이 없으므로, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못없음.

1. 처분개요

가.청구인은 1985.1.1. 취득한 OOOOO OOO OOO OOOO 토지(313.2㎡) 및 같은 동 80-18 토지(46.3㎡) 지상 상가건물 798.3㎡(이하 “종전부동산”이라 한다)가 ‘OOOOO 도시환경정비사업’으로 재개발되면서 관리처분으로 인하여 아파트 4채를 취득하여 순차적으로 매각하는 과정에서 2009.5.4. OOOOO OOO OOO O OOOOOOO OOOOOOOO(건물면적 158.99㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 마지막으로 10억5천만원에 양도하고 양도당시 1세대 2주택이라 하여 장기보유특별공제를 하지 아니하고 양도소득세를 신고납부하였다.

나. 그 후 청구인은 쟁점주택에 대한 양도소득을 종전부동산의 취득일부터 쟁점주택의 양도일까지 계산하면서 종전부동산의 보유기간에 따른 장기보유특별공제를 하지 않은 것은 부당하다며 2009.9.22. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점주택 양도당시 1세대 2주택에 해당하여 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 2009.10.1. 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 종전부동산 취득시 주택이 아닌 근린생활시설을 취득·보유하다가 청구인의 의사와 무관하게 재개발사업에 따라 쟁점주택을 취득하게 된 것으로서, 양도소득은 종전부동산과 쟁점주택 보유기간 전체에서 발생하는 것이고,「소득세법」제95조제2항의 규정을 보면 1세대 2주택을 적용받는 자산을 장기보유특별공제 적용대상에서 제외하는 것으로 되어 있지 그 외의 자산에 대한 보유기간에 대하여 제외한다는 것은 아닌 것으로 판단되며, 쟁점주택 양도 당시 주택이라는 이유만으로 종전부동산의 보유기간을 인정하지 아니하는 것은 납세자에게 불리한 해석을 하는 것이므로 쟁점주택에 대한 양도소득 산정시 종전부동산의 취득일부터 관리처분계획인가일(2004.10.6)까지의 근린생활시설 보유기간(19년)을 별도로 인정하여 장기보유특별공제(30%)를 하여야 함에도 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제95조제2항에서 장기보유특별공제 대상자산을 3년 이상 보유한 자산으로 구분하되 3년 미만 보유 부동산 및 1세대 2주택 이상인 자의 양도자산에 대하여는 장기보유특별공제의 적용을 배제한다고 명확히 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시에는 1세대 2주택에 해당하여 장기보유특별공제 적용대상에 해당하지 아니하므로 청구인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점재개발아파트 양도당시 1세대 2주택이라 하더라도 재개발 이전 종전부동산의 보유기간을 산정하여 장기보유특별공제율(30%)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)<표1>

보유기간

공제율

10년 이상

100분의 30

제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.2의

3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)양도소득과세표준의 100분의 602의

4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)양도소득과세표준의 100분의 602의

5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택양도소득과세표준의 100분의 502의

6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)양도소득과세표준의 100분의 502의

7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지양도소득과세표준의 100분의 602의

8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산양도소득과세표준의 100분의 60

(2) 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것)제167조의5【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의5에서 “대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 종전부동산 취득 및 쟁점주택 양도관련 심리자료를 보면, 청구인은 1985.1.1. 종전부동산(상가)을 취득한 후 2001.5.14. OOOOO OOO OOO OOOOOOO OOOO OOOOOO를 취득하였으며, 2004.10.6. 종전부동산에 대한 쟁점주택 관리처분계획인가를 받아 2008.8.19. 쟁점주택의 소유권보존등기를 하였다가 2009.5.4. 쟁점주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점주택에 대한 양도소득세를 아래 표와 같이 신고하였다.OOOOOOOO OOOOO OO OOOOOO(OO O OO)

(3) 청구인은쟁점주택에 대한 양도소득 산정시 종전부동산의 보유기간에 따른 장기보유특별공제를 하지 않은 것이 부당하다며 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.

(4) 살피건대, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것으로서,「소득세법」제95조제1항에서 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도가액에서 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 하도록 규정하면서 같은 조 제2항에서 양도자산이 양도일 현재 1세대 2주택 등에 해당하는 경우에는 장기보유특별공제액 적용대상에서 제외하도록 명확히 규정하고 있고,1세대 2주택 등 장기보유특별공제액 적용대상에서 제외되는 경우라 하더라도 재개발사업 이전의 종전부동산 보유기간에 대하여 장기보유특별공제율을 적용하도록 하는 규정이 달리 마련되어 있지는 아니하므로,처분청이쟁점주택의 양도시점에 1세대 2주택에 해당한다고 하여 쟁점주택에 대한 양도소득금액 산정시 장기보유특별공제 적용대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.