종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부
심판청구를 기각한다.
「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」의 개정으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 령 제4조의2 및 제5조의3 제1항?제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하였으며, 이는 2015.11.30.부터 시행되고 있는 점 등에 비추어 처분청이 관련 규정에 부합해 ‘공제되는 재산세액’을 계산하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 국세기본법(2026.08.11 시행), 종합부동산세법 시행령(2026.02.27 시행), 종합부동산세법(2026.01.01 시행), 지방세법(2026.07.01 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.
탐색 분야
사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.
재결요지
「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」의 개정으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 령 제4조의2 및 제5조의3 제1항?제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하였으며, 이는 2015.11.30.부터 시행되고 있는 점 등에 비추어 처분청이 관련 규정에 부합해 ‘공제되는 재산세액’을 계산하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
이유
1. 처분개요
가. 처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2017.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건OOO에 대하여 2017.11.16. 청구법인에게 2017년 귀속 OOO원을 결정.고지하였다.
나. 청구법인은 이에 불복하여 2018.1.16. 이의신청을 거쳐 2018.4.4.심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
종합부동산세는 토지 및 주택분 재산세 납세의무자가 보유하고 있는 토지 및 주택의 공시지가를 합산하여 과세기준 금액을 초과하는 경우에 부과하는 것으로 실질적으로는 토지 및 주택분 재산세의 연장선상에 있는 세목이다.
따라서 동일한 과세물건에 대하여 보유세인 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과할 경우 이중과세에 해당하게 되므로 종합부동산세 부과대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 한다.그러나 처분청의 계산방식대로 ‘공제할 재산세액’을 계산할 경우, 기납부한 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만을 공제받게 됨으로써 기납부한 재산세액이 전액 공제되지 아니하여 이중과세 문제가 발생하므로 이 건 처분은 부당하다(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 참고).
나. 처분청 의견
대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후, 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 「종합부동산세 시행령」제4조의2 및 제5조의3이 아래와 같이 개정되었다.
종 전
개 정
□ 종합부동산세 계산시
기납부한 재산세 공제액 산식
재산세로 부과된 세액의 합계액
×
종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액
전체 재산세 표준세액
□ 공제액 산식 명확화
재산세로 부과된 세액의 합계액
×
[ 종합부동산세법 제8조 (13조)공시가격을 합산한 금액 - 6억원(5억원, 80억원) × 제2조의4의 공정시장가액비율 × 지방세법시행령 제109조 에 따른 재산세 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항에 따른 표준세율
전체 재산세 표준세액
따라서, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 당초 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부
나. 관련 법령
: <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청은 과세기준일(2017.6.1.) 현재 청구법인이 보유하고 있는 과세물건OOO에 대하여 2017년 OOO원을 결정.고지하면서, 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을「종합부동산세법 시행령」제4조의2 및 제5조의3에 따라 계산하였다.
(2) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 종합부동산세 계산시 ‘기납부한 재산세액’의 과다 공제 방지를 위하여 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 및 제5조의3의 계산식을 아래와 같이 명확히 한 것으로 나타난다.
종 전
개 정
□ 종합부동산세 계산시
기납부한 재산세 공제액 산식
재산세로 부과된 세액의 합계액
×
종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액
전체 재산세 표준세액
□ 공제액 산식 명확화
재산세로 부과된 세액의 합계액
×
{(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율
전체 재산세 표준세액
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2017년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나,「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」의 개정으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 령 제4조의2 및 제5조의3 제1항ㆍ제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하였으며, 이는 2015.11.30.부터 시행되고 있다.
따라서, 처분청이 관련 규정에 부합하게 ‘공제되는 재산세액’을 계산하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2017서3484, 2017.10.30. 외 다수, 같은 뜻임).
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
근거 법령·조문
- 종합부동산세법 제13조 (과세표준) 조문 원문 govbrief.kr
- 종합부동산세법 시행령 제2의4조 (공정시장가액비율) 조문 원문 govbrief.kr
- 종합부동산세법 시행령 제4의2조 (1세대 1주택자의 범위) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 종합부동산세법 시행령 제5의3조 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제) 조문 원문 govbrief.kr
- 종합부동산세법 법령 페이지 govbrief.kr 이 법령을 인용한 다른 해석
- 지방세법 법령 페이지 govbrief.kr 이 법령을 인용한 다른 해석
- 종합부동산세법 시행령 법령 페이지 govbrief.kr 이 법령을 인용한 다른 해석
- 종합부동산세 시행령 제4의2조
- 국세기본법 제81조 (항고소송 제기사건의 통지) 조문 원문 govbrief.kr
같은 조문, 다른 주문 결과
종합부동산세법 제13조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.
- ①쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목에 따른 산업단지 내에서 전기업 용도로 사용되고 있으므로 분리과세대상 토지로 분류하여야 한다는 청구주장의 당부②태양광모듈은 건축물의 부속시설이므로 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부조심 2025인2259 · · 주문 분류 경정 · 종합부동산 · 탐색 분야 기타 국세 · 결정 후 개정
- 청구법인이 부동산개발사업 과정에서 설립된 특수관계법인에 후순위로 자금대여하였다가 상환받은 쟁점금액이 원금충당이 아니라 이자수익에 해당하는지 여부조심 2024중3584 · · 주문 분류 기각+경정 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 결정 후 개정
- 이 건 토지를 「조세특례제한법」 제104조의19에 따라 과세표준 합산배제하여 원납세자의 종합부동산세를 감액경정하였으므로, 이 건 납부고지에 대해서도 이 건 토지를 과세표준 합산대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부 등조심 2025중3131 · · 주문 분류 기각+경정 · 종합부동산 · 탐색 분야 기타 국세 · 역사 자료
- 쟁점토지는 조특법 제104조의19 제1항에 따른 ‘주택건설사업자가 취득일부터 5년 이내에 주택사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당하므로 과세표준 합산 제외대상이라는 청구주장의 당부조심 2024서3844 · · 주문 분류 기각+경정 · 종합부동산 · 탐색 분야 국세기본·불복 · 결정 후 개정
- 청구법인이 종부세 과표 합산배제를 적용받을 수 있는 주택조합에 해당하는지 여부 등조심 2025서1326 · · 주문 분류 기각+경정 · 종합부동산 · 탐색 분야 국세기본·불복 · 결정 후 개정
- 쟁점부동산 중 주택 13채가 종부세 과세기준일 이전에 철거되었으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부 등조심 2024서2390 · · 주문 분류 경정+재조사 · 종합부동산 · 탐색 분야 기타 국세 · 결정 후 개정
- 과세기준일 현재 건축물이 사실상 철거ㆍ멸실된 날부터 6개월이 지난 것으로 보아 쟁점토지를 별도합산과세대상이 아닌 종합합산과세대상으로 재산세를 과세한 처분의 당부조심 2023구7122 · · 주문 분류 기각+경정 · 종합부동산 · 탐색 분야 기타 국세 · 결정 후 개정
- 심판청구가 적법한지 여부 등조심 2023서10488 · · 주문 분류 각하+기각+경정 · 종합부동산 · 탐색 분야 국세기본·불복 · 결정 후 개정
이 결정을 인용할 때
조세심판원 조심 2018서2366 (<time datetime="2018-07-18">2018.07.18</time> 의결), "종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/decisions/tt/918952/
출처·분류
- 공식 원문
- 국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 918952)
- 게시 분류
- 국세 · 사건번호 규칙에 따른 결정적 분류
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- 화면에 표시한 공식 주문에서 확인한 결과어: 기각
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