공사 중 배수공사, 구조물공사, 포장공사 등이 면세사업(고속도로 유지·보수)과 관련된 것인지 아니면 과세사업(부동산임대)과 관련된 것인지 여부(경정)

처분청이 아스팔트포장공사및 가드레일공사와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 사실조사를 소홀히한 부당한 처분으로 판단됨

1. 처분개요

청구법인은 95.12.18 총공사금액 2,328,029,000원(VAT 211,639,000원 포함)의 OO(상·하)간이휴게소 신설부지 조성공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 준공하고 95년2기 부가가치세 확정신고시 토공사와 관련한 매입세액을 제외하고 과세사업(부동산임대)과 관련한 매입세액으로 164,207,732원을 환급신청하였다. 처분청은 청구법인이 환급신청한 세액을 일단 환급결정한후 환급신청내용을 검토하여 쟁점공사의 매입세액 중 면세사업(고속도로 유지·보수)과 관련된 매입세액 136,570,798원과 신고납부불성실 가산세 13,657,079원 합계 150,227,870원을 96.2.16 청구법인에게 95.2기분 부가가치세로 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.4.13 이의신청 및 96.7.1 심사청구를 거쳐 96.10.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 쟁점공사는 고속도로 휴게소 신설부지 조성공사로 흙쌓기, 터깍기 및 부지성토공사등 토공사를 제외한 나머지 공사는 과세사업(부동산임대)과 관련한 것으로 이에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제(환급)하여야 한다.

나. 국세청장 의견 청구법인은 정부업무 대행단체로서 고유목적사업은 OOOO 공사법 제12조 제1항 제1호에 규정하는 유료도로의 신설, 개축, 유지 및 수선에 관한 공사의 시행과 관리등으로 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 규정하는 면세사업이며 부대사업으로 부가가치세법 시행령 제38조 제2항 단서조항에 규정하는 부동산매매 및 부동산의 임대업등의 과세사업을 영위하고 있다. 청구법인이 과세사업이라고 주장하는 구조물공사의 경우 신축휴게소로부터 200M 떨어진 곳에 위치한 저수지의 침수등 위험상태에서도 고속도로를 통행하는 차량의 안전을 확보하는 공사로 보는 것이 합리적이며, 가드레일공사는 도로의 갓길 옆 또는 휴게소의 진·출입로에 설치되어 휴게소를 진·출입하는 차량이 가속차선을 통하여 안전하게 고속도로를 진·출입 할 수 있도록 설치한 고속도로의 안전시설로 보아야 할 것이므로 토지조성공사와 관련한 매입세액과 청구법인의 고유목적사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고 부가가치세를 경정결정한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 쟁점공사 중 배수공사, 구조물공사, 포장공사 등이 면세사업(고속도로 유지·보수)과 관련된 것인지 아니면 과세사업(부동산임대)과 관련된 것인지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제1항에 “사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액”으로 규정하고 있고, 같은조 제2항 제4호에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점공사 중 토공사는 토지에 대한 자본적지출로 매입세액 불공제 하였고, 인터록킹공사, 가드휀스공사 및 안내표지판공사는 임대사업용 감가상각대상자산으로 보아 매입세액을 공제하였는 바, 처분청에서 청구법인이 신고한 내용을 인정하였으므로 이에 대하여는 처분청과 청구법인사이에 다툼이 없다.

(2) 처분청의 조사서와 쟁점공사의 현장감독직을 수행한 청구외 OOO(청구법인의 직원, 토목직 4급)이 96.2.8 처분청의 청구법인에 대한 조사시 개별공사별로 개황을 진술한 문답서를 보면, 배수공사는 눈·비가 올 때 고속도로의 배수가 원활히 될 수 있도록 휴게소 지하 및 측면에 암거, 배수관, 집수정, 측구를 설치하는 공사이고, 옹벽공사는 우천 및 이상기후시 휴게소로부터 200M 떨어진 저수지와 인접한 고속도로를 보호하기 위하여 구조물을 설치한 공사이며, 통로박스공사는 고속도로의 동·서쪽 마을을 연결하던 기존의 통로박스를 확장하여 시공한 것이고, 아스팔트포장공사는 휴게소의 진·출입로 및 휴게소 주차장 인터록킹 아래를 포장한 공사이며, 콘크리트포장공사는 고속도로 본선 포장공사와 고속도로 동·서쪽을 연결하는 통로박스와 연결된 도로를 포장한 공사이고, 가드레일공사는 휴게소 진·출입로에 가드레일을 설치한 공사인 것이 확인되고 있다.

(3) 청구법인은 쟁점공사 중 토공사를 제외한 모든 공사는 임대사업용 감가상각대상자산과 관련된 것으로 이에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 배수공사는 휴게소 설치로 인하여 고속도로의 배수가 원활하게 안되는 일이 없도록 휴게소 지하 및 측면에 암거, 배수관등을 설치하는 공사로 고속도로의 유지·보수와 관련된 것이고, 옹벽공사는 우천 및 이상기후시 고속도로를 주행하는 차량의 안전을 위한 것으로 고속도로의 유지·보수와 관련된 것이며, 통로박스공사와 콘크리트포장공사는 고속도로로 인하여 동·서쪽으로 분리된 마을을 서로 연결하는 통로박스의 확장시공과 통로박스와 연결된 도로 및 고속도로 본선의 콘크리트포장을 한 것으로 이 또한 청구법인의 고유목적 사업인 고속도로의 유지·보수와 관련된 것으로 인정된다 하겠고, 다만 차량이 고속도로에서 휴게소로의 진·출입을 원활히 하기 위한 아스팔트포장공사와 가드레일공사는 고속도로의 유지·보수와는 관련없는 휴게소의 이용편의를 위하여 설치한 것으로 휴게소 임대사업과 관련된 것으로 인정된다 하겠다.

(4) 전시한 법령과 위의 사실을 종합하여 볼 때, 배수공사·옹벽공사·통로박스공사·콘크리트포장공사와 관련된 매입세액은 청구법인의 고유목적사업인 면세사업과 관련된 것으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 인정된다 하겠으나, 휴게소 진·출입 차량의 이용편의를 위한 휴게소 진·출입로의 아스팔트포장공사 및 가드레일공사와 관련된 매입세액은 청구법인의 부대사업(휴게소 임대사업)인 과세사업과 관련된 것으로 인정된다 하겠으므로 처분청이 아스팔트포장공사 및 가드레일공사와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 사실조사를 소홀히 한 부당한 처분으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.