매입처별세금계산서합계표 제출불성실 가산세 해당여부(기각)

수입을 대행한 관세사가 세관장으로부터 수입계산서를 전자문서로 송부받았으나 담당직원의 업무 미숙으로 수입자에게 교부하지 못하여 계산서합계표를 제출하지 못하였다하더라도 매입처별세금계산서합계표 미제출가산세 대상임

1. 처분개요

청구법인은 OOOOO을 영위하는 사업자로 2003.11.26. 조세특례제한법상 부가가치세가 면제되는 선박(OOOOO OOOO, OOOOOOO OOO, OO OOOOOOOO OO)을 수입하면서 청구외 OOOOOOOOOO(OO OOOOOOOOO OO)으로 하여금 OO세관에 수입통관을 대행하게 한 후 법인세 신고시 제출하는 매입처별계산서합계표에 쟁점선박의 수입가액 12,500,520,852원에 대한 수입계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 누락하여 법인세 신고를 완료하였다. 처분청은 국세청의 수입계산서불부합전산자료에서 청구법인이 쟁점계산서를 제출하지 아니한 사실을 확인하고 이에 대하여 매입처별계산서합계표 미제출가산세를 적용하여 2004.7.1. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 125,005,200원을 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.7.28. 이의신청을 거쳐 2004.10.28. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점선박의 경우 매년 선박등록자료를 국세청에 제출하고 있음에도 불구하고 계산서 제출의무를 부여하고 있는 것은 부가가치세가 면제되는 품목으로 계산서 교부를 면제하고 있는 부동산과 형평성에 어긋나며, 수입통관을 대행한 OOO관세사의 확인서와 같이 OO세관으로부터 수입계산서를 교부받지 않아 쟁점계산서를 제출하지 못하여 청구법인의 의무해태사유가 없음에도 불구하고 매입처별계산서합계표 미제출가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

OO세관장이 쟁점선박의 수입신고를 받으면서 쟁점계산서를 발행한 후 관할세무서장에게 제출한 사실이 국세청 전산자료에서 확인되고, 수입통관을 대행한 OOO관세사가 쟁점계산서를 OO세관장으로부터 교부받지 못하였다고 확인하고 있으나 청구법인과의 이해관계인이 작성한 것으로 신빙성이 없으므로 쟁점계산서에 대하여 매입처별계산서합계표 미제출가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

관세사가 수입통관 대행을 하면서 수입계산서가 납세자에게 전달되지 않아 매입처별계산서합계표에 누락한 경우 매입처별계산서합계표 불성실가산세를 과세할 수 있는지 여부

나. 관련법령

1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① (생 략)

② 다음 각호의 1에 해당하는 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제5호·제6호 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 수입신고하는 분에 한하여 이를 적용한다.

1. ～

2. (생 략)

3. 과세사업에 사용하기 위한 선박

4. ～

9. (생 략)

③ ～

④ (생 략)

2) 법인세법(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것) 제76조 【가산세】

① ～

⑧ (생 략)

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출 매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 제121조 【계산서의 작성 교부 등】

① ～

② (생 략)

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에게 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서를 교부하여야 한다.

④ 부동산을 매각하는 경우 등 계산서 등을 교부하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령이 정하는 경우에는 제1항 내지 제3항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출 매입처별합계표(이하 매출 매입처별계산서합계표 라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ ～

⑦ (생 략)

3) 법인세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제164조 【계산서의 작성 교부 등】

① ～

② (생 략)

③ 법 제121조 제4항에서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 토지 및 건축물을 공급하는 경우를 말한다.

④ ～

⑥ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

1) 청구법인이 2003.11.26. 쟁점선박을 수입하면서 OOO관세사로 하여금 OO세관에 수입통관을 대행하여 쟁점선박을 수입한 사실과 OO세관장이 쟁점계산서를 관할세무서장에게 제출한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

2) 청구법인은 쟁점선박의 경우 부동산과 같이 등기·등록자산이므로 계산서 교부의무를 부여하는 것은 형평성에 어긋나며, OOO관세사를 통하여 수입신고를 하면서 쟁점계산서를 교부받지 못하였으므로 청구법인의 의무해태사유가 없음에도 불구하고 매입처별계산서합계표 미제출가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하면서, OOO관세사의 확인서를 증빙서류로 제출하고 있다. 2004.7.26. OOO관세사가 작성한 확인서를 살펴보면, 2003.11.26. 쟁점선박의 수입에 대하여 OO세관에 수입통관을 대행하면서 수입계산서는 교부받지 않아 청구법인에게 전달하지 못하였다고 확인하고 있다.

3) 계산서의 작성·교부 등에 대한 관련법령을 살펴보면, 법인세법 제121조 제3항 및 제5항에서 세관장은 수입재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에게 계산서를 교부하여야 하며, 계산서를 교부하였거나 교부받은 경우 매출·매입처별계산서합계표를 납세지관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제121조 제2항 및 같은 법시행령 제164조 제3항에서는 부동산을 매각하는 경우 계산서를 교부하는 것이 원칙이나 토지 및 건축물을 공급하는 경우에는 계산서 교부의무를 면제하고 있다.

4) 한편, 이 건과 관련하여 2005.10.6. 우리원에서 OOO관세사에게 쟁점선박에 대한 수입통관을 대행하면서 쟁점계산서 전달여부에 대하여 확인한 바, 2004.7.26. 작성하여 심판청구시 제출한 확인서는 OOO관세사에서 사실관계를 잘못 이해하여 작성한 것으로 2003.11.26. 쟁점선박의 수입통관을 대행하면서 쟁점계산서를 세관장으로부터 전자문서로 송부받아 이를 OOO관세사에서 청구법인에게 교부하여야 하나 담당직원의 업무미숙으로 청구법인에게 교부하지 못하였다고 확인하고 있다.

5) 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점선박 수입의 경우 법인세법 제121조 제3항에서 계산서 교부대상으로 명시되어 있고, 토지 및 건축물 양도의 경우에는 같은 법 제121조 제4항 및 같은 법시행령 제164조 제3항에서 계산서 교부대상이 아니라고 명시되어 있어 계산서 교부에 있어서 부동산의 양도와 형평성에 어긋난다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어려우며, 매입처별계산서합계표 미제출가산세의 경우에도 OOO관세사가 청구법인의 위임을 받아 쟁점선박에 대한 수입통관을 대행하면서 쟁점계산서를 청구법인에게 교부하지 않아 처분청에 제출하지 아니하였다 하나 그렇다고 하여 청구법인의 계산서 제출의무가 면제되는 것은 아니라 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점계산서의 미제출에 대하여 매입처별계산서합계표 미제출가산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.