과자류제조용 원재료에 대하여 의제매입세액이 공제되는지 여부(경정)

부가가치세법 시행규칙 제18조 제1항 단서의 규정에 기하여 쟁점 빵 및 과자류 제조용 원재료에 대하여 의제매입세액공제를 배제하여 동 금액상당액을 환급하지 아니한 것은 부당함

1. 사실청구법인은 경기도 용인군 용인면 OO리 OOOOO에서 “OOOO주식회사”라는 상호로 빵 및 과자류 제조업을 영위하는 사업자로서, 청구법인이 88.10.26 자로 88년 제1기중 빵 및 과자류 제조용 원재료인 땅콩, 호두, 잣, 계란, 시유, 탈지분유, 아몬드, 돈육, 정육, 돈민찌(돈육가루), 양파, 참깨, 당근, 오이지, 소내장, 찹쌀, 콩, 밀가루 127,791,716원에 대한 의제매입세액 6,085,290원을 매출세액에서 추가로 공제하여 동 금액상당액을 환급받을 세액으로 수정신고한데 대하여 처분청이 그 의제매입세액공제를 배제하여 환급하지 아니하였는 바 청구법인은 이에 불복하여 수정신고에 대한 처분청의 법정통지기한인 88.12.25를 기다려 89.2.3 심사청구를 거쳐 89.4.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장부가가치세법 제17조제3항 및동법시행령 제62조제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고, 그 계산방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도동법시행규칙 제19조제1항 단서 및 제2항 본문에서 모법의 위임한계를 벗어나 의제매입세액공제 대상을 제한한 것은 무효인 규정이므로 이 규정을 근거로 하여 의제매입세액을 공제하지 아니한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견부가가치세법 제17조제3항은 “제조업을 영위하는 자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”라고 규정하고같은법 시행령 제62조제1항은 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며같은법 시행규칙 제19조제1항은 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 한다. 다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”라고 규정하고 위 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화 제2호에 빵 및 과자류가 열거되어 있는 바 청구법인의 경우에는 빵 및 과자류 제조업에 해당하므로 의제매입세액 공제대상이 아님은 분명하다 할 것이다.또한부가가치세법 제17조제3항은 의제매입세액 공제범위를 대통령령에 위임하고 있고,같은법시행령 제62조제1항의 규정은 매입세액으로 공제할 수 있는 금액 즉, 업종별·종류별·공제대상과 공제율을 재무부령에 위임한다고 보는 것이 합목적적인 해석이고같은법 시행규칙 제19조제1항에서 공제율 및 업종별·종류별 공제대상을 규정한 것이라 하겠으므로 처분청이 이 건 의제매입세액을 공제배제한 당초처분은 적법한 것으로 판단된다는 의견이다.

4. 쟁점따라서 이 건 심판청구는 청구법인이 이 건 농산물등을 원재료로 하여 빵 및 과자류를 제조한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으나, 그 빵 및 과자류제조용 원재료에 대하여 의제매입세액이 공제되는지 여부에 관하여는 다툼이 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

먼저 이 건 의제매입세액공제와 관련된 법규를 보면,부가가치세법 제17조제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.”고 규정하고 있고, 위 법 규정에 따라동법시행령 제62조제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법시행규칙 (88.7.12 재무부령 제1757호로 개정전) 제19조 제1항에서 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의5로 한다. 다만, 별표3 의제매입세액 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.”고 규정하고, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에는 과자류 제조업이 포함되어 있음을 알 수 있다. 살피건대,부가가치세법 제17조제3항이 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.”라고 하고동법시행령 제62조제1항이 “. . . 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 . . . 농산물. . .

의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있어,부가가치세법 제17조제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제매입세액을 공제하되 그 금액계산방법만을 시행령에 위임하였고,동법시행령 제62조제1항도 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것인데도 불구하고, 위 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써, 결과적으로 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서 규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동법시행령의 규정에 위반되는 것으로 보아진다(대법원 86누506, 87.2.10 동지)따라서 위부가가치세법 시행규칙 제18조제1항 단서의 규정에 기하여 쟁점 빵 및 과자류 제조용 원재료에 대하여 의제매입세액공제를 배제하여 동 금액상당액을 환급하지 아니한 것은 법규해석 및 적용을 그르친 잘못이 있다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.