공제 가능한 매입세액 해당 여부(취소)

사업자가 자기의 사업을 위하여 행정청으로부터 그 사업의 허가조건에 따라 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 기부 채납한 경우 사업과 관련된 매입세액임

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2002.12.20. OOOOO OOOO OO OOOO번지에 에서 부동산매매업을 하기 위하여 설립된 법인으로서, OOOOO 고시 OOOOO-OOO로 지구단위계획이 결정고시된 OOOOO OOOO OOO OOO-O번지 외 2필지의 토지에 지하4층, 지상58층 규모의 주상복합건축물(이하 “OOO OOOOOOO”이라 한다)을 신축·분양할 목적으로 2004.5.13. OOOOOO으로부터 지구단위계획구역내인 같은 동 537-23번지에 소재한 OOO우체국 건물 및 부지(이하 “기존청사”라 한다)를 확보하여 OOOOO OO OOO OOO-OO번지에 대체청사(이하 “신청사”라 한다)를 신축하여 국가에 기부채납하는 조건으로 부전동 주상복합건축물의 건축허가를 받았다. 그 후 청구법인은 국가(OOOOO)와 상호 협의 아래 기존청사의 대체시설인 신청사를 신축하여 2005.4.21. 국가에 기부채납 한 후 2005.5.18. 기존청사를 양여받았다. 청구법인은 당초 신청사 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고하였다가 신청사는 국가에 기부채납한 청사이고 관련 매입세액은 업무와 직접 관련된 것으로 매출세액에서 공제 가능한 매입세액으로 판단하여 2005.5.12. 부가가치세 2004년 제1기분 19,649,200원, 2004년 제2기분 605,701,700원, 2005년 제1기분 681,239,990원, 합계 1,306,590,890원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 이에 대하여 처분청은 이 건 신청사와 관련된 매입세액은 당해 부전동 주상복합건축물의 신축·분양사업과 직접 관련이 없는 매입세액에 해당된다고 보아 2005.7.7. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.7.27. 심판청구를 제기하였다 .

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 당해 주상복합건축물의 신축·분양사업을 시행하면서 자발적으로 동부산우체국 대체청사를 신축하여 기부채납한 것이 아니라 OOOOOO으로부터 신청사를 신축하여 국가에 기부채납하는 조건으로 건축허가를 받았고 그 허가조건을 이행하기 위하여 신청사를 신축한 것이므로 이는 당해 사업과 직접 관련이 있으며, 부가가치세법 기본통칙(17-0-9)에서도 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가나 지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있다. 또한, 청구법인이 국가(OOOOO)에 2005.3.22. 기부채납원을 제출하고 2005.4.21. 기부채납이 승인되었으므로 동 기부채납자산은 일시적·우발적인 공급에 해당하며 계속적·반복적으로 사업성을 갖는 면세사업과 관련된 매입세액도 아니다. 따라서, 신청사 신축 관련 매입세액은 당해 사업과 직접 관련이 있으므로 매출세액에서 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 이 건 신청사를 기부채납한 것은 부가가치세법 제12조 제1항제18호의 ‘국가·지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다’는 규정에 부합되는 사항이므로 당초 청구법인이 면세관련 매입세액에 해당한다고 판단하여 매입세액 불공제분으로 계상하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 것은 타당하다. 청구법인은 부가가치세법 기본통칙(17-0-9)을 들어 이 건도 업무와 관련이 있다고 주장하나, 부가가치세법상 부동산매매업은 동법 시행규칙 제1조 제2항에 ‘부동산매매(주거용 또는 비거주용 및 기타 건축물을 자영 건설하여 분양·판매하는 경우를 포함한다) 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나, 사업상의 목적으로 1과세기간 중에 1회이상 부동산을 취득하고 2회이상 판매하는 사업은 동법 시행령 제2조 제2항의 재화를 공급하는 사업으로 본다’고 규정되어 있으며, 부가가치세법상의 부동산매매업의 범위는 ‘소득세법상의 부동산매매업과 주택신축판매업이 모두 포함되는 것이며, 소득세법시행령 제34조 에서 부동산매매업이라 함은 한국표준산업분류표상의 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우에 한한다) 및 부동산 공급업을 말한다’고 되어 있어 부가가치세법기본통칙 17-0-9호와 관련하여 청구법인은 사업자등록상 업태·종목이 건설업이 아닌 부동산매매업으로만 되어 있고, 단지 건축허가조건을 이행하기 위하여 지구단위계획에 편입된 기존청사 부지를 무상양여 받고 주식회사 포스코건설에서 직접 시공하여 신축한 대체시설인 신청사를 국가에 기부채납한 것으로 무상양여 받은 부지는 자기사업(부동산매매업)과 직접적으로 관련하여 취득한 재화라고 보기 어렵다.

따라서, 부가가치세법 제12조 제1항제18호를 적용하여 판단하여야 함에도 부가가치세법기본통칙 17-0-9호와 관련하여 자기사업과 관련 있는 매입세액으로 주장하는 것은 설득력이 부족하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 청구법인이 국가에 기부채납한 OOOOOO 대체청사의 신축관련 매입세액이 업무와 직접 관련된 공제가능한 매입세액인지의 여부

나. 관련 법령

부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다. 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 제12조【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 국가 지방자치단체 지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 공급가액 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31 개정)

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 OOOOOO 신청사 신축과 관련된 매입세액은 부전동 주상복합건축물의 신축·분양사업과 관련이 있는 것으로서 매입세액 공제대상이라고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) OOOOO 고시문(OOOOO OO OOOOO-OOOO, OOOOOOO) 및 OOOOOO의 건축허가서(OOOO OOOOO-OO, OOOOOOOOOO)에 의하면, 청구법인이 건축주인 OOO OOOO건축물은 OOOOO 제1종지구단위계획결정고시에 의하여, 대지면적은 29,642.75㎡, 주용도는 공동주택, 업무, 판매 및 영업, 문화 및 집회, 운동시설, 건축연면적은 434,093.81㎡의 규모로 나타나며, 그 허가조건 제10호에서,「OOOOOO 대체시설과 국유재산 양여에 대하여 청구법인과 OOOOO간에 협약한 아래 합의내용을 준수할 것.

가. OOOOOO 대체시설은 OOOOO OO OOO OOO-OO번지(대지면적 : 2,637㎡)에 연면적 8,000㎡이상으로 건축한다.

나. 지구단위계획구역내 우정서비스 제공을 위하여 주민이용이 편리한 1층에 전용면적 50평 이상의 우체국 공간을 영구무상 제공한다.

다. OOOOOO 대체시설 건축 후 국유재산법에 따라 처리 완료시까지 현 OOOOOO부지에 대한 착공을 제한한다.

라. 대체시설 건축 및 국유재산 양여 등과 관련한 구체적인 사항은 OOOOOO에서 진행 중인 건축규모 등을 확정한 이후에 처리한다」는 내용으로 허가조건을 부여하고 있다.

(2) 청구법인이 2004.7.2. OOOOO OOOOOO 체결한 협약서에 의하면, OOOOO고시 OOOOO-OOO 지구단위계획결정고시에 의거 지구단위계획구역에 편입된 OOOOOO의 이전을 위하여 청구법인이 대체시설을 OOOOO OO OOO OOO-OO번지 2,637㎡에 지하2층, 지상4층 8,700㎡ 규모로 신축하여 국가에 기부채납하고, 대체시설 건축 및 이전에 소요되는 제세공과금과 제비용은 청구법인이 부담하며, 기존 OOOOOO(토지, 건물)을 청구법인이 국유재산법에 의하여 양여받는 취지로 기재되어 있다.

(3) OOOOO OOOO의 건축허가서(OOOO-OOOOO-OOOO-OO) 및 사용승인서에 의하면, 청구법인은 신청사를 OOOOO OOOO으로부터 2004.5.13. 건축허가를 받고 신축하여 2005.2.24. 사용승인을 득하였다. 또한, OOOOO OOOOOOO의 국유재산매각 등 승인 공문(OOOOO-OOOO, OOOOOOOOOO)에 의하면, 청구법인이 신축한 신청사(감정평가액은 21,053,875천원)를 2005.4.21.자로 국가에 기부채납을 승인하고 기존청사(감정평가액은 10,615,713천원)는 청구법인에게 양여하는 것을 승인한 것으로 확인된다.

(4) 청구법인이 OOOOOO과 체결한 협약서(2004.7.2.)와 합의서(2005.3.) 및 OOOOO 대표 이OO와 체결한 계약서(2005.4.13.)에 의하면, 청구법인은 OOOOOO의 신청사 이전에 따른 이사비용 24,980천원과 147,935천원 상당의 집기류를 OOOOOO에 구입지원하여 OOOOOO이 신청사로 이전을 한 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 신청사를 신축하는 과정에서 2004년 제1기～2005년 제1기 중 아래와 같이 기부채납 관련 매입세액 1,306,590천원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 신청사를 신축하여 기부채납한 관련 매입세액은 당해 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액에 해당되어 부가가치세법 제17조 제2항제2호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니한다하여 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (OO : OO) 청구법인의 매입장 및 계정별원장(계정과목 : 건설중인 자산)에 의하면, 2004.3.10. OOOOOOOOOOOOOO종합건축사사무소, OOO설계계약금 43,632,000원, 2004.3.19. 동 설계중도금 29,088,000원, 2004.6.17. 주식회사 OOOOO, 소방감리비(OOO). 1,600,000원, 2004.8.15. 주식회사 OOOOO, OOO신축비 기성고, 1,534,000,000원, 2004.10.25. 동 신축비 기성고 2,604,546,000원, 2004.12.7. OOOOOOOOOOOOOO종합건축사사무소, OOOOOO감리비 24,000,000원, 2004.12.28. 주식회사 OOOOO, OOO신축비 기성고 1,768,000,000원, 2005.1.3. OOOOOOOOOOOOOO종합건축사사무소, 설계용역료 43,632,000원, 2005.2.24. 주식회사 OOOOO, OOO신축비 기성고 6,658,904,000원, 2005.2.28. 주식회사 OOOOO 소방감리비 4,800,000원, 2005.3.29. OOOO건설 앵글작업비 5,695,200원 등으로서 청구법인이 경정청구한 비용은 OOO우체국 신청사의 신축과 관련된 비용으로 기재되어 있다.

(6) 살피건대, 사업자가 자기사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기부하기로 하고 완공 즉시 기부채납하는 경우에는 당해 조건없는 무상기부채납으로서 부가가치세법 제12조 제1항제18호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로서 당해 기부채납 대상 재화의 취득과 관련하여 교부받은 세금계산서 상당의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당하다고 할 것이나, 사업자가 자기의 사업을 위하여 행정청으로부터 그 사업의 허가조건에 따라 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하기로 하고 완공 즉시 기부채납하는 경우에는 그 재화의 취득과 관련된 매입세액은 자기의 사업과 관련된 매입세액으로 보아야 할 것인 바, 이 건의 경우, 청구법인은 부전동 주상복합건축물의 신축·분양사업을 위하여 OOOOOO으로부터 건축허가를 받는 과정에서 건축허가조건으로 OOOOOO의 대체청사를 신축하여 기부채납하도록 함에 따라 그 건축허가조건을 이행하기 위하여 신청사를 신축하여 국가(OOOOO)에 기부채납한 것이므로 신청사 신축관련 매입세액이 청구법인의 업무와 직접 관련이 있는 매입세액으로서 이는 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO OO). 따라서, 처분청이 청구법인의 이 건 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.