매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부(경정)

청구법인이 부당하게 공제받은 매입세액의 금액 등을 조사·확인한 바 없이 청구법인의 매입세액을 불공제한 것은 부당한 처분임

1. 사실 및 처분개요청구법인은 수도공구 제조업을 영위하는 법인으로서 서울특별시 성동구 OO동 OOOOO에 본점, 경기도 여주군 능서면 OO리 OOOOO에 공장(지점)을 두고, 위 공장에서 물품을 제조하여 본점에서 판매를 하고 있으며 본점에서 부가가치세를 총괄납부하고 있다.서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 강관 도매업체인 (주)OO철강(이하 “청구외 법인”이라 함)의 관할 세무서인 개포세무서(현 OO세무서)에서는 청구외 법인에 대한 세무조사 결과 적출한 청구외 법인의 청구법인에 대한 무자료 및 가공매출 내역을 별지【표 1】기재의 무자료, 가공·위장자료 명세서와 같이 위 공장을 관할하는 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 통보내용에 따라 청구법인이 청구외 법인으로부터 교부받은 매입세금계산서 중 93년 제2기 예정분 52,231,680원 및 94년 제1기분 46,413,139원을 가공세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하여 95.12.16 청구법인에게 93년 제2기분 부가가치세 6,790,110원 및 94년 제1기분 부가가치세 6,033,700원을 경정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 96.2.12 심사청구를 거쳐 96.6.10 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장가. 청구법인은 청구외 법인에서 흑관 파이프등 원재료를 매입하여 수도공구를 제조하는 법인이며, 청구외 법인은 장기간의 고정거래처로서 그 거래는 모두 정상거래임에도, 처분청은 청구외 법인의 부도로 인한 세무조사 과정에서 개포세무서장이 조사하여 통보한 내용에 대하여 청구법인에 대한 조사, 확인도 없이 정상적 거래를 부인하여 매입세액을 불공제한 것은 부당하다.

나. 더구나 개포세무서에서 처분청에 통보한 실지거래금액 및 세금계산서상의 금액은 부가가치세를 포함한 공급대가임에도 처분청은 이를 공급가액으로 보아 이 건 처분을 하였다.

다. 93년 제2기예정분에 대한 내용청구법인이 청구외 법인으로부터 수취한 93년 제2기예정분 세금계산서상의 금액(공급대가)은 143,961,207원이고 이는 모두 실지거래에 의한 것이다.93년 제2기예정분에 대한 개포세무서에서 조사한 실지거래금액과 청구법인 장부상의 거래금액은 별지【표 2】기재와 같은 바, 개포세무서에서 처분청에 통보한 별지【표 1】기재의 세금계산서 금액은 위 청구법인의 실지거래금액과 청구법인 장부상의 93.6.30자 5,676,000원을 합하여 149,637,207원으로 계산한 것으로 보이며, 그 금액과 별지【표 1】기재의 실지거래금액 97,405,527원과의 차액 52,231,680원은 청구법인 장부상의 93.8.11자 거래금액 52,231,674원으로 보이는 바 동 거래는 정상거래로서 그 대금지급내역은 다음과 같다(6원은 93.7.6 거래분에 대한 계산상의 단수차이로 보임).(대금지급내역)

지급일자

금 액

어음 번호

결재일자

결재은행

93.10.19

93.10.19

93.10.19

93.10.19

합 계

27,448,000

4,748,334

4,395,100

15,640,240

52,231,674

자가OOOOOOOO

자가OOOOOOOO

자가OOOOOOOO

현 금

94. 1.25

94. 1.15

94. 3.15

OO. OOO

OO. OOO

OO. OOO

라. 94년 제1기분에 대한 내용94년 제1기예정분에 대한 개포세무서에서 조사한 실지거래금액과 청구법인 장부상의 거래금액은 별지【표 3】기재와 같고 94년 제1기확정분에 대한 개포세무서에서 조사한 실지거래금액과 청구법인 장부상의 거래금액은 별지【표 4】기재와 같은 바, 처분청이 청구법인이 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서, 청구법인의 장부 및 대금결제내용 등을 조사하였다면 청구법인 장부상의 거래금액과 같이 실지거래가 이루어지고 대금이 결제된 사실을 확인할 수 있었을 것임에도 처분청은 청구법인에 대하여는 조사 확인도 하지 아니하고, 개포세무서로부터 통보받은 별지【표 1】기재의 무자료, 가공·위장자료 명세서에 의하여 매입세액을 불공제하였다(94년 제1기확정분의 경우에는 별지【표 4】기재와 같이 청구법인이 청구외 법인으로부터 세금계산서를 교부받은 금액이 207,511,400원임에도 개포세무서에서는 이를 213,577,064원으로 처분청에 통보하였고 처분청은 그 금액에 의하여 매입세액을 불공제하였다).

3. 국세청장 의견청구법인은 정상거래에 의하여 청구외 법인으로부터 매입세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고하였고, 또한 그 거래사실이 세금계산서, 거래명세서, 거래처원장 등에 의해 입증되므로 매입세액을 공제함이 타당하다고 주장하고 있고,이에 대하여 개포세무서장이 95.2.6 처분청에 통보한 가공매출 확정자료의 내용을 보면(법인1.46220-310) 청구외 법인에 대한 무자료 추적조사시 현금·어음·경비·매출처별 및 매입처별 내역이 기록된 원시장부인 일계표에 의거 가공매출자료를 확정하여 통보한 사실을 알 수 있다.살피건대, 청구법인이 청구외 법인으로부터 수취한 세금계산서는 개포세무서장이 무자료 추적조사시 가공자료로 확정한 바 있고, 처분청이 제출한 청구외 법인의 일계표에는 위 거래사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 청구법인이 위 거래사실을 입증할 수 있는 거래대금의 지급내역에 대한 대금결재과정과 원자재수불부 및 금융자료 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 처분청이부가가치세법 제17조제2항 제1 규정에 의거 매입세액을 불공제한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 처분청이 개포세무서장으로부터 통보받은 별지【표 1】기재의 무자료, 가공·위장자료 명세서에 의하여 청구법인의 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나.부가가치세법 제17조(납부세액) 제1항에서 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 그 제2항 제1호에서 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 처분청은 개포세무서에서 통보받은 별지【표 1】기재의 무자료, 가공·위장자료 명세서에 의하여 청구법인의 93년 제2기예정분 5,223,168원 및 94년제1기분 4,641,313원의 매입세액을 불공제하여 이 건 처분을 하였다. 개포세무서 조사상의 실지거래내역 및 처분청의 부가가치세 경정결의서를 살펴보면 별지【표 1】기재의 금액은 부가가치세를 포함한 공급대가를 기준으로 한 것임에도 처분청은 이를 공급가액으로 보아 매입세액 불공제 금액을 계산하였으며, 개포세무서에서 조사한 실지거래금액의 내역을 보면 94.2.7.자 1,245,628원은 공급가액 617,814원과 부가가치세액 627,814원의 합계액으로서 공급가액과 세액이 서로 맞지 아니하고, 94.4.15.자 1,104,600원과 94.5.6.자 9,064,710원은 부가가치세액은 없이 공급가액만으로 구성되어 있음에도 처분청은 그 실지금액을 검증하지 아니하였으며, 93년 제2기예정분은 별지【표 2】기재의 전후 사정으로 보아 청구법인의 93.8.11.자 52,231,674원의 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 것으로 추정되나 처분청은 위 세금계산서가 가공세금계산서인지 여부에 대하여 조사한 바 없고, 더우기 94년제1기분의 경우에는 어떤 세금계산서를 가공으로 보아 매입세액을 불공제한 것인지도 알 수 없다.

세무서장이 과세자료를 통보받아 관할 사업자에 대한 부가가치세를 경정함에 있어서는 그 통보받은 자료를 확인·검증하여 그 경정의 근거를 명확히 하여야 할 것인 바, 처분청은 이 건 처분에 앞서 개포세무서로부터 통보받은 자료와 청구법인의 장부 등을 조사하여 청구법인이 부당하게 공제받은 매입세액을 확인한 다음 그에 근거하여 청구법인에 대한 부가가치세를 경정하였어야 할 것임에도 위에서 본 바와 같이 청구법인과 청구외 법인간의 실지거래금액, 청구법인이 청구외 법인으로부터 세금계산서를 교부받아 처분청에 제출하고 매입세액을 공제받은 금액, 청구법인이 부당하게 공제받은 매입세액의 금액 등을 조사·확인한 바 없이 별지【표 1】기재의 금액에 의하여 청구법인의 매입세액을 불공제한 것은 잘못이라 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.( 별 지 )【표 1】무자료, 가공·위장자료 명세서단위 : 원

기 간

실지거래 금액

(①)

세금계산서 금액

(②)

차 액

(

① - ②)

92.2기예정분

129,236,189

115,211,954

14,024,235

92.2기확정분

91,999,082

85,443,302

6,555,780

93.1기예정분

56,193,182

56,193,182

0

93.1기확정분

59,885,320

59,885,320

0

93.2기예정분

97,405,527

149,637,207

-52,231,680

93.2기확정분

118,277,708

105,693,306

12,584,402

94.1기예정분

134,932,709

145,972,050

-11,039,341

94.1기확정분

178,203,266

213,577,064

-35,373,798

합 계

866,132,983

931,613,385

33,164,417

-98,644,819

개포세무서 조사 실지거래금액 및 청구법인 장부상의 거래금액(단위 :원)【표 2】93년 제2기예정분

개포세무서조사 실지거래금액(①)

청구법인 장부상 거래금액(②)

차 액

(

① - ②)

일 자

금 액

일 자

금 액

93. 7. 2

5,676,000

93.6.30

5,676,000

93. 7. 6

4,723,191

93.7.6

4,723,197

-6

93. 7. 8

3,951,921

93.7.8

3,951,921

93. 7.12

4,695,966

93.7.12

4,695,966

93. 7.13

5,027,345

93.7.13

5,027,345

93. 7.22

4,179,252

93.7.22

4,179,252

93. 7.29

4,143,044

93.7.29

4,143,044

93. 8. 9

3,478,464

93.8.9

3,478,464

93. 8. 9

5,322,055

93.8.9

5,322,055

93.8.11

52,231,674

-52,231,674

93. 8.19

3,659,370

93.8.18

3,659,370

93. 8.21

3,649,536

93.8.21

3,649,536

93. 8.21

3,078,075

93.8.21

3,078,075

93. 9. 1

6,850,100

93.9.1

6,850,100

93. 9. 6

6,850,100

93.9.6

6,850,100

93. 9. 8

3,078,075

93.9.8

3,078,075

93. 9.10

3,990,571

93.9.10

3,990,571

93. 9.10

6,850,100

93.9.10

6,850,100

93. 9.14

1,995,285

93.9.14

1,995,285

93. 9.22

8,562,496

93.9.22

8,562,496

93. 9.24

1,713,221

93.9.24

1,713,221

93. 9.27

5,931,360

93.9.25

5,931,360

합 계

97,405,527

합 계

149,637,207

-52,231,680

【표 3】94년 제1기예정분

개포세무서조사 실지거래금액(①)

청구법인 장부상 거래금액(②)

차 액

(

① - ②)

일 자

금 액

일 자

금 액

94. 1. 7

6,655,968

94. 1. 7

6,655,968

94. 1.11

3,916,433

3,916,433

94. 1.11

3,659,370

94. 1.11

3,659,370

94. 1.12

5,888,249

94. 1.12

5,888,249

94. 1.14

5,716,042

94. 1.14

5,716,042

94. 1.15

3,542,616

94. 1.15

3,542,616

94. 1.21

5,600,166

94. 1.21

5,600,166

94. 1.22

12,584,404

-12,584,404

94. 1.24

6,138,039

94. 1.24

6,138,039

94. 1.31

11,025,121

94. 2. 1

11,025,121

94. 2. 4

10,156,542

94. 2.4

10,156,542

94. 2. 5

8,803,410

94. 2. 5

8,803,410

94. 2. 7

1,245,628

94. 2. 7

6,795,954

-5,550,326

94. 2.17

7,923,069

94. 2.17

7,923,069

94. 2.24

3,079,296

94. 2.24

3,079,296

94. 3. 4

8,562,496

94. 3. 4

8,562,496

94. 3. 8

8,175,156

94. 3. 8

8,175,156

94. 3. 9

5,975,626

94. 3. 9

5,975,626

94. 3.19

5,307,944

94. 3.19

5,307,944

94. 3.19

12,187,032

-12,187,032

94. 3.22

8,195,550

94. 3.22

8,195,550

94. 3.29

2,641,023

2,641,023

94. 3.31

12,724,965

12,724,965

합 계

134,932,709

합 계

145,972,050

-11,039,341

【표 4】 94년 제1기확정분

개포세무서조사 실지거래금액(①)

청구법인 장부상 거래금액(②)

차 액

(

① - ②)

일 자

금 액

일 자

금 액

94. 4. 1

6,811,200

94. 4. 1

6,811,200

94. 4. 2

7,638,840

94. 4. 2

7,638,840

94. 4. 9

5,956,387

94. 4. 9

5,956,387

94. 4.15

1,104,600

1,104,600

94. 4.15

7,774,272

94. 4.15

7,774,272

94. 4.18

6,323,169

-6,323,169

94. 4.20

12,724,965

-12,724,965

94. 4.20

6,811,200

-6,811,200

94. 4.20

2,641,023

-2,641,023

94. 4.23

6,323,202

6,323,202

94. 4.25

6,842,880

-6,842,880

94. 4.25

3,193,344

3,193,344

94. 4.28

6,842,880

94. 4.28

6,842,880

94. 4.29

6,484,678

94. 4.30

6,484,678

94. 4.30

4,095,636

-4,095,636

94. 5. 3

6,529,248

6,529,248

94. 5. 3

68,428

94. 5. 3

68,428

94. 5. 6

9,064,710

94. 5. 6

4,723,191

4,723,191

94. 5. 6

4,198,392

4,198,392

94. 5.11

3,568,950

3,568,950

94. 5.11

4,876,740

-4,876,740

94. 5.11

4,025,307

94. 5.11

4,025,307

94. 5.16

3,347,302

94. 5.16

3,347,302

94. 5.16

11,499,840

94. 5.16

11,499,840

94. 5.19

5,276,990

94. 5.19

5,276,990

94. 5.20

6,811,200

94. 5.20

6,811,200

94. 5.30

11,920,656

94. 5.30

11,920,656

94. 6. 2

6,065,664

94. 6. 2

6,065,664

94. 6. 3

8,768,628

94. 6. 3

8,768,628

94. 6. 4

3,433,584

94. 6. 4

3,433,584

94. 6. 8

7,755,264

94. 6. 8

7,755,264

94. 6.10

7,610,288

94. 6.11

7,610,288

94. 6.22

11,806,080

94. 6.22

11,806,080

94. 6.23

4,811,716

94. 6.23

4,811,716

94. 6.30

13,710,008

94. 6.30

13,710,008

94. 6.30

5,854,992

-5,854,992

합 계

178,203,266

207,511,400

-20,529,678