쟁점부가가치세액은 쟁점법인의 익금에 산입할 수 없다는 청구주장의 당부

차명계좌에 입금한 금액은 부가가치세가 포함된 공급‘대가’로 보는 것이 타당하나 청구인들 스스로 제시한 가액도 공급대가가 아닌 공급가액으로 기재되어 있는 점, 처분청은 공급대가에서 부가가치세를 제외하고 과소신고 소득금액을 산정한 점 등에 비추어 볼 때, 당초 201

ㅇ사업연도 법인세 수입금액 산정 시 공급대가가 아닌 공급가액에서 쟁점부가가치세액을 차감한 금액을 매출누락금액으로 산정하였다가 이를 바로잡아 201

ㅇ사업연도 법인세 수입금액에 쟁점부가가치세액을 산입한 이 건 법인세 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.2.18.~2017.6.14. 기간 동안 OOO에서 건축자재 도소매업 등을 영위한 법인이고, 청구인은 청구법인의 대표이사로 재직하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.12.5.~2017.3.17. 기간 동안 청구법인의 2011~2016사업연도에 관하여 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2011~2016사업연도에 걸쳐 약 OOO원의 매출을 신고누락한 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청들에게 통보하였고, 이에 OOO세무서장은 2017.4.6. 청구법인에게 2011~2015사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하고, 2011~2015년 귀속 합계 OOO원을 상여로 소득금액변동통지하였으며, 2012년 제1기~2016년 제2기 귀속 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. 또한 OOO세무서장은 2019.7.8. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(매출누락액 OOO원)하고, OOO원을 상여로 소득금액변동통지하였으며, OOO세무서장도 매출누락액 OOO원을 청구인의 수입금액에 가산하여 2019.11.22. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 이후 OOO세무서장은 2021.8.26. OOO(이하 “감사청”이라 한다)의 종합감사결과, 2016사업연도 경정시 부가가치세 예수금 OOO원(이하 “쟁점부가가치세액”이라 한다)이 누락된 점이 확인되었다며, 이를 2016사업연도 수입금액에 산입하여 2021.10.19. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(이하 “이 건 법인세 처분”이라 한다)하고, OOO원을 청구인의 상여로 소득금액변동통지하였다. 또한 OOO세무서장도 OOO세무서장과 같은 이유로 2022.3.18. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지(이하 “이 건 종합소득세 처분”이라 하며, 이 건 법인세 처분과 이 건 종합소득세 처분을 합하여 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2021.1.6. 및 2022.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 조사청의 2016년 세무조사 당시 청구법인의 매출누락액에 대한 조사청과 청구인들의 견해 대립은 다음과 같다.세무조사 당시부터 조사청과 청구법인은 청구법인이 매출누락용으로 사용하였던 차명계좌의 개수에 관하여 다툼이 있었던바, 조사청은 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 차명계좌 8개를 기준으로 매출누락액을 산정한 반면, 청구인들은 청구법인 직원의 개인계좌 3개의 입금내역(＜표2＞)을 제외하고 아래 ＜표3＞과 같이 5개 계좌를 기준으로 하여 매출누락액을 산정해야 한다고 주장하였다.

＜표1＞

조사청의 매출누락액 산정 내역(8개 계좌 기준)(단위 : 원)＜표2＞ 직원 개인계좌(3개) 입금액(단위 : 원)＜표3＞ 청구인들의 매출누락액 산정 내역(5개 계좌 기준)(단위 : 원)

(2) 감사청의 2021년 감사지적에 따른 이 건 처분은 부당하다.(가) 감사청은 2016사업연도 법인세 경정시 쟁점부가가치세액OOO이 누락된 것이 확인되었다며 감사지적을 하였다. 즉 조사청은 누락된 수입금액을 위 ＜표1＞의 ⓑ금액으로 보았으나 감사청은 ⓐ금액이 누락된 수입금액에 해당한다는 의견으로 보이며, 이는 위 ＜표1＞의 ⓐ-ⓑ 금액인 OOO원을 청구법인의 2016사업연도 법인세 계산시 수입금액으로 추가 산입하라는 것으로 이해된다. 결국 이 건 처분은 부가가치세 매출세액(예수금) 상당액을 법인의 익금에 산입한 것이다.(나) 그런데 관행적으로 매출누락이 적발될 시, 과세자료를 처리함에 있어서 부가가치세 매출세액 상당금액을 포함한 금액을 익금에 추가산입하고 법인세를 증액경정하고 있으나 매출금액을 신고누락하였다고 하여, 즉 과소신고하였다고 하여 신고누락된 금액을 법인세의 익금에 추가 산입함에 있어 그 부가가치세 매출세액 상당액까지 법인세의 익금에 산입하여 증액경정하는 것은 세법상 그 근거를 볼 수 없다.

(3) 이 건 처분 이후 처분청들은 직권으로 감액 경정하였다.청구인들은 이 건 처분이 아닌 2017.4.6.자 2011~2015사업연도 법인세 OOO원 및 2012년 제1기~2016년 제2기 귀속 부가가치세 OOO원 경정·고지분 등에 대하여 법원에 2019.1.11. 부과처분 취소 소송을 제기(의정부지방법원 2019구합10165)하였고, 대법원에서 이 건 심판청구 제기 이후인 2022.9.1. 일부승소 확정판결(2022두41171)을 하였으며, 그 승소내용에는 위 직원들의 개인계좌 3개는 차명계좌가 아니라는 내용이 포함되어 있었다. 이에 처분청들은 이 건 처분에 대하여 스스로

① 차명계좌를 8개에서 5개로 하여 누락매출액을 다시 산정하고,

② 부당과소신고가산세를 일반과소신고가산세로 변경하는 내용의 감액경정(직권취소)을 하였다.즉 쟁점부가가치세액 또한 차명계좌 8개가 아닌 5개로 반영하여 감액경정을 하였는데, 결과적으로 이 건 법인세 처분은 OOO원이 되었다.

(4) 처분청들의 각하 의견에 대하여(가) 처분청들은 차명계좌를 8개에서 5개로 판단한 법원판결에 따라 청구법인의 2016년 제1기 및 제2기 귀속 부가가치세 매출누락금액 OOO원(부가가치세 제외)이 OOO원으로 변경되어, (이 건 심판청구 이후) OOO세무서장은 2022.6.10. 청구법인의 2016사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하고 소득금액 OOO원을 감액하는 소득금액변동통지를 하였으며, OOO세무서장은 2022.7.20. 청구인의 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 감액경정하였는바, 이로 인해 이 건 처분은 모두 감액되어 불복대상이 없어 각하하여야 한다는 의견이다. 이에 대하여 법인세 부분은 동의하나, 종합소득세 부분은 동의할 수 없다.(나) 아래 ＜표4＞와 같이, 차명계좌가 8개에서 5개로 변경된 것을 반영하여, OOO세무서장은 이 건 종합소득세 처분OOO중 OOO원을 감액하였으나, OOO원은 여전히 납부할 세액으로 남아 있는 상태이다. 따라서 이 건 종합소득세 처분 중 OOO원은 여전히 존재하고 있다.

＜표4＞

이 건 종합소득세 처분 등의 감액 내역

나. 처분청 의견

(1) 감사청 감사지적에 따른 이 건 처분은 타당하다.당초 OOO세무서장은 2016사업연도 법인세 OOO원 경정·고지시 매출누락금액 OOO원에 부가가치세가 포함된 것으로 오인하여 과소신고 소득금액을 OOO원(=매출누락금액 OOO원-부가가치세 OOO원-매입누락액 OOO원)으로 산정하여 과소부과하였고, 이후 감사지적에 따라 당초 매출누락금액 OOO원에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보아, 매출누락액은 OOO원(=OOO원+OOO원)이고, 과소신고 소득금액은 OOO원(= 매출누락액 OOO원-부가가치세 OOO원-매입누락액 OOO원)으로 하여 2021.10.19. 이 건 법인세 처분을 하였다.

(2) 처분청들은 이 건 심판청구 이후 직권 감액 경정을 하였다.이후 서울고등법원 2022.4.5. 선고 2021누37535 판결(제1심은 위 의정부지방법원 2021.2.9. 선고 2019구합10165 판결)에서 차명계좌가 8개에서 5개로 판단됨에 따라 청구법인의 2016년 제1기 및 제2기 귀속 부가가치세 매출누락금액 OOO원(부가가치세 제외)이 OOO원으로 변경되고, 부당과소신고가산세가 일반가산세로 변경됨에 따라 OOO세무서장은 2022.6.10. 청구법인의 2016사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하고, 소득금액 OOO원을 감액하는 소득금액변동통지를 하였다. 또한 OOO세무서장은 2022.7.20. 청구인의 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 감액경정하였다.

(3) 따라서 위 2022.6.10.자 감액경정에 따라 이 건 심판청구는 불복대상이 없으므로 각하되거나 청구취지의 변경이 이루어져야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 본안심리대상인지 여부

② 쟁점부가가치세액은 쟁점법인의 익금에 산입할 수 없다는 청구주장의 당부나. 관련 법률

(1) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것)제18조(평가이익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

5. 부가가치세의 매출세액

(2) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것)제29조(과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.

(3) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것)제22조의3(경정 등의 효력)

① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 처분과 관련된 주요 사실관계를 정리하면 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞

이 건 처분과 관련된 주요 사실관계(단위 : 원)

(2) 감사청의 2021.4.12.자 “법인세 등 경정결의 잘못” 질문서에 따르면, 감사청은 OOO세무서장이 청구법인에 대한 2016사업연도 법인세 경정시 부가가치세 예수금에 대한 소득조정을 누락하여 법인세 등을 과소부과하였다고 지적하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청들은 당초 청구법인의 매출누락액을 OOO원으로 보아 2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 부과하였다가, 당초 매출누락액 산정시 쟁점부가가치세액이 누락되었다는 감사청의 지적에 따라 이 건 처분(2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원)을 하였고, 이후 차명계좌를 8개가 아닌 5개로 판단한 법원판결(서울고등법원 2022.4.5. 선고 2021누37535 판결)에 따라 매출누락액을 감액하여, 2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 감액경정한바, 처분청들이 2022년에 한 감액경정은 당초 과세한 2019년 증액경정 및 2021년 증액경정과 연관되어 있으며, 또한 이들 처분들은 모두 2016사업연도 법인세 및 2016년 귀속 종합소득세 산정과 관련되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인과 청구인은 청구세액 한도 내에서 취소를 구할 수 있는 것으로 보이므로 이 건 심판청구는 본안심리대상에 해당되는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 당초 매출누락된 공급가액 OOO원(＜표1＞의 ⓑ값)에 쟁점부가가치세액이 포함되어 있다고 주장하나, 차명계좌에 입금액 이외에 청구법인에게 부가가치세 상당액을 지급하였다는 사실이 확인되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 차명계좌에 입금한 금액은 부가가치세가 포함된 공급‘대가’로 보는 것이 타당하나(조심 2018중3543, 2021.9.6., 같은 뜻임), 청구인들 스스로 제시한 ＜표1＞에서도 ⓑ값의 항목은 ‘공급대가’가 아닌 ‘공급가액’으로 기재되어 있는 점, 처분청은 공급대가(ⓐ : OOO원)에서 부가가치세 OOO원을 제외하고 과소신고 소득금액을 산정한 점 등에 비추어 볼 때, 당초 2016사업연도 법인세 수입금액 산정시 공급대가가 아닌 공급가액에서 쟁점부가가치세액을 차감한 금액을 매출누락금액으로 산정하였다가 이를 바로잡아 2016사업연도 법인세 수입금액에 쟁점부가가치세액을 산입한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.