공유수면매립토지중 도로등 국가 귀속분 토지에 대한 관련 매입세액의 공제여부(기각)

국가에 무상으로 공급한 면세재화인 토지에 관련된 매입세액은 매입세액을 공제할 수 없다 할 것이므로 당해 국가등 귀속분 토지에 관련된 매입세액의 공제를 배제하여 부가가치세를 경정한 처분은 정당함

1. 사실청구인은 부산직할시 서구 OO동 O OO에서 OO산업이라는 상호로 수산물냉동공장, 냉동창고등을 건설하여 운영할 목적으로 84.11.23 위 번지 지선의 공유수면 매립면허(매립예정 면적 : 84,949평방미터)를 득하여 이를 매립한 다음 그 매립비용과 관련한 매입세액의 공제를 신고하였으나, 처분청이 위 매립토지(84,949평방미터)중 매립면허 조건에 따라 기부체납의 형식으로 국가등에 기증되는 토지 21,303평방미터의 매립비용과 관련된 매입세액의 공제를 배제하고 90.9.1 부가가치세 69,206,540원(88.2기분 14,043,670원, 89.1기분 32,250,700원, 89.2기분 22,912,170원을 추징한외에 90.1기분 부가가치세신고금액중 환급할 세액에서 11,285,120원을 공제하자, 청구인은 전실절차를 거쳐 91.2.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장처분청은 이 건 공유수면 매립과 관련한 전체 매입세액중 공공시설로 국가등에 귀속 조치되는 집안토지 5,847평방미터, 빈지 798평방미터, 도로 14,658평방미터(부산시 취득) 계 21,303평방미터에 대한 매입세액은 부가가치세 면세사업과 관련한 매입세액으로 보고 그 매입세액의 공제를 배제하였으나 국가소유인 공유 수면을 매립할 수 있는 허가를 받기 위하여는 매립으로 조성되는 토지중 공익에 필요로 하는 토지의 국가 귀속은 면허 조건상 필연적이므로 이는 단순히 기부체납되는 토지로는 볼 수 없고,또한 공공시설로 국가에 귀속되는 경우 동 귀속되는 이 건 토지의 원가상당액은 취득원가에 포함되므로 국가에 귀속되는 토지의 가액 상당액은 당연히 청구인의 사업과 관련된 비용이므로 이와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견공유수면 매립시 국가 귀속 토지분에 대한 매립공사의 매입세액은부가가치세법 제12조제1항 제12호의 토지 공급으로서부가가치세법 제17조제2항 제4호의 면세사업과 관련된 매입세액이므로 그 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점이 건의 쟁점은 청구법인이 매립한 공유수면매립토지중 도로등 국가 귀속분 토지에 대한 관련 매입세액의 공제여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

청구인은 84.11.23 해운항만청장으로부터 공유수면 면허를 받아 그 공유수면을 매립하고 88.2-90.1기 부가가치세 신고시 매립토지(84,949평방미터)에 관련된 매입세액 전액을 매출세액에서 공제한 데 대하여 처분청은 위 매립토지중 국가등 귀속분 21,303평방미터에 대한 매입세액 69,206,540원은부가가치세법 제17조제2항 제4호의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액이므로 그 공제를 배제하고 청구인에게 이 건 부가가치세를 경정고지한 것임을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 쟁점매립토지 중 국가 귀속분 토지에 관련된 매입세액도 청구법인이 사업용 대지를 확보하기 위하여 공유수면 매립면허를 받아 매립한 토지의 일부에 관련된 매입세액으로서 청구법인의 사업과 관련된 매입세액이므로 공제하여야 한다고 주장하고 있는 바,이 건 관련 법령인 부가가치세법을 보면, 부가가치세의 면세를 규정한 제12조 제1항 제12호에서 “토지”를 면세재화로 규정하고 있고, 동조 동항 제18호에서 “국가, 지방자치단체, 기타 자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 있으며,동법 제17조제1항 제1호에서 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”을 규정하고 있고, 이와 반대로 동조 제2항 제4호에서는 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있다.

위 규정을 모아 볼 때, 면세되는 재화의 공급과 관련된 재화 또는 용역에 있어서는 그 매입세액을 공제하지 아니하도록 하는 것이 입법취지(영세율 적용효과와 같아서는 아니되도록)임을 알 수 있다.

따라서 청구법인의 경우 청구법인이 국가에 무상으로 공급한 면세재화인 토지에 관련된 매입세액은부가가치세법 제17조제2항 제4호의 규정에 의하여 동 매입세액을 공제할 수 없다 할 것이므로 처분청이 당해 국가등 귀속분 토지에 관련된 매입세액의 공제를 배제하여 청구법인에게 부가가치세를 경정한 처분은 정당한 것으로 판단된다(국심 89부 1053, 89.9.29 동지)

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.