부동산매매업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산한 처분의 정당성 여부(경정)

지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산하여 건물의 공급대가로 인정한 것은 잘못이 없음

1. 원처분 개요청구인은 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO 대지 390.6㎡ 및 건물 596.37㎡를 91.6.29 OO농업협동조합에 1,465,680,000원에 양도하였다.처분청은 청구인이 부동산매매업을 영위하였고 양도한 부동산의 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아,부가가치세법 시행령 제48조의 2제3항 단서규정에 의하여 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 토지가액과 건물가액을 안분계산하여 92.2.16, 91년도 제1기분 부가가치세 13,485,910원(국세청장의 심사결정에 의하여 12,362,090원으로 감액 경정되었음)을 부과하였다.청구인은 이에 불복하여 92.3.5 심사청구를 거쳐 92.5.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구인은 부동산매매계약서 상에 토지와 건물가액을 구분하여 기재하지는 않았지만 매매계약체결(91.6.17)전에 OO농업협동조합이 아세아감정평가사 합동사무소에 감정을 의뢰하여 받은 감정평가금액(91.6.4을 가격시점 및 조사기간으로 하여 91.6.5 감정평가서를 작성하였고, 평가한 토지가액은 1,288,980,000원이고 건물가액은 181,275,200원임)의 99.7%에 해당하는 금액으로 매매계약을 체결하였고, OO농업협동조합이 위 비율대로 건물매입가액 180,711,000원을 결정하고 이에 취득세 및 등록세 등 부대비용 664,000원을 더하여 181,375,000원을 장부에 계상한 사실이 있으므로, 위 건물매입가액 180,711,000원을 건물의 공급가액으로 하여 세액을 경정하여야 한다는 주장이다.

나. 국세청장은부가가치세법 제48조의 2제4항 제3호에 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액에 비례하여 안분계산한 가액으로 계산할 것을 규정하고 있으나, 위 부동산의 감정가액을 평가할 당시(91.6.5)에 아세아감정평가사 합동사무소는 법령에 규정한 법인이 아니므로 적법한 평가라고 할 수 없으므로, 처분청이부가가치세법 시행령 제48조의 2제3항 단서의 규정에 의거 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산하여 건물의 공급대가로 인정한 것은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 부동산매매업을 영위하는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산한 이 건 처분이 정당한지 여부에 다툼이 있다.

나. 부가가치세법시행령 제48조의 2(과세표준의 안분계산) 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있는 바, 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분 표시되어 있으며, 구분 표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 하는 데에는 하등의 문제가 없다고 할 것이나, 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액인지 여부가 불분명하고 구분 표시된 토지의 가액과 건물의 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 않다고 인정되는 경우에 그 계약서 상에 표시된 건물가액을 건물의 공급가액으로 할 수는 없다고 할 것이다(국심 91서665, 91.6.11외 다수 같은 뜻임).

한편, 부동산매매계약서 상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약서 체결 전에 그 부동산을 담보로 금융기관에서 대출을 받기 위하여 공인감정기관의 감정을 받은 가액이 있거나 거래당사자중 일방 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래당사자가 토지·건물가액을 관련 장부에 구분하여 기장하고 있고, 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우 등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액 중에서 건물가액 상당을 그 실지거래가액으로 보는 것이 지방세법상 과세시가표준액으로 안분하여 계산한 가액을 공급가액으로 하는 것보다는 보다 더 합리적이라고 할 것이며,90.12.31 신설된부가가치세법 시행령 제48조의 2제4항에 의하면부가가치세법 시행령 제48조의 2제3항 본문의 규정을 적용함에 있어 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 기타 구축물의 실지거래가액으로 보되 이 경우의 적용순서는 다음 각호의 순서에 의한다고 규정하면서 그 제1호에서 “주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획서상의 분양가액”, 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다”, 그 제3호에서 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정 평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”을 열거함으로써 위와 같은 해석내용이 대부분 입법화 된 것으로도 뒷받침된다고 할 것이다(국심 91구2155, 92.1.18 외 다수 같은 뜻임)다.

OO농업협동조합은 매매계약을 체결(91.6.17)하기 전에 아세아감정평가사 합동사무소에 위 부동산의 감정을 의뢰하였고, 감정을 의뢰 받은 위 아세아감정평가사 합동사무소는 91.6.4을 가격시점 및 조사기간으로 하여 토지가액 1,288,980,000원, 건물가액 181,275,200원, 전체 가액 1,470,255,200원으로 평가한 사실이 감정평가서에 의거 확인된다.

라. 청구인과 OO농업협동조합은 위 감정가액의 99.7%에 해당하는 가액인 토지가액 1,284,969,000원, 건물가액 180,711,000원 합계금액 1,465,680,000원으로 계약예정금액을 정하여 91.6.11 토지거래 신고하였고, 91.6.17에는 토지와 건물 구분 없이 1,465,680,000원으로 매매계약을 체결한 사실이 토지거래신고서 및 매매계약서에 의거 확인된다.

마. 참고로 이 건 부동산을 매입한 OO농업협동조합의 토지와 건물 부가액은 다음과 같이 기재되어 있다.(단위 : 원)

구분

감정가액

매입대금

부대비용

장부가액

토지

1,288,980,000

1,284,969,000

4,722,000

1,289,691,000

건물

181,275,000

180,711,000

664,000

181,375,000

합계

1,470,255,000

1,465,680,000

5,386,000

1,471,066,000

바. 위의 사실들을 종합하여 볼 때, 위 부동산의 실지거래가액이 1,465,680,000원인 사실에 대해서는 다툼이 없는 이 건의 경우, 매매계약서 상에는 토지와 건물의 구분 없이 위 가액으로 기재되어 있으나 사실상의 건물가액은 180,711,000원인 것으로 보여 위 부동산의 양도에 따른 건물의 공급가액을 180,711,000원으로 하여야 한다는 청구인의 주장은 이유있다고 판단된다.

사. 따라서 심판청구는 청구주장이 일부 이유있어국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.