쟁점부동산 중 상가부분의 취득가액을 장부가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구인이 기장한 장부가액을 실지거래가액으로 보지 아니할 객관적인 증빙자료의 제시가 없는 점 등을 종합할 때, 처분청이 쟁점부동산 중 상가부분의 장부가액을 실지취득가액으로 보고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 1986.12.15. OOO동 1143 근린생활시설 토지 150.1㎡, 건물 369.5㎡(지하1층～지상2층 상가, 지상2층 주택, 이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)를 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2010.12.22. OOO구역 주택재개발사업조합에 양도한 후 2011.2.1. 양도가액은 실지거래가액 OOO원으로, 취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 토지·건물의 기준시가로 환산한가액인 OOO원으로 하여 양도소득세를 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 2013.7.18.～2013.8.6. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점부동산 중 주택의 취득가액은 청구인의 신고대로 환산가액으로, 상가의 취득가액은 장부가액을 실지거래가액으로양도차익을 산정하여 2013.8.8. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산을 1986년에 취득하여 오랜 세월이 경과되어 매매계약서 등을 분실하였고, 부동산임대소득을 추계로 신고하여 오다가 2001년 복식부기의무자로 변경되어 재무제표를 최초 작성하면서 당시 세무대리인이 토지·건물의 장부가액을 취득당시의 기준시가에 준하여 임의로 기재한 것으로 실제 거래가액이 아님에도 처분청이 장기간 장부에 계상한 금액으로 감가상각비를 공제하여 종합소득세를 신고하였다는 이유로 이 금액을 실지거래가액으로 본 것은 부당하다.

(2) 쟁점부동산의 상가와 주택의 복합건물을 일괄 취득한 것임에도 처분청이 상가부분에 대하여는 장부가액을 실제 취득가액으로, 주택부분의 취득가액은 알 수 없다 하여 환산가액을 적용한 것은 전체의 취득가액을 정확하게 알 수 없다는 사실을 처분청 스스로 인정한 것이다.그리고, 장부상 감가상각누계액 자체가 최초 취득시점부터 내용연수를 40년으로 하여 정액으로 상각할 경우 OOO원의 감가상각누계액이 산정되는데 양도당시 OOO원으로 계상한 것으로 보아도 장부가액을 취득가액으로 보기 어렵다는 것을 나타낸다.

(3) 대법원에서도 납세자가 작성·비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지 취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반하는 주장을 제한하는 기속력을 가질 수 없다고 판결하였다(대법원 1988.2.9. 선고 87누536).

따라서, 장부에 기재된 가액을 쟁점부동산 중 상가부분의 취득당시 실제 취득가액으로 볼 수 없으므로 취득가액을 장부가액으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 스스로 쟁점부동산 중 상가부분의 취득가액으로 장기간 동안 장부에 계상하고 건물에 대하여 감가상각비를 필요경비로 차감하여 비용화하면서 종합소득세를 신고한 점과 쟁점부동산의 부동산 임대부분의 장부가액이 실지취득가액이 아니라는 것을 달리 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어 장부가액을 상가부분의 취득가액으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산 중 상가부분의 취득당시의 실지거래가액을 장부가액으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부

나. 관련 법령

: <붙임>

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 조사서에 의하면,청구인이 1986.12.15. 쟁점부동산을 취득한 후 2010.12.22. 양도할 때까지 쟁점부동산에서 발생한 부동산임대소득에 대하여 종합소득세를 신고한 내용은 다음과 같다.(OO : O)

(2) 쟁점부동산의 취득당시 기준시가는 다음과 같으며, 2001년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표상의 장부가액과 유사한 것으로 나타나며, 그 당시 기장대리 세무대리인이 작성한 확인서에 의하면, “2001년 장부에 계상시 취득당시의 기준시가로 계상하였다”고 확인하고 있다.(OO : O)

(3) 쟁점부동산에 대한 청구인의 양도소득세 신고내용과 처분청의 과세내용은 다음과 같은 사실이 양도소득세 신고서 및 결정결의서에 의하여 확인된다.(OO : O)

(4) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 양도시까지 소득세법상 복식부기의무자로서 8년 동안 일관되게 기장하면서 이를 기초로 종합소득세를 신고하였고, 이 장부가액을 토대로 건물 감가상각비 계상액을 필요경비로 산입한 사실이 있으며, 장부가액이 실지거래가액이 아니라는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산 중상가의 장부가액을 실지거래가액으로 보고양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<붙임>

관련 법령

(1) 소득세법제97조【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액가.제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.1.취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각목의 금액(제2항에 해당하는 경우에는 같은 항에 따른 금액)에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액다.제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고「부동산등기법」제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액,감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령제176조의2【추계결정 및 경정】①법 제114조 제5항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우2.장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증기타증빙서류의내용이매매사례가액,「부동산가격공시및감정평가에관한법률」에의한감정평가법인(이하이조에서"감정평가법인"이라한다)이평가한감정가액등에비추어허위임이명백한경우

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.1.법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가제3항 제1호의 매매사례가액 × ―――――――――――――――또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의규정에 해당하는 경우에는 동항의규정에 의한 양도당시의 기준시가)