법인세를 신고한데 대하여 고유목적사업준비금잔액이 있었다 하여 익금산입하여 법인세를 부과한 처분(경정)

해산사업연도 법인세신고시 손금으로 산입한 고유목적사업준비금은 이미 고유목적사업에 지출된 것으로 보아야 하므로 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당

1. 사실청구법인은 OO관서 종사직원의 복지증진과 퇴직후 생활안정을 위해 상호부조에 관한 사업을 영위하기 위하여 1944.9.26민법 제32조에 의하여 설립되었고 1999.6.29 목적사업을 폐지하고 해산신고를 한 후 1999.9.2 고유목적사업준비금 6,338,812,950원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금에 산입하여 1999.1.1～1999.6.29 사업연도 법인세를 환급신고(환급세액 : 1,008,482,040원)하였다.처분청은 청구법인이 법인세신고시 손금산입한 쟁점금액이 해산시까지 고유목적사업에 지출되지 아니하였다 하여 쟁점금액을 익금산입하여 법인세 2,529,914,340원을 결정하고 원천납부세액 1,162,212,380원을 기납부세액으로 공제하여 2000.3.31 청구법인에게 1999.1.1～1999.6.29 사업연도 법인세 1,367,701,960원을 결정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2000.6.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1995년부터 고유목적사업준비금이 부족하여 이익잉여금에서 충당하여 왔으므로 고유목적사업준비금잔액이 없는 상태였으며 1998년말 할증급여 충당금은 이미 과세된 이익잉여금을 청구법인의 고유목적사업을 위하여 계정을 재분류해 놓은 것이므로법인세법 제29조제2항 규정에 의거 1999년도 고유목적사업인 퇴직자 할증금 지출에는 당해 연도의 고유목적사업준비금 설정한도인 쟁점금액이 포함된 것으로 보아야 하므로 해산일 현재 고유목적사업준비금 잔액이 없는 것이므로 쟁점금액을 익금산입하여 과세한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

법인세법 제29조에 의거 수익사업에서 발생한 소득 등을 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 후 해산하는 경우 그때까지 고유목적사업 등에 지출하고 남은 잔액은 익금에 산입하는 것이고 당기에 지출된 퇴직자할증금은 기 설정된 할증급여충당금에서 차감된 것으로 당기에 설정된 고유목적사업준비금의 지출로 볼 수 없으며 청구법인이 할증급여충당금전입액으로 처리한 금액은 재직자할증금 증가분으로서, 이는 재직자가 퇴직하는 경우, 재직년수와 직급에 비례하여 소요될 충당금부족액을 설정한 것에 불과한 것이지 고유목적사업준비금을 지출한 것은 아니므로 쟁점금액을 익금산입하여 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 쟁점 및 판단가. 쟁점청구법인이 당해연도 고유목적사업준비금 설정한도인 쟁점금액을 손금산입하여 법인세를 신고한데 대하여 해산당시 고유목적사업준비금잔액이 있었다 하여 쟁점금액을 익금산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정된 것)제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체 중 대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.(1998.12.28 개정)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액(1998. 12. 28 개정)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액 (1998.12.28 개정)

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998.12.28 개정)

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (1998.12.28 개정)

1. 해산한 때 (1998.12.28 개정)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 (1998.12.28 개정)

3. 법인으로 보는 단체가국세기본법 제13조제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 (1998.12.28 개정)

⑤ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 준비금에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998.12.28 개정)

⑥ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998.12.28 개정)제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (1998.12.28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998.12.28 개정)

(2) 법인세법시행령(1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정된 것)제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 법인으로 보는 단체 중 다음 각호의 1에 해당하는 법인외의 법인을 말한다. (1998.12.31 개정)

1. 제36조 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 법인 (1998.12.31 개정)2.상속세 및 증여세법시행령 제12조각호의 1에 해당하는 법인 (1998.12.31 개정)

3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998.12.31 개정)

② 법 제29조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 제111조 제2항 각호의 1에 해당하는 법인에게 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득은 이를 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다. (1998.12.31 개정)

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. (1998.12.31 개정)

④ 법 제29조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다. (1998.12.31 개정)

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998.12.31 개정)

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액과 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리 및 공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (1998.12.31 개정)

⑧ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998.12.31 개정)다. 사실관계 및 판단처분청이 청구법인의 해산당시 고유목적사업준비금잔액이 있었다고 보아 1999년도 설정된 고유목사업준비금을 익금산입하여 법인세를 부과한데 대하여, 청구법인은 전년도말 현재 고유목적사업준비금잔액이 없었으므로 1999년도 퇴직자 할증금으로 지급한 금액중 당해연도 고유목적사업준비금 설정한도인 쟁점금액은 고유목적사업준비금에서 지급된 것으로 보아야 하므로 해산시 잔액이 있는 것으로 보아 이를 익금산입하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구법인은 1944.9.26 OO관서 종사직원의 복지증진과 퇴직후 생활안정을 위해 상호부조에 관한 사업을 위해민법 제32조에 의거 설립된 법인임이 법인정관 및 등기부등본에 의하여 확인되고법인세법 제1조제2호 가목에서 “민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인은 비영리내국법인”이라고 규정하고 있으므로 청구법인은 비영리내국법인임을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 1999.6.29 해산등기하고 1998년도말 현재 고유목적사업준비금잔액이 없어 당해연도 고유목적사업준비금 설정한도인 쟁점금액(6,339백만원)과 이익잉여금에서 전입한 42,487백만원의 합계 48,826백만원을 원천으로 해산일이 속하는 사업연도의 퇴직자 할증금을 지급하고 당해연도 고유목적사업준비금 설정한도인 쟁점금액을 손금으로 산입하여 법인세를 신고하였으며 처분청은 기설정된 할증급여 충당금에서 지급된 것으로 보아야 하므로 쟁점금액은 해산당시 지출되지 않고 남아 있었다고 보아 익금산입하여 법인세를 부과한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(3) 청구법인은 1994년도 말에는 고유목적사업준비금잔액이 8,072백만원이었으나 1995년도에는 당해사업연도 고유목적사업준비금 8,535백만원과 전년도 고유목적사업준비금등 전입액 18,654백만원으로 퇴직할증금 27,189백만원을 지급하여 고유목적사업준비금잔액이 없었으며, 이후 당기설정액을 초과하는 금액을 지급하여 설정잔액이 없었고 1998년도에는 고유목적사업준비금 20,019백만원과 이익잉여금전입액 17,862백만원으로 퇴직할증금 37,881백만원을 지급하여 고유목적사업준비금잔액이 없었고, 1999년도에는 당해연도 고유목적사업준비금 설정한도액인 6,339백만원과 이익잉여금 전입액 42,487백만원으로 퇴직할증금 48,826백만원을 지급하여 1995년이래 고유목적사업준비금의 잔액이 없었음이 청구법인이 제시한 고유목적사업준비금 및 할증급여충당금의 회계처리내역 및 법인세신고서의 부속서류에 나타난다.

(4) 전시법인세법 제29조제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 비영리법인이 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자(제1항 제3호)와 수익사업에서 발생한 소득(제1항 제4호)의 100분의50에 상당하는 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있고 같은법 같은조 제2항에는 제1항에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 순차로 상계해야 하며 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다고 규정하고 제3항에는 법인이 해산한 경우에는 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우 법인이 해산한 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다고 규정하고 있음을 알 수 있다.

(5) 또한법인세법시행령 제56조제5항에는 ‘고유목적사업’이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 시행령 제2조 제1항에 규정하고 있는 수익사업외의 사업(회원의 복리증진을 위한 사업은 제2조 제1항에 해당되지 않음)을 말한다고 규정하고 있고 같은조 제6항에는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 본다고 규정하고 있음을 알 수 있다.

(6) 청구법인은 1998.12.31 현재 고유목적사업준비금잔액이 없었는데 1999.2.1～2.11 사이에 정보통신부 감사시에 “전직원이 일시에 퇴직할 경우 지급해야 할 할증금을 계상할 경우 1,560억원의 손실이 발생한 것인데도 704억원의 순이익이 발생한 것으로 잘못계상하였다”는 지적을 받고 그 동안 이익잉여금 항목으로 관리하던 할증급여준비금 83,747백만원을 전입하고 당해 사업연도 할증금전입대상액 27,143백만원(퇴직할증금 추계액의 증가액)과 부족액 113,891백만원을 대체항목 이익잉여금을 마이너스(-)156,939백만원으로 조정하여 전 조합원이 퇴직시 지급하여야 할 퇴직할증금추계액 224,782백만원을 할증급여충당금으로 설정하였고 1999년도에는 법인세법 관련규정에 의하여 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자 5,768백만원과 수익사업에서 발생한 소득 1,141백만원 의 100분의 50에 상당하는 쟁점금액(6,339백만원)을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 이익잉여금전입액 42,487백만원을 합한 48,826백만원을 퇴직할증금으로 지급하였으며 당해 사업연도말 할증급여충당금잔액이 계정상 186,155백만원이었음이 청구법인이 제시한 고유목적사업준비금 및 할증급여충당금의 회계처리 내역에 나타난다.

(7) 위 사실관계와 관련법령을 종합해 보면 청구법인은 법인세법상 비영리내국법인으로서 복지사업의 일환으로 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자와 수익사업에서 발생한 소득의 100분의50에 상당하는 금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있다 할 것이고 1998년도 말에 고유목적사업준비금잔액이 없었으므로 1999년도에 퇴직 할증금으로 지급한 48,826백만원중 쟁점금액은 당해연도에 설정되어야 할 고유목적사업준비금에서 지급된 것으로 보아야 하며, 따라서 청구법인이 1999.9.2. 해산사업연도 법인세신고시 손금으로 산입한 고유목적사업준비금은 이미 고유목적사업에 지출된 것으로 보아야 하므로(쟁점금액은 고유목적사업준비금으로 적립한 것이며 고유목적사업준비금으로 적립한 금액에서 지출 또는 사용한 것으로 보는 경우에 해당되어 잔액이 있다고 볼 수 없음)쟁점금액을 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 사실관계를 잘못 이해한 데서 비롯된 처분으로 부당하다고 판단된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.