법인세과세표준 신고시 원천징수세액을 기납부세액으로 환급받은 청구법인이 당초 소득금액 계산시 세법적용의 오류를 시정하여 법인세과세표준 및 세액을 경정청구함에 따라 처분청이 경정결정하여 환급금을 지급하는 경우 환급가산금의 기산일을 언제로 볼 것인지를 가리는 여부(기각)

청구법인이 당초 환급세액을 잘못신고한 것으로 보아 국세환급금을 결의하면서 국세기본법 제52조 제6호 단서를 적용하여 국세환급가산금 기산일을 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니한 사례임

1. 처분개요

청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 2000.3.30 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세 과세표준금액을 233,234,217,816원으로, 산출세액을 65,293,580,988원으로, 공제감면세액을 차감한 총부담세액을 63,342,755,394원으로 하여 동 기간 중 원천징수납부세액 392,160,147,610원을 기납부세액으로 환급신고하였으며, 처분청은 2000.4.19 이월결손금 공제 등 일부를 경정하여 적법하게 환급조치하였으나, 2001.3.29 당해 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 과다산입하거나 손금산입하지 아니한 신탁보전금 등 75,783,746,998원을 추가 손금산입(익금불산입)하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정청구하였다. 처분청은 2001.12.26 청구법인의 위 경정청구를 받아들여 과세표준을 155,233,523,311원으로, 산출세액을 43,453,386,527원으로 경정결정하여 초과납부세액 21,163,205,310원을 환급하면서 청구법인이 환급세액을 잘못 신고하여 경정청구함에 따라 국세환급금이 발생한 때에는 초과납부에 대한 환급가산금의 기산일을 국세기본법 제52조 제6항 단서규정에 의하여 “경정결정일로부터 30일이 경과하는 때”로 보는 것이라 하여 환급가산금을 지급하지 아니하였다. 이에 청구법인은 2002.2.22 환급가산금 3,034,803,630원의 지급처분을 구하는 취지의 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세 과세표준의 과다신고분에 대한 2001.3.29 경정청구에 대하여 처분청이 2001.12.28 환급결의하면서 당해 사업연도 법인세 과세표준 신고시 예납적 원천징수세액 등 기납부세액이 총부담세액을 초과하여 2000.4.19 초과납부한 세액을 적법하게 환급받았으므로 총부담세액 상당액은 그 법정신고기일에 납부한 세액으로 보아 환급가산금을 계산하여야 하나, 처분청은 국세기본법 제52조 제6호 단서규정에 의하여 경정결정의 경우 경정결정일로부터 환급가산금을 계산한다 하여 국세환급가산금을 지급하지 아니하였는 바, 동 규정은 납세자가 신고를 하지 아니하거나 잘못 신고하여 정부가 결정 또는 경정하는 경우에 적용되는 것으로 이 건과 같이 세법에 따라 적법하게 계산한 결과 납부하여야 할 금액을 초과하여 납부한 초과납부세액은 국세기본법 제52조 제1호를 적용하여 그 납부일을 환급가산금의 기산일로 하는 것이며, 원천징수에 의한 기납부세액은 당해 사업연도 법인세 신고기한을 납부일로 보아 이로부터 30일이 경과하는 때를 환급가산금 기산일로 보는 것이므로 환급가산금을 지급하지 아니한 당초처분은 부당하므로 환급가산금을 추가로 지급하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 적법하게 신고납부하고 추후 소득금액 계산시 손익의 귀속시기 및 계산착오 등의 세무조정오류를 수정하여 경정청구함으로써 발생된 환급세액은 착오납부라고 볼 수 없으므로 국세기본법 제52조 제1호의 규정이 적용되지 아니하며, 동 조 제6호 단서 규정에 의해 “환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때”를 국세환급가산금 기산일로 보는 것이므로 환급가산금을 지급하지 아니한 당초처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인세과세표준 신고시 원천징수세액을 기납부세액으로 환급받은 청구법인이 당초 소득금액 계산시 세법적용의 오류를 시정하여 법인세과세표준 및 세액을 경정청구함에 따라 처분청이 경정결정하여 환급금을 지급하는 경우 환급가산금의 기산일을 언제로 볼 것인지를 가리는 데 있다.

나. 관련 법령

이 건 환급금 지급일 당시 적용되는 관련법령은 다음과 같다. 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부·이중납부 또는 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경 정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. 2.～

5. (생략)

6. 소득세법·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통 세법에 의한 환급세액을 신고에 의하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로 부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때 같은 법 부칙 제4항【국세환급가산금 기산일에 관한 적용례】 제52조 제1호 및 제6호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용한다. 같은 법 시행령 제30조【국세환급가산금의 결정】

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다

③ 제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액·원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다.(2000.12.29 삭제) 같은 법 시행령 부칙 (2000.12.29 공포, 대통령령 제17036호) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조 제2항, 제32조, 제33조 및 제34조 내지 제43조의 개정규정은 2001년 4월 1일부터 시행한다. 같은 법 시행규칙 제13조의 2【국세환급가산금의 이율】 영 제30조 제2항에서 “시중은행의 1년 만기 정기예금 평균수신금리를 감 안하여 재정경제부령에서 정하는 이자율”이라 함은 은행법에 의한 은행 업의 인가를 받은 금융기관으로서 서울특별시에 본점을 둔 금융기관의 1년 만기 정기예금 이자율의 평균을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 2000.3.30 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세 과세표준금액을 233,234,217,816원으로, 총부담세액을 63,342,755,394원으로 하고 원천징수납부세액 392,160,147,610원을 기납부세액으로 하여 환급신고한 사실 및 처분청이 청구법인의 환급신고에 대하여 2000.4.19 이월결손금 공제 등 일부를 경정하여 329,466,320,882원을 환급한 사실, 청구법인이 위 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 당해 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 과다산입하거나 손금산입하지 아니한 신탁보전금 등 75,783,746,998원을 추가 손금산입(익금불산입)하여 2001.3.29 법인세 과세표준 및 세액을 경정청구한 사실, 2001.12.26 처분청이 청구법인의 위 경정청구를 받아들여 법인세 과세표준을 155,233,523,311원으로, 산출세액을 43,453,386,527원으로, 총결정세액을 41,806,892,138원으로 결정하여 초과납부세액 21,163,205,310원을 환급하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 사실이 청구법인의 법인세 과세표준 및 세액신고서, 경정청구서, 처분청의 결정결의서에 의하여 확인되며 이러한 일련의 사실들에 대하여 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다. 이 건 다툼은 당초 청구법인이 당해 사업연도 소득금액 계산시 세법적용의 오류로 법인세 과세표준을 과다하게 신고함으로써 환급세액을 과소하게 신고하였다가 추후 이를 시정하여 경정청구하여 처분청이 이를 받아들여 환급금을 지급하는 경우 국세기본법 제52조 제1호를 적용하여야 하는지, 동 조 제6호 본문을 적용하여야 하는지 또는 단서규정을 적용하여야 하는지를 가리는데 있다 할 것인 바, 이를 살펴본다.

이 건 환급금은 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세와 관련된 것이나 2001.12.26 지급된 것으로 2000.12.19개정 국세기본법이 적용되므로 관련 법령 규정을 살펴보면 국세기본법 제52조 제1호는 착오납부·이중납부 또는 납부의 기초가 되는 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인하여 마땅히 납부하여야 할 세액이 아님에도 납부하였거나 납부하여야 할 세금을 초과하여 납부한 세액에 대하여 국세환급금을 지급하는 경우 국세환급금 기산일에 관한 규정이고, 국세기본법 제52조 제6호는 각 세법에 따라 중간예납, 원천징수 등 신고기한 전에 기납부한 세액을 과세기간별로 정산이 필요한 세목으로서 환급세액을 신고에 의하여 환급하는 경우에 관한 규정으로 신고납부세목인 법인세의 경우 당해 사업연도의 총부담세액을 초과하는 중간예납세액 또는 원천징수세액 등 기납부세액에 대하여 세법에 따라 납부할 세액을 정산한 결과 발생하는 국세환급금을 지급하는 경우 국세환급금 기산일에 관한 규정이라고 할 수 있다. 또한, 국세기본법 제52조 제6호 단서규정은 납세자가 환급세액을 신고하지 아니하거나, 잘못 신고하여 정부가 결정 또는 경정하는 경우의 환급가산금의 기산일에 관한 규정으로 보인다. 청구법인은 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 당해 사업연도 중 원천징수납부한 세액을 환급신고한 자이며, 동 원천징수납부세액은 각 세법의 규정에 의하여 적법하게 징수된 세금으로 납세자의 착오납부 또는 이중납부 등으로 국가가 납부일로부터 부당이득을 보유하는 경우로 볼 수 없고, 청구인의 신고에 의하여 환급하는 것이라는 점에서 청구법인의 주장과 같이 국세기본법 제52조 제1항의 규정이 적용될 여지는 없는 것이라고 판단된다.

또한, 납세자가 법인세 과세표준 및 세액 신고시 환급신고하여 이를 결정하는 경우는 국세기본법 제52조 제6호 본문을 적용하는 것이나, 청구법인이 당초 환급신고를 잘못 신고함으로 인하여 추후 경정청구하여 환급세액을 결정하는 경우에는 단서규정이 적용되는 것으로 보아야 할 것인 바, 위에서 열거한 구 국세기본법 시행령 제30조 제3항에서 법률에 의한 원천징수납부액 등은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다고 한 규정을 2000.12.29에 삭제한 법 개정취지도 이를 뒷받침하고 있는 것이라고 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인이 당초 환급세액을 잘못신고한 것으로 보아 국세환급금을 결의하면서 국세기본법 제52조 제6호 단서를 적용하여 국세환급가산금 기산일을 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결론

그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.