매입세금계산서를 사실과 다른 매입세금계산서로 보는지 여부(기각)

창원지방검찰청에 고발된 업체이고 법인으로부터 수취한 매입세금계산서는 허위하고 조사확인된 사실등으로 볼 때 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 타당함

1. 원처분개요 청구인은 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO에서 제조, 인쇄 및 신문 발행업을 영위하고 있는 자로서 1994년도 경기도 고양시 OO동 OOOOO에 OO인쇄공장(이하 “인쇄공장”이라 한다)을 신축함에 있어서 (주)OO건설(이하 “청구외 법인”이라 한다)과 건물신축계약을 하고 신축에 따른 매입세금계산서를 94.8.2자 130,000,000원, 94.9.16자 125,000,000원, 94.10.31자 246,000,000원 합계 501,600,000원 (이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액을 공제 받은 바, 처분청에서는 계약당사자로 되어 있는 청구외 법인을 자료상으로 확정하고 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 불공제하여 96.6.16 청구인에게 94년 2기분 부가가치세 50,160,000원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.8.14 심사청구를 거쳐 96.12.5 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 94.6.23 인쇄공장 신축계약을 함에 있어서 청구외 법인의 사업자등록증, 납세완납증명서, 건설업자등록증, 건설업자수첩등을 확인하고 계약을 체결하였고, 대금을 지급함에 있어서도 청구외 법인에게 직접 지급한 사실이 있으므로 쟁점매입세금계산서를 수취함에 있어서 청구인으로부터 귀책사유가 없으므로 청구인을 선의의 거래당사자로 보아 매입세액을 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견 첫째, 조사서의 내용에서 청구외 법인은 자료상으로 확정되어 마산세무서에서 95.9.28자로 창원지방검찰청에 고발된 업체로서 청구인에게 발행한 매입세금계산서도 허위로 확인되었음이 조사된 바 있고 둘째, 마산세무서에서 95.10.4 처분청에 통보한 자료상 확정자료의 내용(마산법인 46220-499)을 보면 쟁점매입세금계산서를 자료상자료로 확정하여 통보한 사실을 알 수 있다. 사실이 위와 같다면 청구인이 청구외 법인으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 자료상으로부터 수취한 매입세금계산서로 기 확정된 바 있으므로 매입세액을 불공제한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 매입세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제2항 제1호에 의하면 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정되어 있다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 쟁점매입세금계산서는 청구인이 청구외 법인으로부터 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 경우의 매입세액이므로 매출세액에서 공제하지 아니하였고, 청구인은 이에 대하여 94.6.23 인쇄공자 신축계약당시에 청구외 법인의 사업자등록증, 납세완납증명서, 건설업자등록증, 건설업자수첩을 확인하고 계약을 체결하였으며, 공사대금을 직접 청구외 법인에게 지급하였으므로 청구인으로서는 귀책사유가 없으므로 선의의 거래당사자로서 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하다고 주장하는 바 이에 대하여 살펴본다. 청구인이 제시한 마산세무서장의 청구법인의 납세완납사실증명서는 인쇄공장신축계약일인 94.6.23 보다 휠씬 이전인 94.3.3자에 발행된 것이고, 공사대금을 직접 지급하였다고 제시한 청구외 법인명의로 개설된 OOOO은행 OO지점예금통장 사본을 보면 94.7.29～94.11.29간에 청구인 명의의 4회에 걸친 입금액 358,000,000원의 입출금 거래실적만 있을 뿐 일체의 다른 거래가 없고 처분청의 조사내용에 의하면 청구외 법인은 자료상으로 확정되어 마산세무서장이 95.9.28 창원지방검찰청에 고발된 업체이고 청구인이 청구외 법인으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 허위하고 조사확인된 사실등으로 볼 때 청구인이 선의의 거래당사자라는 주장은 받아들이기는 어렵다고 인정되므로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.