대학에 토지을 양도한 경우 양도소득세 감면 여부(기각)

공공기관에 토지를 양도했더라도 대등한 입장에서 당사자간 합의에 따른 수의계약에 의한 것이고 토지수용법 등에 의한 수용 등으로 인한 경우가 아니므로 ‘공공사업용 토지양도’에 해당하지 않음

1. 처분개요

청구인은 1976.12.26. 서울특별시 관악구 OOO동 OOO 전 1,696㎡와 같은동 OOO 전 797㎡ 합계 2,493㎡(이하 “쟁점①토지라 한다), 같은동 OOO 임야 59,306㎡(이하 ”쟁점②토지“이라 하고, 쟁점①토지와 쟁점②토지를 합하여 ”쟁점토지“라 한다)를 취득하여 쟁점①토지를 2001.1.31. OOO대학교총장에게, 쟁점②토지를 2000.2.28. 재단법인 OOO대학교발전기금이사장에게 학교부지로 양도하고 2000.2.26. 부동산양도신고를 한 후, 2000.3.31. 쟁점토지의 양도가 공공사업용 토지 등의 양도에 해당하는 것으로 보아 처분청에 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 감면신청서를 제출한 다음, 2001.1.6. 쟁점토지에 대한 양도소득세 105,689,670원을 경정청구하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도는 상호 대등한 입장에서 당사자간 합의로 양도한 것이므로 양도소득세 감면적용대상이 아니라 하여 2001.3.28. 청구인에게 위 경정청구에 대하여 거부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.5.29. 이의신청을 거쳐 2001.9.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 양도한 쟁점토지는 국가기관인 OOO대학교 학교부지로 직접 사용할 토지로서 양도소득세 감면이 적용되는 공공사업용 토지 등의 양도에 해당하여 세액감면에 대한 경정청구를 하였음에도, 양도소득세 감면적용대상이 아니라 하여 경정청구를 거부하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인과 OOO대학교간에 작성한 매매계약서를 살펴보면, 공공용지의 취득 및 손실보상절차에 의하지 아니하고 상호 대등한 입장에서 당사자간 합의로 맺은 매매계약으로 공공사업용 토지 등의 양도에 해당되지 아니하므로, 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법 제77조 제1항의 규정에서 정한 양도소득세 감면적용대상인 공공사업용 토지 등의 양도에 해당하는지의 여부를 가리는 데 있다

나. 관련법령

조세특례제한법 제77조 (1998.12.28 법률 제5584호로 개정된 것)【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】

① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2000년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되 는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자 에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시재개발법에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1979.12.26. 쟁점토지를 매매취득하여 쟁점①토지는 2000.1.31(잔금청산일) OOO대학교 총장에게 매매대금 560,925,000원에 양도하고, 쟁점②토지는 2000.2.28(잔금청산일) 재단법인 OOO대학교발전기금 이사장에게 매매대금 4,451,989,500원에 양도하고 부동산양도신고를 한 후 공공사업용 토지 등의 양도로 인한 양도소득세 감면신청서를 제출한 다음 이 건 경정청구를 하였음이 매매계약서, 양도소득세 감면신청서, 경정청구서 등에 의하여 확인되고, 처분청은 쟁점토지의 양도가 공공사업용 토지 등의 양도에 해당되지 않는다 하여 위 경정청구를 거부하였음이 처분청의 회신문(세이46300-10266, 2001.3.28)에 의하여 확인된다.

(2) 우리심판원에서 OOO대학교에 쟁점토지의 매수에 대한 법적근거 등을 조회한 결과(국심46830-1184, 2001.10.25), 쟁점토지의 매수계약은 국유재산법 및 국가를당사자로하는계약에관한법률에 의한 수의계약이고, 쟁점토지의 가액은 감정가격에 의한 예정가격으로 OOO대학교기성회비 및 발전기금 등이 그 재원임이 회신문(재무46830-340, 2001.10.26)에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 공공기관인 OOO대학교 등에 학교부지로 양도하여 조세특례제한법 제77조 의 공공사업용 토지 등의 양도에 해당하므로 양도소득세 감면대상이라고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다. 공공사업용 토지 등의 양도에 대한 양도소득세 감면에 대하여 규정하고 있는 조세특례제한법 제77조 제1항의 규정에 의하면, 양도소득세 감면대상이 되는 양도를 ①공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도하는 경우 ②도시재개발법에 의한 재개발구역안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도하는 경우 ③토지수용법 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인한 경우로 규정하고 있는 바, 이 건의 경우, 청구인은 OOO대학교 총장 또는 OOO대학교발전기금이사장에게 쟁점토지를 양도하였지만, OOO대학교가 쟁점토지를 취득한 것은 “국유재산법” 및 “국가를당사자로하는계약에관한법률”에 의하여 청구인과 대등한 입장에서 당사자간의 합의에 따라 수의계약을 체결하여 취득한 것이므로, 쟁점토지 양도는 위 조세특례제한법 제77조 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서 처분청에서 쟁점토지의 양도가 공공사업용 토지 등의 양도에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세 감면에 대한 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.