면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 후에 과세사업을 하고 그 이후에 일반과세자용 사업자등록 신청을 한 경우 매입세액이 공제되는지의 여부(기각)

등록을 하기전의 매입세액은 거래에 따른 매입세액은 등록전 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것임

1. 원처분의 개요 청구인은 경기도 OO시 OO동 OOO에서 OOO주택이라는 상호로 주택건설 및 임대업을 영위하는 사람으로 청구인은 96년 제2기 부가가치세 확정신고시 44,657,928원을 환급세액으로 신고한 바 있다. 처분청은 청구인이 교부받은 세금계산서는 공급일자가 96.12.31로서(매입세액 : 44,657,928원) 이는 등록전 매입세액에 해당한다 하여 그 세금계산서의 매입세액을 공제배제하는 한편 신고납부불성실가산세 4,465,792원을 가산하여 97.4.15자로 청구인에게 96년 제2기분 부가가치세 49,123,720원을 결정고지하였다.(위 가산세는 청구인의 심사청구 과정에서 그 적용이 배제되는 것으로 결정되었음) 청구인은 이에 불복하여 97.5.26 이의신청, 97.9.9 심사청구를 거쳐 98.1.7 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인이 94.6.21 사업자등록신청시 처분청이 일방적으로 면세사업자등록증을 발급하여 주고 청구인이 면세사업자와 일반사업자와의 차이점을 이해하지 못하고 주택건축 및 일부상가건축을 하는 과정에서 상대방 건설업자가 세금계산서를 발급하여 주면서 환급을 받을 수 있으므로 부가가치세를 부담하라고 하여 부가가치세를 부담하고 세무사 사무실에 환급신청을 해달라고 하였던 바, 면세사업자는 환급을 받을 수 없다하여 97.1월초 업종추가하여 기존의 면세사업자등록증을 근거로 하여 일반사업자 등록증을 발급 받았음에도 처분청이 등록전 매입세액이다 하여 불공제함은 공평과세차원에서 시정되어야 한다.

나. 국세청장 의견 부가가치세의 납세의무는 사업을 개시한 이후의 거래에 대하여 지는 것이고 이 건과 같이 개업전에 사업자등록을 한 경우에는 그 등록일 이후에 발생되는 거래에 대하여 지는 것인 바, 청구인은 사업자등록전인 96.12.31에 사업을 위한 건축용역 등을 공급받고 매입세금계산서를 교부받아 당해 매입세액을 공제하여 환급하는 내용으로 부가가치세신고(96년 제2기)를 한 것으로, 당해 과세기간 종료일인 96.12.31 현재로는 부가가치세의 납세의무가 없는 까닭에 신고의 대상이 된다고 할 수는 없겠다. 그렇다면 신고된 쟁점매입세액은 공제받을 수가 없으며 또한 환급신고세액에 대하여도 신고납부불성실가산세를 적용하여 과세할 수 없다 하겠고, 이 경우 소득세법이 정하는 고유번호를 부여받아 면세사업을 영위하던 중이라 하여 이로서 부가가치세법이 정하는 사업자등록의 효력이 발생하거나 같은법이 정하는 사업자의 요건이 충족되는 것은 아니어서 달리 볼 바는 아니므로 청구주장은 이유없다.[부가46015-1870(95.10.10), 부가22601-1263(88.7.20)]

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 후에 과세사업을 하고 그 이후에 일반과세자용 사업자등록 신청을 한 경우 매입세액이 공제되는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제1항에 의하면 사업자가 납부할 세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서는 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액을 규정하면서 그 제4호에서는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을, 제5호에서는 등록전 매입세액을 각각 규정(신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일로부터 20일내에 정부에 등록하여야 하고 다만 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있음)하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 경기도 OO시 OO동 OOOOO에서 94.6.10 개업을 하고 구 조세감면규제법 제100조 제1항 제1호의 규정에 의한 부가가치세 면세사업자로 면세사업자용 사업자등록증(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO)을 94.6.28 교부받은 바 있고

(2) 이후 청구인은 부가가치세 과세사업을 영위하고 96.12.31 세금계산서를 교부받고 그 세금계산서상의 매입세액을 공제받기 위하여 97.1.20 사업자등록을 신청하여 97.1.23 업태를 건설, 부동산으로 하고 종목을 주택건설, 임대로 하는 일반과세자용 사업자등록증을 교부(사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO)받고 환급신청한 사실이 있다.

라. 판단

위 관련법령과 사실관계를 종합하여 판단컨대, 부가가치세법 제5조 제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 정부에 등록하도록 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제5호에서 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 위 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 “등록”이란 부가가치세 납세의무있는 사업자의 사업자등록을 의미한다고 할 것이므로 부가가치세 면세사업자가 “면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다는 사실만으로는 같은법 제5조 제1항 소정의 등록을 한 것이라고 볼 수 없다(대법원 84누163, 84.7.10, 국심 88서147, 88.4.19 같은 뜻임)고 할 것이므로 쟁점 96.12.31자 거래에 따른 매입세액은 등록전 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것이다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.