조세감면규제법 제62조 의 규정에 의하여 세액면제신청서를 제출하지 아니한 경우, 양도소득세를 면제할 수 있는지의 여부(기각)
심판청구를 기각합니다.
법정기한 내에 세액 면제신청서와 준공검사서를 제출하지 아니하였으므로 양도소득세 면제를 배제하고 과세한 것은 잘못이 없음
결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 소득세법(2026.07.01 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.
탐색 분야
사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.
재결요지
법정기한 내에 세액 면제신청서와 준공검사서를 제출하지 아니하였으므로 양도소득세 면제를 배제하고 과세한 것은 잘못이 없음
이유
1. 사실 청구인은 서울특별시 강동구 OO동 OOOOOO OOO에 거주하는 사람으로서, 청구외 OOO 및 OOO과 공동(이하 “청구인등”이라 한다)으로 78.3.6 취득한 서울특별시 송파구 OO동 OOOOOO OO 전 80평방미터, 같은 곳 OOOOOO OO 전 826평방미터 및 같은 곳 OOOOOO OO 전 1,341평방미터(계 2,247평방미터, 이하 “쟁점토지”라고 한다)를 주식회사 OO주택에 양도하였는 바, 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 최종 소유권이전등기일자인 86.12.16로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 결정, 88.11.16자로 청구인에게 양도소득세 43,042,690원 및 동 방위세 6,204,890원을 과세하였는 바, 청구인은 이에 불복하여 89.3.25 심사청구를 거쳐 89.7.15 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
(1) 청구인등은 쟁점토지를 78.3.6 취득하여 82.6.21 주식회사 OO주택에 188,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결하고 계약금 30,000,000원을 수령, 동 일자로 주식회사 OO주택에 소유권이전등기를 하여 주었으나 주식회사 OO주택이 잔금지불을 이행하지 아니하여 가등기에 의하여 청구인 앞으로 소유권이전등기 되는 등 수차에 걸쳐 소유권이전등기가 반복되어 86.12.16 최종적으로 주식회사 OO주택에 소유권이전등기 되었는 바, 청구인의 쟁점토지 양도시기를 최초 소유권이전등기일인 82.6.21로 보아야 하고, 그 이후의 청구인과 주식회사 OO주택간 소유권이전등기는 쟁점토지의 잔금이라는 채권이행절차에 불과함에도 처분청이 최종 소유권이전등기일인 86.12.16을 양도시기로 본 것은 부당하며,
(2) 쟁점토지 매입자 주식회사 OO주택은 쟁점토지 위에 국민주택을 건설하였으므로 조세감면규제법 제62조 의 규정에 의하여 당연히 양도소득세가 면제되어야 함에도 주식회사 OO주택이 면제신청을 하지 아니하여 이 건 과세한 것은 잘못된 처분이라는 주장이다.
3. 국세청장 의견
(1) 이 건 사실관계를 보면, 첫째, 쟁점토지 등기부등본에 82.6.21 청구인등은 주식회사 OO주택에 소유권이전하고 동 일자로 청구인등을 권리자로 하여 가등기 되고 82.10.26 청구인등의 명의로 환원되고 또 82.12.1 주식회사 OO주택에 소유권이전 되고 동 일자로 청구인등을 권리자로 하여 가등기 되고 83.2.26 청구인등에게 다시 환원된 후 86.12.16 주식회사 OO주택에 소유권이전등기 되어 있는 점, 둘째, 화해조서에 청구인등은 주식회사 OO주택으로부터 금 158,000,000원을 받지 못한 때에는 주식회사 OO주택은 청구인등에게 쟁점토지에 관하여 가등기에 기한 본등기 절차를 담보의 목적으로 이행하고 담보권 실행을 위하여 동 부동산을 각 인도한다고 되어 있는 점, 셋째, 청구인은 82.12.1 쟁점토지의 중도금조로 10,000,000원을 수령하였다고 하나 동 금액은 총 매매대금 188,000,000원중 약 5.3% 해당금액으로 사회통념상 중도금으로 인정할 수 없을 뿐만 아니라 동 금액에 대한 금융자료 제시가 없는 점, 넷째, 쟁점토지 양도당시 실지거래가액에 대한 청구인등의 신고도 없었으며 당심에도 이에 대한 금융자료 제시가 없고 주식회사 OO주택은 과세당시 임의 폐업하고 소재 불명된 법인으로 양도가액 확인이 불가능하였던 점등으로 미루어 보아 쟁점토지의 양도일을 86.12.16로 하여 기준시가에 의하여 양도차익을 결정함은 잘못이 없어 보이고,
(2) 쟁점토지의 매입자인 주식회사 OO주택은 조세감면규제법 제62조 및 동 시행령 제50조의 규정에 따라 법정기간 내에 세액면제신청서와 준공검사서를 제출하지 아니하였으므로 양도소득세 면제를 배제하고 과세한 당초처분은 잘못이 없다는 의견이다.
4. 쟁점 이 건의 다툼은
(1) 청구인의 쟁점토지 양도시기가 언제인지 및
(2) 조세감면규제법 제62조 의 규정에 의하여 세액면제신청서를 제출하지 아니한 경우, 양도소득세를 면제할 수 있는지의 여부를 가리는 데에 있다고 할 것이다.
5. 심리 및 판단
쟁점(1)에 대하여, 먼저, 쟁점토지중 서울특별시 송파구 OO동 OOOOOO OO 전 826평방미터 및 같은 곳 OOOOOO OO 전 1,341평방미터(이하 “이 건 토지”라고 한다)에 대한 청구인등의 양도경위 등을 보면(나머지 쟁점토지인 같은 곳 OOOOOO OO 전 80평방미터의 양도시기 86.12.16에 대하여는 다툼이 없음), 청구인등은 82.6.21 쟁점토지를 주식회사 OO주택에 188,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결(동 일자 계약금 30,000,000원 영수, 잔금 158,000,000원은 82.8.22 영수하기로 함), 동 일자로 이 건 토지를 주식회사 OO주택 앞으로 소유권이전등기를 함과 동시에 청구인등을 권리자로 하여 가등기 하였으며, 주식회사 OO주택이 잔금지불을 이행하지 아니하여 82.10.16 이 건 토지는 청구인등 앞으로 소유권이전등기 되었고, 82.12.1 다시 주식회사 OO주택 앞으로 소유권이전등기(동 일자로 청구인등을 권리자로 하여 가등기) 되었다가, 83.2.26 청구인등 앞으로 소유권이전등기 되었고, 86.12.16 최종적으로 주식회사 OO주택에 소유권이전등기 되었으며, 이 과정에서 주식회사 OO주택은 82.7.19 이 건 토지에 대한 건축허가를 득하여 82년 11월 이후 연립주택을 지어 분양하였고 87.1.7 동 주택에 대한 준공검사를 받았으며, 다음으로 양도 또는 취득의 시기에 관한 관련 법 규정을 보면, 구 소득세법 제27조 제1항 본문에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 자산의 양도 또는 취득시기는 당해 계약을 체결하고 그 계약금 이외의 대가의 일부를 영수한 날 또는 영수할 날로 한다라고 규정(78.12.5 개정)하고 있고, 동조 제2항에서 “대가의 일부”라 함은 계약금 이외의 중도금과 이와 유사한 성질의 현금 또는 유가물을
말한다라고 규정(74.12.24 개정)하고 있으며, 동조 제3항에서 제1항의 영수한 날 또는 영수할 날은 양도계약서 등에 정하여진 날로 하되 그날이 명시되어 있지 아니한 경우에는 양도계약을 체결한 날로부터 30일이 되는 날로 한다(74.12.24 개정)라고 규정하고 있다.
청구인은 전술한 사실관계 및 법 규정에 따라 이 건 토지의 양도시기는 최초 소유권이전등기일인 82.6.21 또는 계약서상에 계약금 이외의 대금의 일부를 영수한 날인 82.8.22(잔금지급일) 또는 잔금지급일이 분명하지 아니한 경우에도 양도가액을 체결한 날로부터 30일이 되는 날(82.7.21)을 양도시기로 보아야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴보면, 청구인등은 이 건 토지를 양도함에 있어서 계약금 30,000,000원만 받고 주식회사 OO주택에 잔금을 미지급한 상태(계약서상 중도금 지급일이 명시되어 있지 않고 잔금 지급일 이전에 대가의 일부를 지급한 사실을 확인할 수 없음)에서 이 건 토지의 사용승낙, 소유권이전 및 가등기(가등기권자: 청구인등)를 필한 사실과 주식회사 OO주택의 잔금미지급으로 위 가등기권에 의하여 2차(82.10.26 및 83.2.26)에 걸쳐 청구인등 앞으로 환원 등기한 사실 및 최종 소유권이전등기일(86.12.16)에 설정된 가등기권이 87.5.7 말소된 사실을 알 수 있는 바, 위 사실을 모두어 보면, 첫째, 이 건 토지에 대한 매매계약은 쌍무계약으로서, 청구인등은 이 건 토지의 소유권을 이전하여 주는 대신 주식회사 OO주택이 잔금지급일에 채무를 이행하지 않을 경우, 청구인등이 주식회사 OO주택에 대한 채무이행을 거절할 수 있는 의사표시로서 그 계약을 해제하고 원상회복을 할 수 있는 가등기 절차를 필하였다고 할 수 있고, 둘째, 주식회사 OO주택이 잔금지급을 불이행함에 따라 청구인등이 2차에 걸쳐 가등기권에 의하여 소유권을 원상 회복한 것은 당초 계약이 해제된 것으로서 그 계약금은 일반부동산 거래 관행상 해약금의 성질을 가진다고 할 것이고, 셋째, 이 건 토지는 86.12.16 최종 소유권이전등기 되고, 동 일자 설정된 가등기가 87.5.7
말소되었음을 알 수 있는 바, 위 설시한 바와 같이 최종소유권이전등기 앞의 것은 계약의 해제에 해당된다 할 것이고 최종 소유권이전등기 및 이와 동시에 설정된 가등기는 새로운 계약에 해당된다고 할 것인 바, 따라서 개정소득세법(83.1.1 시행) 시행령 제53조 제1항 제1호 단서의 규정에 따라 이 건의 토지의 양도시기는 최종 소유권이전등기일인 86.12.16이 정당하므로 처분청이 동 일자를 쟁점토지의 양도시기로 보아 과세한 당초처분은 잘못이 없다고 할 것이다. 쟁점(2)에 대하여, 조세감면규제법 제62조 및 동 시행령 제50조에 내국인이 토지를 국민주택의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 3년 내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해 토지를 양도함으로서 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제하고 이 경우 그 매입자가 과세표준 신고기간에 신청하여야 하며 주택을 준공한 날의 다음달 말일까지 준공검사서를 소관세무서장에게 제출하도록 규정하고 있는 바, 이 건 법정기한 내에 세액 면제신청서와 준공검사서를 제출하지 아니하였으므로 양도소득세 면제를 배제하고 과세한 것은 잘못이 없다고 할 것이다.
6. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
근거 법령·조문
- 소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비의 계산) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
같은 법령·조문을 다룬 기관 회신
- 특수관계인 매니지먼트 비용은 필요경비인가요?공통 근거 소득세법 제27조 · 회신 2023.09.14 · 검색 품질 기준 통과
- 보험모집인의 보조원 수당과 사은품은 필요경비인가?공통 근거 소득세법 제27조 · 회신 2014.03.11 · 검색 품질 기준 통과
- 고정자산 차입이자와 유지비는 필요경비인가?공통 근거 소득세법 제27조 · 회신 2012.03.05 · 검색 품질 기준 통과
- 공유부동산 무상 임대와 사업장 경비는 어떻게 계산하나?공통 근거 소득세법 제27조 · 회신 2011.09.21 · 검색 품질 기준 통과
공통 조문에 따른 탐색 연결이며 동일 질문·동일 사실관계를 뜻하지 않는다. 검색 품질 기준을 통과한 회신은 4건이다.
같은 조문, 다른 주문 결과
소득세법 제27조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.
- 대표이사 소유카드의 쟁점카드사용액이 손금에 해당한다는 청구주장의 당부조심 2025중4240 · · 주문 분류 기각+경정+재조사 · 법인 · 탐색 분야 법인세 · 결정 후 개정
- 쟁점비용이 필요경비에 해당하는지 여부조심 2025서2725 · · 주문 분류 경정+재조사 · 종합소득 · 탐색 분야 소득세 · 결정 후 개정
- 쟁점비용의 필요경비 인정여부조심 2025서3106 · · 주문 분류 기각+경정 · 종합소득 · 탐색 분야 소득세 · 결정 후 개정
- 쟁점금액이 접대성 경비에 해당되는 것으로 보아 접대비 한도초과액을 필요경비 부인하여 과세한 처분의 당부조심 2025중0878 · · 주문 분류 취소 · 종합소득 · 탐색 분야 소득세 · 결정 후 개정
- 수입금액에서 제외되는 코로나19 손실보상금에 상응하는 필요경비를 안분계산 방식에 의해 산정하여 필요경비 불산입하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부조심 2025부0831 · · 주문 분류 경정+재조사 · 종합소득 · 탐색 분야 소득세 · 결정 후 개정
- 청구법인이 거래활성 목적으로 일별 한도액 범위에서 선착순으로 거래에 참가한 이용자가 지급한 거래수수료의 120% 상당액을 지급한 것이 이용자의 기타소득에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 원천징수분 기타소득세 등을 부과한 처분의 당부조심 2023서10294 · · 주문 분류 기각+경정 · 기타 · 탐색 분야 법인세 · 결정 후 개정
- 청구인이 과다하게 지급한 쟁점금액을 특수관계인이 우회적으로 돌려받아 부당하게 조세를 탈루한 것으로 보아 과세한 처분의 당부 등조심 2024서2533 · · 주문 분류 기각+경정+재조사 · 종합소득 · 탐색 분야 소득세 · 결정 후 개정
- 청구인이 채무를 가공자산과 상계처리하여 채무면제이익이 발생하였는지 여부조심 2019서4470 · · 주문 분류 기각+경정 · 종합소득 · 탐색 분야 소득세 · 결정 후 개정
이 결정을 인용할 때
조세심판원 국심1989서1420 (<time datetime="1989-10-12">1989.10.12</time> 의결), "조세감면규제법 제62조 의 규정에 의하여 세액면제신청서를 제출하지 아니한 경우, 양도소득세를 면제할 수 있는지의 여부(기각)", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/decisions/tt/1003398/
출처·분류
- 공식 원문
- 국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 1003398)
- 게시 분류
- 국세 · 사건번호 규칙에 따른 결정적 분류
- 주문 분류
- 화면에 표시한 공식 주문에서 확인한 결과어: 기각
- 본문
- 공식 주문·재결요지·청구취지·이유를 새 문장 없이 표시