주택 양도당시 1세대 1주택으로서 주택 보유기간은 5년이상이나 주택 양도이전에 외주택을 취득하여 양도한 사실이 있어 주택의 보유기간에서 외주택의 보유기간을 제외하면 주택의 보유기간은 5년미만일 경우 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당되는지 여부(취소)

청구인은 주택을 취득한 이후 양도시까지 5년이상 보유한 것으로 인정되는 바, 주택의 양도에 대하여는 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당된다고 판단됨.

1. 처분 개요

피상속인은 경상북도 구미시 OO동 OOOO 소재 주택 64.8㎡(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 1958년에 취득하여 보유하던중 78.6.27 대구광역시 북구 OO동 OO OOOOO 대지 201.5㎡ 및 위 지상주택 95.67㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하고, 91.1.4 쟁점외주택을 양도한후 91.2.1 쟁점주택을 양도하였으며, 피상속인은 쟁점주택에서 78.11.26­79.4.3까지 약 4개월간 거주하였다.처분청은 쟁점주택의 보유기간인 12년 7개월에서 쟁점외주택의 중복 보유기간인 12년 6개월을 제외하여 쟁점주택의 보유기간을 5년미만으로 보고, 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당되지 않는다 하여 94.12.31 피상속인이 사망함에 따라 95.7.16 상속인인 청구인에게 91년도 귀속분 양도소득세 29,636,450원을 과세하였다.청구인은 이에 불복하여 95.9.4 심사청구를 거쳐 95.12.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장청구인은 쟁점주택 양도당시 1세대 1주택으로서 78.6.27 쟁점주택을 취득하여 91.2.1 양도함으로써 5년이상 보유한 사실이 확인되어 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당됨에도 처분청은 쟁점주택의 보유기간을 기산함에 있어서구소득세법 시행규칙 제6조제3항 제2호(92.2.29 개정되기 이전의 것)의 규정에 의하여 쟁점외주택의 보유기간을 쟁점주택의 보유기간에서 제외함으로써 쟁점주택의 보유기간을 5년미만으로 보아 과세하였는 바, 위 구소득세법시행규칙은 상위법에서 위임받지 아니한 규정이므로 무효라는 대법원판례의 취지에 비추어 볼 때 무효임이 명백한데도 처분청이 동 규정을 적용하여 쟁점주택의 보유기간에서 쟁점외주택의 보유기간을 제외하여 쟁점주택의 보유기간이 5년미만이라는 이유로 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견피상속인은 쟁점주택을 78.6.27 취득한 이후 5년이상 보유한 사실이 확인되고 있으나, 쟁점주택을 보유하고 있는 기간중 쟁점외주택을 58년에 취득하여 91.1.4 양도한 사실이 있는 바, 쟁점주택 보유기간에서 쟁점외주택 보유기간을 제외할 경우 쟁점주택의 보유기간은 5년미만이므로 이는구소득세법시행규칙 제6조제3항 제2호(92.2.29 개정되기 이전의 것)의 규정에 따라 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당되지 아니하여 처분청이 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점주택 양도당시 1세대 1주택으로서 쟁점주택 보유기간은 5년이상이나 쟁점주택 양도이전에 쟁점외주택을 취득하여 양도한 사실이 있어 쟁점주택의 보유기간에서 쟁점외주택의 보유기간을 제외하면 쟁점주택의 보유기간은 5년미만일 경우 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당되는지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.

나. 관련 법령

소득세법 제5조제6호 (자)목에서 「대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니한다」고 규정하고 있고,같은법시행령 제15조제1항에서는 「법 제5조 제6호 (자)목에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다」고 규정하고 있으며, 같은항 제2호에서는 「당해주택의 보유기간이 5년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대 1주택임을 입증하는 경우」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 경우 피상속인이 쟁점주택 양도당시 1세대 1주택이고, 쟁점주택에서 3년이상 거주하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 각각 다툼이 없다.

(2) 한편, 피상속인은 78.6.27 쟁점주택을 취득하여 91.2.1 양도하였음이 등기부등본에 의하여 확인되고 있어, 쟁점주택을 취득하여 양도하기까지 5년이상 보유하였음을 알 수 있다. 다만, 처분청은구소득세법시행규칙 제6조제3항 제2호(92.2.29 개정되기 이전의 것)의 규정에 의하여 쟁점주택의 보유기간에서 쟁점외주택의 보유기간을 제외할 경우 쟁점주택의 보유기간은 5년미만이라고 주장하여 다툼이 있는 바, 이를 살피건대,위 관련법령의 규정에서 「당해주택의 보유기간이 5년이상」이라 함은 당해 거주자와 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우 당해주택을 취득한 이후 양도시까지 보유기간이 5년이상인 경우로 봄이 타당하다 할 것이다. (국심 93서784, 93.6.23, 합동회의도 같은 뜻임)그렇다면, 양도일 현재 1세대 1주택인 사실에 대하여 다툼이 없는 이 건의 경우 청구인은 쟁점주택을 취득(78.6.27)한 이후 양도시 (91.2.1)까지 5년이상 보유한 것으로 인정되는 바, 쟁점주택의 양도에 대하여는 위 관련법령의 규정에 의하여 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택에 해당된다고 판단된다.