청구인의 주택신축판매와 관련한 처분청의 부가가치세액 결정이 적법한지 여부(경정)

과세표준계산방식을 적용하여 과세표준을 계산하여 산정한 부가가치세액은 당초처분청의결정세액과 같게 되므로 처분청의 처분은 잘못이 없음

1. 원처분 개요청구인은 89.5.23 서울특별시 서초구 OO동 OOOO 대지 1,006㎡ 지상에 지하1층 지상3층의 4세대분 연립주택을 신축한 후 89.11.3 1층주택(대지 246.7㎡, 건물 296.75㎡)을 청구외 OOO에게, 3층주택(대지 254.99㎡, 건물 253.54㎡)은 청구외 OOO에게 각각 양도하였다.처분청은 청구인이 위 신축주택을 양도한 후 부가가치세 신고를 누락한 데 대하여 청구인의 종합소득세 신고서상의 총수입금액을 공급계약일(89.11.3)현재의 건물 및 토지의 과세시가표준액으로 안분계산하여 건물분 공급가액을 산정한 후 91.12.16 부가가치세 52,279,010원을 결정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 91.2.17 심사청구를 거쳐 92.5.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구인은부가가치세법 시행령 제48조의2제3항 단서에서 부동산의 실지거래가액중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 건물에 대한 공급가액의 계산은 공급계약일 현재의 지방세 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 계산한다고 규정하고 있고 재무부예규(소비 22061-1032, 85.10.2)에서 과세표준계산방식을[총분양금액×](부가가치세 포함) (건물과세시가표준액의 10%)으로 예시하고 있음에도 건물과세시가표준액의 10%인 부가가치세상당액을 감안하지 않고 청구인이 종합소득세신고시 착오로 부가가치세 매출세액 포함하여 신고한 수입금액을 토지과세시가표준액과 건물과세시가 표준액으로 안분계산하여 산출한 건물의 공급가액에 부가가치세율을 적용하여 부가가치세액을 산출함으로써 결과적으로 2,684,541원의 부가가치세가 과다하게 부과된 것이므로 처분청 처분이 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견청구인은 89.5.23 서울특별시 서초구 OO동 OOOO 대지 1,006㎡ 지상에 지상1층 지상3층의 4세대분 연립주택을 신축하여 89.11.3 그중 1층 및 3층의 2세대분 주택을 판매하고 90.5.31 종합소득세를 신고함에 있어서 총수입금액을 751,500,000원(1층주택: 380,500,000원, 3층주택: 371,000,000원)으로 신고하였으므로 청구인이 신고한 수입금액에 건물분 부가가치세액을 합한 금액을 총분양금액으로 하여 재무부 예규[소비 22061-1032(85.10.2)]의 과세표준계산방식을 적용하여 과세표준을 계산하여 산정한 부가가치세액은 당초처분청의결정세액과 같게 되므로 처분청의 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인의 주택신축판매와 관련한 처분청의 부가가치세액 결정이 적법한지 여부를 가리는데 다툼이 있다.

나. 관련규정부가가치세법 제2조제1항에 “영리목적 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있다”고 규정하고,같은법 제12조제1항 제12호에서 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다.한편,같은법 제13조제1항에 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(공급가액)으로 한다”고 규정하고 그 단서에 부가가치세는 포함하지 아니한다(제1호～제4호 생략)고 규정하고 있으며같은법 시행령 제48조의2제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에는 그 건물 및 기타구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정되어 있다.

다. 처분청의 부가가치세 과세표준 산정의 적정여부.첫째, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도로 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다 할 것이고(부가가치세법 기본통칙 5-1-1...

(3) 같은 뜻임).둘째, 청구인이 제시한 매매(검인)계약서를 보면 1층주택은 그 매매가액이 380,500,000원으로 표시되어 있고, 3층주택은 그 매매가액이 371,000,000원으로 표시되어 있어 공급가액과 부가가치세가 별도로 구분표시 되어 있지 않으며,셋째, 청구인으로부터 1층주택을 양수한 청구외 OOO과 3층주택을 양수한 청구외 OOO는 위 매매가액에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 인감증명서를 첨부하여 확인하고 있다.위 규정과 사실을 종합하여 볼 때, 1층주택과 3층주택의 양도(공급)에 따른 건물분 부가가치세 과세표준은 청구인이 양도한 위 주택의 토지 공급가액과 건물의 공급가액의 구분이 불분명하므로[총분양금액(부가가치세 포함)×](건물과세시가표준액의 10/100)의 산식에 의하여 계산하고(재무부예규 소비 22601-1032, 1985.10.2 같은 뜻임), 위 산식에 의하여 과세표준계산시 1층주택과 3층주택의 총 분양금액은 각각의 매매계약서상의 매매가액인 380,500,000원과 371,000,000원으로 하여 그 과세표준을 계산하여야 할 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.