정부로부터 지급받은 국고보조금을 재원으로 하여 청구법인에게 관련용역의 대가를 지급하는 경우 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

청구법인이 쟁점보조금을 수령하게 된 것은 ○○협회와 체결한 위탁계약에 따라서 청구법인이 ○○협회에 제공하게 되어 있는 행사대행용역에 따른 것이지 그 외에 다른 사유가 없으므로 행사대행용역과 직접적인 대가관계가 있는 것으로 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점보조금이 부가가치세 과세표준에 포함된다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가.청구법인은 2009.2.10. 설립하여 컨설팅 및 홍보대행업을 영위하는 사업자로,OOOOO OOOOOOOOOO(OO OOOOOOO OO)가 주최하는 2009년도 및 2010년도 「수출산업화사업 신규지원과제 공모」의 주관기관인 (사)OOO의 위탁기관으로동 사업의 행사기획 및 제반사항 준비, 행사운영 등을 담당한 대가로OOOO로부터 2010년 제1기～제2기 과세기간 중에 OOO원(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 지급받아 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점보조금을 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금으로 보아 처분청에 2011.3.28. 부가가치세 OOO원(OOOOOOO OOO OO,OOO,OOOO,OOO O,OOO,OOOO O OOOOOOO OOO O,OOO,OOOO)의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 쟁점보조금이 부가가치세 과세표준에 포함된다 하여 2011.5.18. 청구법인의 경정청구에 대해 거부통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.2. 이의신청을 거쳐 2011.10.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

지경부가 주최하는 2009년도및 2010년도「수출산업화사업 신규 지원과제 공모」에 OOO를주관기관으로하고청구법인을 위탁기관으로 하는 수출산업화사업계획서가 채택되어OOOO와 지경부간에 협약이 체결되자,청구법인과OOOO는「수출산업화사업」에 관한 국고보조금의관리ㆍ감독을 위탁받는 협약을 체결하였고, 청구법인은 OOO로부터 지급받은 쟁점보조금이 「부가가치세법」상 과세표준에 포함된다고 판단하여 부가가치세를 신고·납부하고세액 OOO원을 제외한 나머지 금액 OOO원으로 목적사업을 진행하였으나, OOO는 1차 사업비에 대한 회계감사를 통해 청구법인이 사용한 직접비중 일부가 부가가치세를 포함하여 집행되었음을 이유로 부인하고 O,OOOO원을 환수하였다.

따라서 쟁점보조금은 지경부가 지원하는 수출산업화사업과제 공모에 선정된 결과로 받게 된 국고보조금이고, 청구법인이 용역의 공급대가로 지급받은 금액이아니므로 처분청이 쟁점보조금을 부가가치세 과세표준에 포함된다고 보아경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 홍보대행 사업자로서 정부기관인 지경부로부터 위임받은 OOO의 인프라 구축사업의 홍보, 행사업무를 위탁받아 용역을 제공하고 대가를 지급받은 것으로 확인되며,「부가가치세법」제13조제2항 제4호 “과세표준”, 같은 법 시행령 제48조 제10항 “과세표준의 계산”에서 과세표준에 포함하지 아니하는 국고보조금은 재화 또는 용역을 공급하고 공급받은 자로부터 그 대가를 받는 것이 아니라 국가나 공공단체로부터 보전 받는 보조금을 말하는 것으로 규정하고 있으며 청구법인의 거래는 OOO가 정부로부터 지급받은 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우로서 부가가치세 과세표준에 포함되는 거래이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOOO가 정부로부터 지급받은 국고보조금을 재원으로 하여 청구법인에게 관련용역의 대가를 지급하는 경우 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법제13조【과세표준】

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.2.제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법시행령제48조【과세표준의 계산】

⑩ 법제13조제2항제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

(3) 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률제2조【용어의 정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “보조금”이라 함은 국가외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에대한 것과 기타 법인 또는 개인의 시설자금이나 운영자금에 대한 것에 한한다)ㆍ부담금(국제조약에 의한 부담금은 제외한다) 기타 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료의 기재내용을 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 지식경제부는 국내 전력·전기산업의 해외진출 및 수출 촉진을 위하여 2009.11.5.자로 2009년도 3차 수출산업화사업 신규 지원과제를 공모한 데 이어, 2010.4.1.에는 2010년 상반기 수출산업화사업 신규 지원과제를 공모하였고, 이에 OOO는 2009년 사업 지원과제 중 하나인 「OOOOOOOOOOOOO OO OOOO-OOOOOOO OOOOOO OOOO」(이하 “1차사업”이라 한다)및 2010년사업 지원과제 중 하나인 「OOOOOO OOOO OOO OO OOOOOOOOOO OOOO」(이하 “2차사업”이라 한다) 에 수출산업화사업계획서를 2009.11.18.과 2010.5.7. 각각 제출하였으며, 그 내역은 아래 <표1>과 같다.OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO(나)청구법인과 OOO의위탁사업계약 체결내용에 의하면,청구법인은 OOO와 2009.12.21.자 1차사업 및 2010.5.27.자2차사업에 대하여 사업목표ㆍ위탁사업명ㆍ위탁기관 수행사업ㆍ위탁계약기간 등이수출산업화사업계획서와 동일한 수출산업화사업 위탁사업계약을 체결하였는데, 그주요 내용은 최종보고서와 사업비 사용실적 등을 OOO에 제출하고, OOO의 요구에 따라 사업내용을 보완 또는 시정하도록 하여야 하며, OOO는 청구법인에게 1차사업의 위탁사업비 OOO원, 2차사업의 위탁사업비 OOO원을 지급하는 것을 그 내용으로 하고 있다.

(다) 지경부의OOOO에 대한 외부회계감사결과를 보면,OOO는 1차 사업에 대한 외부회계감사결과 OOOO가 목적 사업에 사용하지 아니한 금액 OOO원과 청구법인이직접비에사용한 사업비 중 불인정된 OOO원을 합친 사업비 최종잔액 OOO원 중정부(기금)출연금에 해당되는 잔액 OOO원을 환수하였으며, 청구법인은2011.4.5.불인정된 금액OO,OOO,OOO원을 OOO로 계좌이체하였다. (라) 청구법인의 부가가치세 신고내용을 보면, 청구법인은 1차사업을 진행하고 OOO로부터 지급받은 사업비 OOO,OOO,OOO원에대해 2010.1.8. 공급가액 OO,OOO,OOO원, 2010.2.8. 공급가액 OOO,OOO,OOO원의 매출세금계산서를교부하고, 이에 대하여 2010년 제1기 부가가치세를 예정신고하였으나,OOOO는 이를 신고하지 아니하였고, 2차사업을 진행하고 OOO로부터 지급받은 사업비 OOO,OOO,OOO원에 대하여 청구법인은2010.6.11. 공급가액 OO,OOO,OOO원, 2010.11.4.공급가액 OO,OOO,OOO원의 매출세금계산서를 교부하고, 이에 대하여 2010년 제1기 및2010년 제2기 부가가치세를 확정신고 하였으며, OOO는 수취한 매입세금계산서를 2010년 제1기 및 2010년 제2기 확정과세기간의 매입세액에 포함하여 신고하면서,면세사업 관련공제받지 못할 매입세액으로 신고하여 부가가치세는 공제받지 않은 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 쟁점보조금이 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금에해당된다고 보아 당초 발행한 쟁점보조금에 대한 매출세금계산서를 취소하는 수정세금계산서를 교부하여 2011.3.28. 처분청이 2010년 제1기 예정신고기간의 OOO원,2011.4.6.2010년 제1기및 2010년 제2기 확정과세기간의 O,OOO,OOOO O O,OOO,OOO원에 대한 부가가치세 환급을요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점보조금과 관련된 거래에 대하여 청구법인의 거래가 OOO가 정부로부터 지급받은 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급한 경우로서 부가가치세 과세표준에 포함되는 거래로 보아 2011.5.18. 경정거부 통지를 하였다.

(3) 대법원(2001.10.9. 선고 2000두369 등 다수 같은 뜻임)은 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 제외하는 것이며, 농경지복구추진위원회가 지방자치단체로부터 받은 국고보조금으로 수해로 인해 유실된 농경지 복구공사를 한 공사업자에게 공사대금을 지급한 경우 그 공사대금이 국고보조금으로서 부가가치세 과세표준에서 제외될 수 없다고 판시한 바 있고, 조세심판원 결정에서도 국고보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하여야 할 것인 바, 직접 교부받는 것이 아니라 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것으로 판단하고 있다(조심 2011구62, 2011.5.12., 같은 뜻임).

(4) 살피건대, 청구법인은 쟁점보조금이 지경부가 지원하는 수출산업화사업과제 공모에 선정된 결과로 받게 된 국고보조금이므로이를 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 주장이나,청구법인이 쟁점보조금을 지급받게 된 경위를 보면, 비록 청구법인이 전력기반조성사업센타에 제출된 수출산업계획서상 기획 및 행사 전반 사항 준비, 행사운영 등을 수행하는 위탁기관으로 기재되어 있고 이를 수행한 내역 등을 볼 때, 동 사업의 전체사업내용 중 일부분을담당하는 구성원으로 기재된 것이지 그 사업의 주체가 아닌 것으로 보여지고, 이러한 점은 주관기관인 OOO와 청구법인이 다시금 체결한 위탁사업계약에 따라 쟁점보조금을 OOO로부터 지급받았고, 청구법인이 실제 사업수행과정에서도 OOO에 최종보고서와 사업비 사용실적 등을 제출하고, OOO의 요구에 따라 사업내용을 보완 또는 시정하도록 하기로 한 사실 등에서도 확인되므로, 청구법인이 쟁점보조금을 수령하게 된 것은 OOO와 체결한 위탁계약에 따라서 청구법인이 OOO에 제공하게 되어 있는 행사대행용역에 따른 것이지그외에 다른 사유가 없으므로 행사대행용역과 직접적인 대가 관계가 있는 것으로봄이타당하다.

따라서 처분청이 쟁점보조금이 부가가치세 과세표준에 포함된다고 보아경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.