탈세제보에 따라 가공원가로 보아 매입세액불공제하고 손금불산입한 처분의 당부(경정)

탈세제보자료에 따라 가공원가로 보아 손금불산입 및 관련 매입세액 불공제하여 법인세 및 부가가치세 과세했으나, 장부 및 증빙에 의해 재조사 요하는 사례

1. 사 실 청구외 OO산업(주)는 OO산업개발(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)와 경기도 의왕시 OO동 OO OOOOO 토공사 및 흙막이공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 공사대금 1,573,255,200원, 공사기간을 1997.8.23～1998.6.30로 하여 하도급계약을 체결한 후 시공하다가 부도로 인하여 공사를 중단하고 1998.1.12까지의 공사분에 대한 기성고를 465,400,000원으로 합의하여 정산하였으며, 청구법인은 1998.3.18 쟁점공사중 잔공사를 공급가액 1,250,000,000원, 공사기간을 1998.3.18～6.30로 하여 청구외법인과 하도급계약을 체결하고 시공한 후, 공사원가를 1,044,128,635원(이하 “쟁점공사원가”라 한다)으로 하여 부가가치세 및 법인세를 각각 신고하였다. 처분청은 탈세제보자료에 의하여 쟁점공사원가중 375,272,343원만 인정하고 나머지 668,856,292원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 가공원가로 보아 손금불산입하고 관련 매입세액을 불공제하는 것으로 하여, 2000.6.17 청구법인에게 1998사업연도 법인세 143,352,510원 및 1998.1기 부가가치세 73,574,190원을 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.9.15 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청에서 탈세제보자료에 의한 법인세 조사와 관련하여 청구법인의 대표이사 및 임원들은 장부제시 요구를 통보받은 사실이 없어 장부 및 증빙제시를 못하였으나, 처분청은 실제 장부 및 증빙제시가 없다 하여 탈세제보자료를 분석하여 쟁점공사원가 중 668,856,292원을 가공원가로 보아 손금불산입하고 법인세 및 부가가치세를 경정결정하였는 바, 처분청이 위와 같이 탈세제보자료에 따라 조사결정한 것은 국세기본법 제16조 의 근거과세 원칙을 명백히 위반한 것이며, 청구법인이 장부 및 증빙에 의하여 쟁점공사원가를 지출하고 가공원가를 계상한 사실이 없음에도 처분청에서 탈세제보자료에 따라 쟁점금액을 가공원가로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 1999.9월 폐업된 법인으로 2000.4.20 청구법인의 대표이사 및 임원들에게 법인세 실지조사를 위하여 서면으로 장부제시를 요구하였으나 관련 장부의 제시가 없어 실지조사가 불가능하여 탈세제보자료 분석내용에 따라 확인된 가공원가에 대하여 법인세 및 부가가치세를 경정결정하였으며, 청구법인은 경정결정 이후에 위 부과처분에 대하여 공사원가명세서등 관련장부 및 증빙을 제시하였으나, 제시한 관련 증빙은 투입원가의 항목별 구체성이 결여되었을 뿐만 아니라 경정결정 이후 허위 작성된 혐의가 있어 신뢰성이 없는 증빙이므로, 쟁점공사원가 중 과다계상한 668,856,292원을 가공원가로 손금불산입하고 법인세 및 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단 가. 쟁점 청구법인의 장부 및 증빙에 의하지 아니하고, 탈세제보자료에 따라 쟁점금액을 가공원가로 보아 손금불산입하고 관련 매입세액을 불공제하여 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령 법인세법 제9조 제1항에서「내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다」고 규정하고, 제3항에서「제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다」고 규정하고, 같은 법시행령 제12조 제2항에서「법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

1. (생 략)

2. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용」이라고 규정하고 있다. 한편, 부가가세법 제17조 제2항에서「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외 OO산업(주)는 청구외법인과 쟁점공사를 공사대금 1,573,255,200원에 하도급계약을 체결한 후 시공하다가 부도로 인하여 공사를 중단하고 1998.1.12까지의 공사분에 대한 기성고 대금을 465,400,000원으로 정산하였으며, 청구법인은 1998.3.18 쟁점공사중 잔공사를 공급가액 1,250,000,000원으로 하여 청구외법인과 하도급계약을 체결하고 시공한 후, 공사원가를 1,044,128,635원(쟁점공사원가)으로 하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였음이 하도급계약서, 정산서, 법인세 신고서 등에 의하여 확인되고, 처분청은 탈세제보자료에 의하여 쟁점공사원가중 375,272,343원만 인정하고 나머지 쟁점금액 668,856,292원은 가공원가로 보아 손금불산입 하고 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 과세하였음이 결정결의서등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 청구법인의 장부 및 증빙에 의하지 아니하고, 탈세제보내용에 따라 과세하는 것은 근거과세원칙에 위배되며, 장부 및 증빙에 의하여 확인되는 쟁점공사원가 1,044,128,635원을 공사원가로 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 탈세제보내용과 첨부된 자료(청구법인의 노임대장, 토공사장비사용내역, 작업일보, 공사내역서 등)에 의하여 쟁점공사원가를 375,272,343원으로 산출하였으나, 위 첨부된 자료는 쟁점공사원가 자료중 공사현장에서 유출된 원가자료의 일부라고 보여지므로 위 탈세제보내용과 첨부된 자료만으로 처분청이 산출한 공사원가가 실제 공사원가를 모두 반영되었다고 보기 어렵고, 아래 표에서 보는 바와 같이 처분청이 산출한 공사원가에 의할 경우 매출총이익률이 71.1%로 산출되는 바, 1998년도 건설업/토공사의 표준소득률이 7.5%인 점에 비추어 볼 때 처분청이 산출한 공사원가는 현실성이 없는 것으로 판단된다. 쟁점공사의 매출총이익률 비교 (천원)

구 분

신 고

처분청

매출액

(1)

매출원가

(2)

매출총이익(3)=(1)-

(2)

1,300,150

1,044,128

256,022

1,300,150

375,272

924,878

매출총이익률(3)/

(1)

19.7%

71.1%

(나) 청구법인은 쟁점공사원가에 대한 증빙으로 1998사업연도 법인세 신고시 제출한 결산서, 현장별 공사원가명세서와 각 계정별원장 등을 제시하고 있으나, 처분청에서는 당초 쟁점공사 관련 청구법인의 공사원가자료를 조사한 바 없으며, 당 심판원으로서는 청구법인이 제시한 위 공사원가자료가 이 건 관련 공사원가자료인지 여부를 파악하기 어려우므로 처분청에서 위 공사원가자료를 재조사하여 확인되는 공사원가를 인정하고, 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하는 경우 부가가치세법령상 공제되는 관련 매입세액을 공제함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 청구법인의 장부 및 증빙에 의하지 아니하고 탈세제보자료에 따라 쟁점금액을 가공원가로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다