후발적사유 해당 여부(기각)

2001사업연도분 법인세 감면세액을 추징한 처분은 1999내지 2000사업연도 과세표준 및 세액을 경정청구할 수 있는 후발적 사유에 해당하지 않음

1. 처분개요

청구법인은 2001.4.1～ 2002.3.31. 사업연도(이하 “2001사업연도”라 한다) 법인세 신고시 2002.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 조세특례제한법(이하 “조세특례제한법”이라 한다) 제7조의 규정에 의한 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용받으면서 감면율을 감면소득에 대한 산출세액의 30%로 적용하여 95,486,566원의 세액(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 감면받았다.처분청은 청구법인에게 중소제조업등에 대한 특별세액의 감면율이 20%이므로 쟁점감면세액중 31,828,856원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 과다감면받았다고 통보하였고, 이에 대하여 청구법인은 2004.3.10.조세특례제한법 제26조의 규정에 의한 1999사업연도분 임시투자세액공제액등을 감면대상에 추가하여 1999사업연도 내지 2001사업연도분 법인세에 대한 경정을 청구하였다.처분청은 이에 대하여 거부처분을 하고 과다감면받은 쟁점세액의 감면을 배제하는 한편, 최저한세의 계산으로 감면이 배제되었던조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구인력개발비 세액공제액 16,393,917원을 감면세액에 추가하여 2004.5.13. 청구법인에게 2001사업연도분 법인세 20,597,920원을 경정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2004.8.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 2001사업연도분 감면세액인 쟁점세액을 추징하는 것은 최저한세계산을 통하여 1999 내지 2000사업연도분 감면세액에 영향을 미치고, 이는국세기본법 제45조의 2제3항의 규정에 의한 경정청구의 후발적 사유에 해당되므로 청구법인이 2004.5.13. 이 건 경정고지하기 전인 2004.3.10. 처분청에 1999 내지 2001사업연도분 법인세를 경정청구한 것은 적법한 청구로 심리대상이다.

나. 처분청 의견

국세기본법 제45조의2제1항의 규정에 의한 경정청구는 법인세의 법정신고납부기한으로부터 2년이내에 청구하여야 하나, 청구법인이 1999사업연도분 경정청구를 법정신고기한인 2000.6.30.부터 3년8월이 경과된 2004.3.10.에 청구하였고, 처분청이 청구법인의 2001사업연도분 쟁점세액을 추징하는 것은 1999사업연도 내지 2000사업연도의 과세표준 및 세액에 영향을 미치지 아니하여 같은 법 제45조의2제3항의 규정에 의해 1999사업연도분 과세표준과 세액의 경정청구를 위한 후발적 사유에도 해당되지 아니하므로 청구법인의 1999 내지 2001사업연도의 경정청구는 부적법한 청구로 심리대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2001사업연도분 법인세 감면세액의 추징을 이유로 1999 내지 2000사업연도과세표준 및 세액을 경정청구할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고 결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고 결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때(2)조세특례제한법 제7조(중소제조업등에 대한 특별세액감면)

① 제조업·부가통신업, 연구및개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 해당하는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계(가) 청구법인은 2001사업연도분 법인세 신고시조세특례제한법 제7조의 규정에 의한 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용받으면서 감면세액을 감면소득에 대한 산출세액의 20%인 63,657,710원으로 계산하여야 하나 착오로 감면율을 30%로 적용하여 95,486,566원으로계산함으로써 그 차액인 31,828,856원의 쟁점세액을 과다하게 감면받았다. (나) 처분청은 청구법인의 2001사업연도분 법인세 신고내역을 서면조사하여 청구법인에게 쟁점세액의 과다감면사실을 통보하고 이에 대한 소명을 요구하였으며, 이에 대하여 청구법인은 2004.3.10. 아래<표>와 같이 1999사업연도분조세특례제한법 제63조의 규정에 의한 지방이전중소기업감면 19,612,106원의 감면을 취소하고,조세특례제한법 제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면 13,074,737원과조세특례제한법 제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제액 30,370,016원의 감면을 감면대상에 추가하여 1999사업연도내지 2001사업연도분의 세액을 경정하여 줄 것을 경정청구하였다.OOOOOOOOO OOOOO OOOO OO OOOOOOOOO OOO OOOOOO(OOOO O O)O OOOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOO OO,OOO,OOOOOO, OOOOOOOOOOO OOO,OOO,OOOOO(다) 처분청은 청구법인의 경정청구가 청구기간이 경과된 부적법한 청구라고 보아 거부처분을 하고, 쟁점세액의 감면을 배제하는 한편, 연구 및 인력개발비세액공제액중 최저한세계산으로 인하여 감면이 배제된 16,393,918원을 감면세액에 추가하고 미납부가산세 5,162,987원의 부과하여 2001사업연도분 법인세 20,597,925원을 경정고지하였다.

(라) 이러한 사실은 청구법인과 처분청이 제출한 청구법인의 2001사업연도분 법인세 신고서 및 경정결의서, 1999사업연도 내지 2001사업연도의 법인세 경정청구서 및 이에 대한 거부통지서등에 의해 확인되며, 이에 대하여 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 판 단(가) 내국법인이 적용받은 조세특례제한법에 의한 감면세액중 일부가 최저한세의 계산으로 감면이 배제되는 경우에는 법인세신고시는 당해 법인이 감면종류와 감면세액을 임의선택할 수 있으나, 신고후에는 납부세액이 증가(감면세액의 감액)되는 경우에는 수정신고를 하고, 납부세액이 감소(감면세액의 증액)되는 경우에는 경정청구에 의해서만 변경이 가능하므로 이 건과 같이 감면세액이 증액되어 납부세액이 감소되는 경우에는국세기본법 제45조의 2의 규정에 의한 경정청구에 의해서만 감면의 종류와 세액의 조정이 가능하다고 하겠다. (나)국세기본법 제45조의2제1항은 법정신고기한내에 과세표준을 신고한 납세자는 신고납부한 후 2년내에 당초 신고납부한 과세표준과 세액경정청구할 수 있다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 1999사업연도의 법인세를 법정신고기한이 2000.6.30.으로부터 3년 8월이 경과한 2004.3.10. 경정청구하였으므로 청구기간이 도과된 부적법한 청구로 경정대상이 아니라고 판단되며, 이에 따라 1999사업연도분 법인세의 경정을 전제로 하여 청구된 2000 및 2001사업연도 법인세의 경정청구는 경정대상이 없어 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다. (다) 그리고,국세기본법 제45조의2제3항은 동 규정에 열거된 특정의 후발적 사유가 발생되면 당해 사유발생일부터 2월이내에 경정청구할 수 있다고 규정하고 있으나, 처분청이 청구법인의 2001사업연도분 감면세액을 추징한 것은 청구법인의 1999사업연도 내지 2001사업연도분 과세표준 및 세액의 변동을 초래하지 아니하여 동 규정의 각호에 열거된 후발적 사유에 해당된다고 보기 어렵다고 판단된다.

(라) 따라서, 청구법인이 2001사업연도의 감면세액중 쟁점세액의 감면이 배제되었음을 이유로 1999 내지 2001사업연도 법인세의 경정을 청구한 것은 부적법한 청구에 해당되어 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.