국고보조금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당되는지 여부(기각)

부가가치세법령상 세금계산서수수는 부가가치세와 법인세, 소득세 등 과세표준의 근간을 이루는 제도로서 세금계산서 수수시 의무불이행에 따른 가산세는 그 적용이 엄격하게 행해져야 할 것이고, 세법상 가산세는 개별 세법이 과세의 적정을 기하기 위하여 정한 의무의 이행을 확보할 목적으로 이들 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가하여지는 일종의 행정벌적인 성격을 가지는 제재이므로 그 의무를 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다할 것이나, 매입세액과 관련된 가공세금계산서를 수수하게 된 동기가 처분청에 있는 것이 아니고 청구법인과 청구외법인간의 담합에 의하여 이루어진 것으로 인정되고, 이와 같은 세금계산서 수수행위가 납부할 세액에 대하여 별영향을 미치지 아니한다 하여 부가가치세법 제22조 제4항에 규정된 매입처별세금계산서합계표 관련 불성실가산세 적용대상에서 배제될 수는 없음

1. 원처분 개요 청구법인은 96년도 OO지역 집중호우로 인하여 유실된 농경지를 97년도 1분기중에 복구하여 주고 농지소유자로부터 받은 대가중 농지소유자가 국고보조금으로 받은 1,589,621,000원(공급대가)을 과세표준에서 제외하여 97년도 1기분 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인이 과세표준에서 제외하여 신고한 위 공급대가의 110분의 100에 해당하는 1,445,110,000원(이하 “쟁점국고보조금”이라 한다)을 과세표준에 포함하여 97년도 1기분 부가가치세 187,864,300원을 98.1.18 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 98.3.17 심사청구를 거쳐 98.7.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 쟁점국고보조금은 용역을 제공받은 피해복구농민에게 지급되지 않고 형식상으로 구성된 마을피해복구위원회 명의의 통장에 입금되었다가 바로 복구사업자에게 지급된 것인 만큼, 실질적으로는 지방자치단체로부터 직접교부받은 것으로 보아야 하므로 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의거 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 함이 타당하다.

나. 국세청장 의견 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의하여 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금은 용역을 제공받는 자로부터 그 대가를 받는 것이 아니라 국가나 공공단체로부터 보전받는 보조금을 말하는 것인 바, 이 건의 경우 용역을 제공받은 농지소유자가 OO군청으로부터 받아 청구법인에게 지급한 것이므로 쟁점국고보조금은 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금에 해당되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 쟁점국고보조금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제13조 【과세표준】 제2항에서는 「다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. 1.～

3. (생 략)

4. 국고보조금과 공공보조금」이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 위 농경지 수해복구사업의 대금이 피해농지소유자의 일부부담분과 쟁점국고보조금으로 지급되었으며, 쟁점국고보조금은 청구법인이 OO군 지역내 수해피해농지 복구공사를 하고 마을피해복구위원회(가칭) 등의 명의의 통장에 입금되었다가 청구법인에게 지급되었다는 것에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 형식적으로는 마을피해복구위원회 명의의 통장에 입금되었다가 청구법인에게 지급되었으나 실질적으로는 OO군청으로부터 직접 교부받은 것으로서 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장한다.

(3) 살펴보건대, 부가가치세 과세대상에서 제외되는 국고보조금은 사업자가 재화 또는 용역을 제공하고 공급받는 자로부터 그 대가를 받는 것이 아니라 국가나 공공단체로부터 보전받는 보조금을 말하는 것으로 공급받는 자가 국가보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 과세표준에 포함하여야 할 것(구 재무부 예규 소비 22601-740, 89.7.11 같은 뜻임)인 바, 처분청이 제시한 「농경지 유실·매몰 개인별 복구비 명세서」등 자료에 의하면 피해농민별로 피해면적에 따라 국고보조금이 지원되었고, 복구비용은 쟁점국고보조금이외에 피해농민이 일부를 부담한 점 등을 볼 때, 쟁점국고보조금은 수해지역의 농민들에게 지급된 지원금이고 동 지원금을 재원으로 피해농민들이 피해농지복구비를 청구법인에게 지급한 것이라고 할 수 있는 바, 쟁점국고보조금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금이 아니라고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.