영농조합법인의 수용보상과 물류시설 이전에 특례가 적용되는가?

영농조합법인이 부동산 수용에 따라 보상수익을 받았다. 공익사업지역에서 사용하던 물류시설을 다른 지역으로 이전하기 위해 대지 또는 건물을 사업시행자에게 양도하는 경우도 질의했다.

1. 영농조합법인이 부동산 수용으로 인한 보상수익은 법인세가 면제되는 식량작물재배업소득 외의 소득에 해당하지 아니함

2. (질의 2·3)은 아래 답변내용을 참고하기 바람

법인세과-2640

1.귀하께서 우리 청에 요청하신 서면질의 사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다.

2.귀 질의 1)의 경우 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인이 부동산 수용에 따라 받는 보상수익은 법인세가 면제되는 식량작물재배업소득 외의 소득에 해당하지 아니하는 것입니다.

3.귀 질의 2)의 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있는 것으로, 대통령령으로 정하는 물류시설이란 제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관ㆍ조립 및 수선 등을 위한 시설이나 「물류정책기본법」제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말하는 것으로, 기획재정부령이 정하는 것이란 물류시설용 건물이 있는 경우 물류시설용 건물 및 해당 건물의 바닥면적에 「지방세법 시행령」 제101조 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 부수토지를 말하는 것으로 귀 법인의 물류시설이 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.

4.귀 질의 3)의 경우 기 회신사례(법인세과-811, 2009.07.15.)를 참고하시기 바랍니다.

｢조세특례제한법 시행령｣ 제43조의 4에서 규정한 “자가물류시설”이 수용되어 대체 물류시설을 재취득한 경우, 수용된“자가물류시설”의 양도차익에 상당하는 금액은 ｢조세특례제한법｣ 제46조의4 규정을 적용할 수 있는 것임

질의

1. 영농조합법인이 부동산 수용으로 받는 보상수익의 법인세 면제 여부.

2. 공익사업에 따라 물류시설을 이전하는 경우 양도차익에 대한 과세특례 적용 여부.

3. 자가물류시설 수용 후 대체 물류시설을 재취득한 경우의 과세특례 적용 여부.

회답

1. 귀 질의 1)의 경우 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인이 부동산 수용에 따라 받는 보상수익은 법인세가 면제되는 식량작물재배업소득 외의 소득에 해당하지 아니하는 것입니다.

2. 귀 질의 2)의 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있는 것입니다.

대통령령으로 정하는 물류시설이란 제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관ㆍ조립 및 수선 등을 위한 시설이나 「물류정책기본법」제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말합니다.

기획재정부령이 정하는 것이란 물류시설용 건물이 있는 경우 물류시설용 건물 및 해당 건물의 바닥면적에 「지방세법 시행령」 제101조 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 부수토지를 말하는 것으로, 귀 법인의 물류시설이 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.

3. 귀 질의 3)의 경우 기 회신사례(법인세과-811, 2009.07.15.)를 참고하시기 바랍니다.

｢조세특례제한법 시행령｣ 제43조의 4에서 규정한 “자가물류시설”이 수용되어 대체 물류시설을 재취득한 경우, 수용된 “자가물류시설”의 양도차익에 상당하는 금액은 ｢조세특례제한법｣ 제46조의4 규정을 적용할 수 있는 것임.

국세청 법령해석 서면-2014-법인-21937 (2015.11.26 회신), "영농조합법인의 수용보상과 물류시설 이전에 특례가 적용되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000214818/