수입 부가세 환급과 수정세금계산서는 어떻게 처리하나?

수입자는 당초 수입세금계산서를 매입세액 불공제분으로 소관세무서장에게 이미 제출하였다. 이 때문에 해당 수입세금계산서를 세관장에게 제출할 수 없는 상황이다.

세관장이 징수한 부가가치세와 과오납금은 세관장이 환급하는 것임.

세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 관세법 제35조에 규정하는 위약물품에 해당되는 경우로서, 수입자가 당초에 교부받은 수입세금계산서를 매입세액 불공제분으로 부가가치세법 제20조의 규정에 의하여 소관세무서장에게 이미 제출함으로써 소관세무서장에게 이를 제출할 수 없는 때에는, 세관장은 당해 수입세금계산서를 제출받은 세무서장으로부터 매입세액불공제분으로 수입세금계산서를 제출받은 사실을 확인받아 부가가치세법 시행령 제71조 제2항의 규정에 의하여 징수한 부가가치세를 수입자에게 환급함과 동시에 수정세금계산서를 교부하고 소관세무서장에게 이를 제출하여야함.

세관장이 징수한 부가가치세의 과오납금의 환급에 관하여는 부가가치세법시행령 제71조 제2항의 규정을 적용하지 아니하고, 국세기본법 제51조 및 관세법 제24조의 규정에 의하여 과오납부된 부가가치세를 수입자에게 환급함과 동시에 수정세금계산서를 교부하고 소관세무서장에게 이를 제출하여야 함.

질의

세관장이 부가가치세를 징수한 수입재화가 위약물품에 해당하고 수입세금계산서를 세무서장에게 이미 제출한 경우의 환급 절차와 수정세금계산서 교부방법.

회답

1. 세관장은 당해 수입세금계산서를 제출받은 세무서장으로부터 매입세액불공제분으로 수입세금계산서를 제출받은 사실을 확인받아 부가가치세법 시행령 제71조 제2항의 규정에 의하여 징수한 부가가치세를 수입자에게 환급함과 동시에 수정세금계산서를 교부하고 소관세무서장에게 이를 제출하여야함.

2. 세관장이 징수한 부가가치세의 과오납금의 환급에 관하여는 부가가치세법시행령 제71조 제2항의 규정을 적용하지 아니하고, 국세기본법 제51조 및 관세법 제24조의 규정에 의하여 과오납부된 부가가치세를 수입자에게 환급함과 동시에 수정세금계산서를 교부하고 소관세무서장에게 이를 제출하여야 함.

국세청 법령해석 조법1265.2-1300 (1983.12.06 회신), "수입 부가세 환급과 수정세금계산서는 어떻게 처리하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000075621/