특별부가세가 면제되는 소득과 과세되는 소득이 함께 있는 법인이 면제소득에 대한 특별부가세 신고를 누락하였을 경우 가산세 적용대상이 되는지 여부(기각)

면제소득과 과세소득이 같이 있는 경우 면제소득을 누락신고하게 되면 과세표준과 산출세액이 달라지게 되므로 특별부가세 신고가 누락되었다고 하여 가산세를 부과한 처분은 정당함.

1. 원처분 개요청구법인은 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOO 소재 OO쇼핑내 52개 점포(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.9.7 취득하여 89.11.8 양도계약을 체결하고 91.2.12 양도하였으나 91.1.1～12.31 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 특별부가세 신고를 하지 아니하였다.처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 91.1.1～12.31 사업년도 법인세 신고시 특별부가세 신고를 누락한 데 대하여 누락된 특별부가세 양도차익 405,490,504원의 산출세액에 가산세를 계산하여 93.6.16 청구법인에게 91.1.1～12.31 사업년도 법인세 20,274,520원을 부과하였다.청구법인은 이에 불복하여 93.7.29 심사청구를 거쳐 93.10.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장쟁점부동산은조세감면규제법 제46조의4의 규정에 의하여 특별부가세가 전액 면제되는 소득임에도 이와 관련 특별부가세를 신고누락하였다고 하여 가산세를 적용함은 부당하다고 한다.

나. 국세청장 의견면제소득은 비과세소득과 달리 일단 과세표준에 포함신고하여 세율을 적용, 산출세액을 계산한 다음 감면비율에 따라 감면세액을 공제하는 방식으로 세액을 면제토록 하고 있고 비과세소득은 처음부터 과세표준에 포함시키지 않도록 하고 있으므로 면제소득도 과세표준 신고대상이며,법인세법 시행규칙 제58조제3항에서 법인세가 비과세되거나 전액 면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여 과소신고 가산세를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 특별부가세가 면제되는 소득과 과세되는 소득이 모두 포함되어 있는 청구법인은 앞의 규정에 해당하지 않음이 명백하므로 청구법인의 미달신고에 대하여 특별부가세 과소신고 가산세를 적용한 처분은 적법하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

특별부가세가 면제되는 소득과 과세되는 소득이 함께 있는 법인이 면제소득에 대한 특별부가세 신고를 누락하였을 경우 가산세 적용대상이 되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

법인세법 제59조의5및같은법 제41조제1항에서 특별부가세에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 미달하는 금액 중 대통령령이 정하는 금액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 금액을 법인세로서 징수한다. 다만, 산출세액이 없을 때에는 이를 적용하지 아니한다라고 규정하고,같은법시행규칙 제58조제3항에서 “이 법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세를 포함한다)가 비과세되거나, 전액면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 법 제41조 제1항과 제3항의 규정을 적용하지 아니하는 것으로 한다”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계

청구법인은 쟁점부동산을 저당권의 실행으로 89.9.7, 1,436,272,670원에 취득하여 89.11.8, 1,842,400,000원에 양도계약을 체결하고, 91.2.12 잔금을 수령하여 91.1.1～12.31 사업년도에 양도차익 405,490,504원이 발생하였으나 청구법인은 동 사업년도의 법인세 신고시 특별부가세의 과세표준에 이를 누락하여 신고하였고, 과세되는 부동산 양도차익에 대하여만 특별부가세 신고를 하였음이 청구법인이 신고한 특별부가세의 과세표준 및 세액신고서에 의해 확인된다.청구법인의 쟁점부동산 양도차익은조세감면규제법 제46조의4및같은법시행령 제39조의5의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 데 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

라. 위의 관련법령에 의하면 특별부가세가 비과세되거나 전액 면제되는 소득만이 있는 법인에 대해서는 특별부가세에 대한 과소신고 가산세를 적용하지 아니하는 것으로 해석함이 타당하다(국심 91서451, 91.6.21)고 판단된다.그러나, 청구법인은 동 사업년도기간에 쟁점부동산만을 양도한 것이 아니고 특별부가세가 과세되는 부동산을 함께 양도하였으므로 청구법인의 특별부가세 전액이 면제되는 것은 아니다.또한, 면제소득은 비과세소득과 달리 과세표준, 산출세액을 계산한 다음에 감면세액을 공제하는 것으로 면제소득과 과세소득이 같이 있는 경우 면제소득을 누락신고하게 되면 과세표준과 산출세액이 달라지게 되므로 처분청이 이 건의 경우에 특별부가세 신고가 누락되었다고 하여 가산세를 부과한 처분은 정당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.