부가가치세 면세사업자인 청구인이 부가가치세법 제5조 제항의 규정에 의한 사업자등록을 하지 않고 부가가치세 과세재화인 생더덕을 수입하여 국내에서 매출한 경우 처분청이 매출세액에서 매입세액을 공제하지 않고 부가가치세를 과세한 처분의 당부(기각)

청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하였더라도 과세사업을 영위하고자 하는 경우에는 제시함.별도로 사업자등록을 하여야 함에도 이를 이행하지 않고 과세되는 재화를 공급받았으므로 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하지 않고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당함.

1. 원처분 개요 청구인은 91.7.29 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(OOOOOOOOOOOO)을 한 후 91.9.28 생더덕 29,265㎏을 수입하여 국내에서 매출하였다. 처분청은 청구인이 생더덕을 수입하여 매출한데 대해 부가가치세를 과세함에 있어 생더덕 수입시 교부받은 수입세금계산서의 매입세액(세관에서 거래징수한 세액) 3,253,306원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하지 않고 93.7.16 청구인에게 91년 제2기분 부가가치세 5,297,160원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.8.16 심사청구를 거쳐 93.11.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 면세사업자로 사업자등록을 하였다는 이유로 실지 부담한 쟁점매입세액을 공제하지 않고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견 청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하였더라도 과세사업을 영위하고자 하는 경우에는 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의해 별도로 사업자등록을 하여야 함에도 이를 이행하지 않고 과세되는 재화를 공급받았으므로 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하지 않고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부가가치세 면세사업자인 청구인이 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록을 하지 않고 부가가치세 과세재화인 생더덕을 수입하여 국내에서 매출한 경우 처분청이 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하지 않고 이 건 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

및 사실관계를 본다. 청구인은 소득세법 제197조의2 제1항의 규정에 의해 91.7.29 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(번호: OOOOOOOOOOOO, 업종: 농산물 도·소매)을 한 후 91.9.28 생더덕 29,265㎏을 수입하고 매입세금계산서를 수취하였다. 청구인은 부가가치세 매출세액에서 생더덕수입과 관련하여 수취한 매입세금계산서의 쟁점매입세액이 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 부가가치세법 제5조 제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 정부에 등록하도록 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가가치세 납세의무있는 사업자등록을 의미한다고 할 것이고, 부가가치세 면세사업자가 “면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록을 교부받았다는 사실만으로는 동법 제5조 제1항 소정의 등록을 한 것이라고 볼 수 없다 할 것이므로 청구인이 부가가치세 과세사업자등록을 하기 전에 수취한 매입세금계산서의 쟁점매입세액은 부가가치세법 제5조 제1항 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액에 해당하여 동법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단된다(같은취지: 국심88서147, 88.4.19, 대법원 84누163, 84.7.10).

다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.