법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 (나)에 의하여 건물바닥면적기준 3배만 업무용 토지로 인정한 처분의 당부(기각)

처분청이 토지 양도당시의 규정에 의하여 건물의 바닥면적기준 3배에 해당하는 토지만을 업무용으로 인정하고, 그 초과부분은 비업무용 부동산으로 본 처분은 잘못이 없음

1. 사실 청구법인은 서울특별시 중구 OO로 OO OOOO에 본점을 두고 OOOO조합법에 의하여 설립된 공공법인으로서 1960.12.6 취득한 대전직할시 중구 OO동 OOOOOOO 소재 토지 876평방미터(이하 “이 건 토지”라 한다)의 지상위에 75.11.13 주택(건물 면적 181.14평방미터, 이하 “구건물”이라 한다)을 신축하여 86.6.27 멸실하고 86.9.30 신주택을 준공하였으며, 당초 75.11.13부터 계속 충남도지회장 사택으로 사용하다가 87.10.30 청구외 OOOO주식회사에게 양도하고 87사업년도 법인세 과세표준신고시 특별부가세 면제신청한 바, 처분청은 이 건 토지를 업무용 부동산으로 볼 수 없다고 하여 89.9.16 특별부가세 359,764,480원, 동방위세 △ 28,329,730원을 부과결정하자, 청구법인은 이에 불복하여 89.11.8 심사청구하여 90.11.8 국세청장의 심사결정에 따라 이 건 주택을 업무용 부동산으로 보아 그 부수토지를 건물바닥기준면적의 3배인 510.72평방미터는 업무용으로 인정하고 나머지 353.28평방미터는 불인정하여 특별부가세 149,724,970원, 동방위세 △ 11,817,270원으로 경정고지하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 90.2.21 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장 심사결정결과 이 건 토지를 업무용 부동산으로 인정하면서 건축물 바닥면적기준 3배에 한하여 업무용으로 인정한 것은 조세법률불소급원칙에 위배하므로 이 건 부동산을 업무용으로 취득, 보유중이던 86.3.31 이 전의 규정인 법인세법 시행령 제124조의6 제1항 제4호에 의거 7배 또는 10배까지 업무용으로 인정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 이 건 부동산이 청구법인의 충남도지회 지회장 사택과 무주택직원들의 사택으로서 사용되었음이 관련서류로 확인되므로 업무용으로 보는 것은 타당하나 86.1.1 이후 양도분부터 시행되는 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 (나)목에서 규정한 기준면적을 초과하는 부분은 비업무용으로 분류하여야 할 것이므로 이 건 토지가 도시계획구역내의 상업지역임이 도시계획확인원에 나타나고 그 적용배율이 3배이므로 구주택의 바닥면적 170.24평방미터의 3배에 한하여 업무용으로 보고 그 나머지는 비업무용으로 보아야 한다는 의견이다.

4. 쟁점 이 건의 다툼은 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 (나)에 의하여 건물바닥면적기준 3배만 업무용 토지로 인정한 처분의 당부를 가리는데 있다고 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 관련 법규정을 보면, 법인세법 제59조의3 제2항 제2호에서 “양도일까지 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용(목장용, 매매사업용 및 임OO업용을 제외한다)으로 직접사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”은 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제하도록 규정하고 같은 법 시행령 제124조의6 제4호에서 “건물에 직접 사용되는 부속토지로서 재무부령이 정하는 기준면적을 초과하는 것”을 법 제59조의3 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지등에 해당하지 아니한 것으로 규정하고, 같은법 시행규칙 제59조의6 제3항에서 “령 제124조의6 제1항 제4호에서 재무부령이 정하는 기준면적이라함은 제18조 제3항 제2호 (나)목에 규정하는 면적을 말한다”고 규정하고 동 제18조 제3항 제2호에서 “건축물(시설물을 포함한다)에 직접 사용하는 부속토지로서 다음에 정하는 기준면적을 초과하는 토지”로 규정하고 (나)목(기타 건축물의 부속토지)에서 도시계획구역내의 토지를 상업지역·준주거지역은 건축물의 바닥면적의 3배를 그 부속토지로 규정하고 있다.

이 건 부동산이 60.12.6 취득하여 75.11.13 주택을 신축하여 청구법인의 충남도지회 지회장 및 무주택 사원의 사택으로 사용되고 있다가 87.10.30 청구외 OOOO주식회사에 양도하였고 양도가액에 상당하는 금액이상의 가액으로 충남 대전시 중구 OO동 OOOOOOOO 소재 건물을 취득하여 충남도지회장의 사무실로 사용하고 있음이 심사결정시 관련서류로 확인하여 이 건 부동산을 업무용으로 인정한 데 대하여 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고 이 건 토지를 전시 규정에 의거 건축물 바닥면적기준 3배에 한하여 업무용으로 인정한 데 대하여 청구법인은 이 건 업무용 부동산을 취득·보유당시의 규정에 따라 건물의 부속토지에 대한 7배 또는 10배에 해당하는 토지를 업무용으로 보아야 함에도 양도당시 규정에 의한 3배의 토지만을 업무용으로 인정한 것은 소급과세금지원칙에 따라 부당하다는 주장인 바 이에 대하여 살펴보기로 한다.

청구법인 주장대로 이 건 부동산을 청구법인이 취득·보유하고 있던 86.3.31 이전 법인세법 시행령 제124조의6 제1항 제4호에 의하면 건물의 부속토지로서 7배 내지 10배 이내를 업무용으로 인정하도록 규정하고 있으나 특별부가세 면세요건은 양도당시 그 요건을 충족하여야 되는 것이고 또한 법인세법 시행규칙 부칙(재무부령 제1671호 86.3.31 개정) 제6조에 의하면 86.3.31자 개정된 법인세법 시행규칙 제59조의6 제3항의 규정은 86.3.31이후 최초로 양도하는 분부터 적용하게 되어 있으므로 이 건 토지는 양도시점인 87.10.30 양도당시 시행되는 규정에 의하여 기준면적을 판단하여야 할 것인바, 처분청이 이 건 토지 양도당시의 규정에 의하여 건물의 바닥면적기준 3배에 해당하는 토지만을 업무용으로 인정하고, 그 초과부분은 비업무용 부동산으로 본 처분은 잘못이 없다 할 것이고, 따라서 국세기본법 제18조 에 의한 소급과세금지원칙에 위배되는 부당한 처분이라고 보기 어렵다고 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.