학교법인 소유의 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로양도하고 법소정의 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 경우 그 특별부가세를 면제할 수 있는지의 여부(기각)

법인세 과세표준과 세액의 신고기간내에 특별부가세 면제신청서를 제출하지 아니한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없음

1. 사실 청구법인은 대구직할시 동구 OO동 OOOO에 소재지를 둔 학교법인(사립학교법에 의하여 설립)으로서, 청구법인 소유의 기본재산인 대구직할시 동구 OO동 OOOOOOO외 2필지 대지 1,454㎡ 및 지상건물 1,040.79㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 89.8.2 청구외 OOO에게 양도하고 법인세법 제59조의3 제3항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 데 대하여, 처분청은 이 건 부동산의 양도소득을 135,OO0,039원으로 결정하여 91.3.6 청구법인에게 89.1.1～12.31사업년도분 법인세(특별부가세분) 48,955,900원 및 동 방위세 8,148,000원을 결정고지하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 91.5.4 이의신청, 91.6.10 심사청구를 거쳐 91.9.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 부동산을 89.8.2 양도한 후 89사업년도 법인세신고시 특별부가세 면제신청서를 제출하지는 못하였으나, 이 건 부동산을 양도함으로써 생긴 자금으로 학교강당신축과 운동장 부지를 매입하는등 교육사업에 전액사용한 것이므로 법인세법 제59조의3 제2항 제3호의 규정에 의하여 이 건 특별부가세가 면제되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제 받으려면 구법인세법 제59조의3 제3항의 규정과 동법시행령 제124조의8 제4항의 규정에 의하여 특별부가세 면제신청을 하여야 하는 데 청구법인의 경우 이를 이행하지 아니하였으므로 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점 학교법인 소유의 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도하고 법소정의 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 경우 그 특별부가세를 면제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

먼저 관련법령을 보면, 이 건 부동산 양도당시 시행되었던 법인세법 제59조의3 제2항 제3호에서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제하는 것으로 규정되어 있고, 같은조 제3항에서 “제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제124조의8 제4항에서 “법 제59조의3 제2항 제3호의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다. 다음으로 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 이 건 부동산을 양도한 후 발생한 소득에 대하여 특별부가세 면제신청서를 처분청에 제출한 사실이 없으며, 이 건 부동산의 처분자금으로는 학교강당신축과 운동장 부지 매입등에 사용한 것으로 나타나고 있다. 살피건대, 위 규정의 취지로 미루어 보면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 법인세법 제26조 에 규정된 법인세 과세표준과 세액의 신고기간내에 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 하며, 위 신고기간내에 위 신청서를 제출하지 아니한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 보아야 할 것이다. (동지: 대법원 88누10794, 89.7.25, 국심 86중418, 86.5.1) 그러하다면 청구법인이 특별부가세 면제신청을 하지 아니한 이 건의 경우에 있어서 처분청이 이 건 부동산의 양도소득에 대하여 특별부가세를 부과한 처분은 아무런 잘못이 없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.