소정기한내 특별부가세 면제신청을 하지 않은 경우에도 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부(기각)

특별부가세 면제신청을 하지 않은 사실에는 다툼이 없고 특별부가세는 면제할 수 없다고 판단된다. 이에 반하는 청구주장은 관계법령의 규정을 오해한 잘못이 있어 받아들일 수 없다 하겠고 처분청의 당초처분은 적법함

1. 사실청구법인은 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO에 주사무소를 둔 사단법인 OOOOO로서 74.3.12 취득하여 업무용(동법인용산지회회관)으로 사용해오던 같은 시 용산구 OOO O가 OOOOO소재 대지 81평방미터 및 건물 45평방미터인 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 87.5.25 양도한 데 대하여 처분청은 청구법인이법인세법 제59조의 3제3항 및동법시행령 제124조의 6제4항에 의한 소정기한내 특별부가세 면제신청을 하지 않았다 하여 90.1.20 특별부가세 7,302,940원 및 동방위세 1,074,950원을 부과처분하였는 바, 청구인은 이에 불복, 90.2.26 심사청구를 거쳐 90.4..27 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장청구법인은 쟁점부동산을 업무용(회관)으로 사용하다가 이를 처분한바 소정기한내 특별부가세 면제신청서를 제출하지 아니하였다 하여 처분청이 이 건 특별부가세를 부과하였음은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견청구법인이 쟁점부동산을 양도할 때까지 2년이상 계속하여 업무용으로 사용한 사실은 인정하나 동부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세면제는법인세법 제59조의 3제3항에 의한 면제를 신청하는 경우에 한하여 면제적용토록 규정하고 있는 바, 전시 규정에 따른 적법한 특별부가세 면제신청이 없었던 청구인의 경우 처분청이 이 건 특별부가세를 부과한 당초 처분은 정당하다는 주장이다.

4. 쟁점따라서 이 건의 쟁점은 소정기한내 특별부가세 면제신청을 하지 않은 경우에도 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 과세경위와 청구주장을 보면, 청구법인 74.3.12 취득하여 동법인용산지회 회관으로 사용하고 있던 쟁점부동산을 87.5.25 양도한 바, 처분청은 쟁점부동산을 양도하고도법인세법 제59조의 3제3항 및동법시행령 제124조의 6제4항에서 규정하고 있는 소정기한내 특별부가세를 면제신청하지 않았다고 하여 이 건 부과처분하였음을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 단지 특별부가세 면제신청을 하지 않았다 하여 특별부가세를 부과처분하였음은 부당하다고 주장하고 있음을 알 수 있다.

다음 이 건 과세성립당시의 관계법령을 보면,법인세법 제59조의 3제2항 제2호에 의하면 양도일까지 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득은 특별부가세를 면제한다라고 규정하고 있고,동법시행령 제124조의 6제3항에서 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년이내 토지·건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접사용하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제토록 하되 다만 토지등을 양도하기전에 업무용으로 직접사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득하는 경우에는 그 취득일로부터 2년이내에 토지등을 양도하여야 한다라고 규정하고 있는 한편,법인세법 제59조의 3제3항에 의하면 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제를 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다라고 규정하면서동법시행령 제124조의 6제4항에서 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 법인세과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세면제신청서를 제출하여야 하며 새로운 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 때에는 그 취득일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 취득명세서 또는 양도계획서를 제출해야 한다라고 규정하고 있어, 이를 종합하면 법인이 업무용으로 직접 사용하던 부동산을 양도하는 경우 관할세무서장에게 특별부가세면제를 「신청하는 경우에 한하여」 특별부가세를 면제하도록 하되, 그 면제신청서를 동양도일이 속하는 법인세과세표준신고기한내 제출하도록 규정하고 있는 바와 같이 특별부가세를 면제받기 위하여는 반드시 소정기한내에 면제신청을 하여야 하고 위 기한내 면제신청을 하지 아니하는 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다고 해석된다 할

것이다(동지, 국심 89중1737, 89.12.4). 그렇다면 이 건의 경우 소정기한내(청구법인의 경우 이 건 양도일이 속하는 사업년도의 법인세과세표준신고기한은 88.3.27임) 특별부가세 면제신청을 하지 않은 사실에는 다툼이 없으므로 쟁점부동산 양도에 대하여는소득세법 제59조의 3제2항에 의한 특별부가세는 면제할 수 없다고 판단된다.

따라서 이에 반하는 청구주장은 관계법령의 규정을 오해한 잘못이 있어 받아들일 수 없다 하겠고 처분청의 당초처분은 적법한 것으로 인정된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호에 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.